data_4YB0

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  4YB0
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    4YB0
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2015-02-18
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         3
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2023-09-27
_pdbx_vrpt_summary.RNA_suiteness               0.54
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2023-09-17:16:50
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,xtriage,eds,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "RNA (84-MER)"  
2  non-polymer  "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE"  
3  non-polymer  "9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one)"  
4  non-polymer  "MAGNESIUM ION"  
5  non-polymer  "POTASSIUM ION"  
6  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  1  
C  2  
D  3  
E  4  
F  4  
G  4  
H  5  
I  5  
J  2  
K  3  
L  4  
M  4  
N  6  
O  6  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all    x-ray  
2  2.121  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore    
2  RSRZ_outliers_percent  
3  R_value_R_free         
4  RNAsuiteness_percent   
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1  58.96  141614     ?     ?  
2  2  1  58.26    6778  2.10  2.14  
3  1  2  42.35  127900     ?     ?  
4  2  2  48.72    6112  2.10  2.14  
5  1  3  27.11  130704     ?     ?  
6  2  3  23.62    6241  2.10  2.14  
7  1  4  50.64    3102     ?     ?  
8  2  4  36.43    1013  1.66  2.58  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  R  42.35  
2  4  2  A  1  1  R  48.72  
3  3  2  B  1  1  A  42.35  
4  4  2  B  1  1  A  48.72  
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
1  1  1  A  R  1.26  0.69  1993  3106  
2  1  1  B  A  1.04  0.49  1993  3106  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore       4.66
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce     1870
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ   3986
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ       0.60
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ  6212
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ      1.16
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method                x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal                   1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_b                 88.717
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_b            47.132
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_estimate         50.286
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.I_over_sigma              0.96(2.12A)
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.num_miller_indices        28927
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_k                 0.687
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_k            0.270
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L_mean     0.488
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L2_mean    0.320
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Fo_Fc_correlation         0.948
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_R                     0.23
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_Rfree                 0.26
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_R                     0.24
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_high              2.12
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_low               85.06
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_aniso            "[54.482,45.937,52.188,0.000,6.308,0.000]"
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_anisotropy           0.168
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.trans_NCS_details         "The largest off-origin peak in the Patterson function is 6.49% of the height of the origin peak. No significant pseudotranslation is detected."
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.B_factor_type             FULL
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.acentric_outliers         0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.centric_outliers          0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_completeness         90.72
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.number_reflns_R_free      1466
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_free_reflections  5.07
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_RSRZ_outliers     3.61
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high       2.12
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low        85.10
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                     0.23
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree                 0.26
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
  1  1  1  A   1  G    R    2  .  ?        1     3     ?     ?     ?     ?  
  2  1  1  A   2  U    R    3  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
  3  1  1  A   3  A    R    4  .  ?        ?     ?     2     ?     ?     ?  
  4  1  1  A   4  C    R    5  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
  5  1  1  A   5  A    R    6  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
  6  1  1  A   6  C    R    7  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
  7  1  1  A   7  G    R    8  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
  8  1  1  A   8  A    R    9  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
  9  1  1  A   9  C    R   10  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 10  1  1  A  10  A    R   11  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
 11  1  1  A  11  A    R   12  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
 12  1  1  A  12  U    R   13  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 13  1  1  A  13  A    R   14  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
 14  1  1  A  14  C    R   15  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 15  1  1  A  15  U    R   16  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 16  1  1  A  16  A    R   17  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 17  1  1  A  17  A    R   18  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 18  1  1  A  18  A    R   19  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 19  1  1  A  19  C    R   20  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 20  1  1  A  20  C    R   21  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 21  1  1  A  21  A    R   22  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
 22  1  1  A  22  U    R   23  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
 23  1  1  A  23  C    R   24  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 24  1  1  A  24  C    R   25  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 25  1  1  A  25  G    R   26  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 26  1  1  A  26  C    R   27  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 27  1  1  A  27  G    R   28  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 28  1  1  A  28  A    R   29  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 29  1  1  A  29  G    R   30  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 30  1  1  A  30  G    R   31  .  ?        ?     2     ?     ?     ?     ?  
 31  1  1  A  31  A    R   32  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 32  1  1  A  32  U    R   33  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 33  1  1  A  33  G    R   34  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 34  1  1  A  34  G    R   35  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 35  1  1  A  35  G    R   36  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 36  1  1  A  36  G    R   37  .  ?        ?     2     ?     ?     ?     ?  
 37  1  1  A  37  C    R   38  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 38  1  1  A  38  G    R   39  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 39  1  1  A  39  G    R   40  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 40  1  1  A  40  A    R   41  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 41  1  1  A  41  A    R   42  .  ?        ?     2     ?     ?     ?     ?  
 42  1  1  A  42  A    R   43  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 43  1  1  A  43  G    R   44  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 44  1  1  A  44  C    R   45  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 45  1  1  A  45  C    R   46  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 46  1  1  A  46  U    R   47  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 47  1  1  A  47  A    R   48  .  ?        ?     ?     2     ?     ?     ?  
 48  1  1  A  48  A    R   49  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
 49  1  1  A  49  G    R   50  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
 50  1  1  A  50  G    R   51  .  ?        ?     2     1     ?     ?     ?  
 51  1  1  A  51  G    R   52  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
 52  1  1  A  52  U    R   53  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
 53  1  1  A  53  C    R   54  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 54  1  1  A  54  U    R   55  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 55  1  1  A  55  C    R   56  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 56  1  1  A  56  C    R   57  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 57  1  1  A  57  C    R   58  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 58  1  1  A  58  U    R   59  .  ?        ?     3     2     ?     ?     ?  
 59  1  1  A  59  G    R   60  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 60  1  1  A  60  A    R   61  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 61  1  1  A  61  G    R   62  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 62  1  1  A  62  A    R   63  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 63  1  1  A  63  C    R   64  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 64  1  1  A  64  A    R   65  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 65  1  1  A  65  G    R   66  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 66  1  1  A  66  C    R   67  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 67  1  1  A  67  C    R   68  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 68  1  1  A  68  G    R   69  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 69  1  1  A  69  G    R   70  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 70  1  1  A  70  G    R   71  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 71  1  1  A  71  C    R   72  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 72  1  1  A  72  U    R   73  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 73  1  1  A  73  G    R   74  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 74  1  1  A  74  C    R   75  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 75  1  1  A  75  C    R   76  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 76  1  1  A  76  G    R   77  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 77  1  1  A  77  A    R   78  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 78  1  1  A  78  A    R   79  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 79  1  1  A  79  A    R   80  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 80  1  1  A  80  U    R   81  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 81  1  1  A  81  A    R   82  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 82  1  1  A  82  U    R   83  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 83  1  1  A  83  C    R   84  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 84  1  1  B   1  G    A    2  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 85  1  1  B   2  U    A    3  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 86  1  1  B   3  A    A    4  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 87  1  1  B   4  C    A    5  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 88  1  1  B   5  A    A    6  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 89  1  1  B   6  C    A    7  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 90  1  1  B   7  G    A    8  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
 91  1  1  B   8  A    A    9  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 92  1  1  B   9  C    A   10  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 93  1  1  B  10  A    A   11  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
 94  1  1  B  11  A    A   12  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
 95  1  1  B  12  U    A   13  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
 96  1  1  B  13  A    A   14  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
 97  1  1  B  14  C    A   15  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 98  1  1  B  15  U    A   16  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 99  1  1  B  16  A    A   17  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
100  1  1  B  17  A    A   18  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
101  1  1  B  18  A    A   19  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
102  1  1  B  19  C    A   20  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
103  1  1  B  20  C    A   21  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
104  1  1  B  21  A    A   22  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
105  1  1  B  22  U    A   23  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
106  1  1  B  23  C    A   24  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
107  1  1  B  24  C    A   25  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
108  1  1  B  25  G    A   26  .  ?        ?     ?     3     ?     ?     ?  
109  1  1  B  26  C    A   27  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
110  1  1  B  27  G    A   28  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
111  1  1  B  28  A    A   29  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
112  1  1  B  29  G    A   30  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
113  1  1  B  30  G    A   31  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
114  1  1  B  31  A    A   32  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
115  1  1  B  32  U    A   33  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
116  1  1  B  33  G    A   34  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
117  1  1  B  34  G    A   35  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
118  1  1  B  35  G    A   36  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
119  1  1  B  36  G    A   37  .  ?        ?     ?     2     ?     ?     ?  
120  1  1  B  37  C    A   38  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
121  1  1  B  38  G    A   39  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
122  1  1  B  39  G    A   40  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
123  1  1  B  40  A    A   41  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
124  1  1  B  41  A    A   42  .  ?        ?     1     2     ?     ?     ?  
125  1  1  B  42  A    A   43  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
126  1  1  B  43  G    A   44  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
127  1  1  B  44  C    A   45  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
128  1  1  B  45  C    A   46  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
129  1  1  B  46  U    A   47  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
130  1  1  B  47  A    A   48  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
131  1  1  B  48  A    A   49  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
132  1  1  B  49  G    A   50  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
133  1  1  B  50  G    A   51  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
134  1  1  B  51  G    A   52  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
135  1  1  B  52  U    A   53  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
136  1  1  B  53  C    A   54  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
137  1  1  B  54  U    A   55  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
138  1  1  B  55  C    A   56  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
139  1  1  B  56  C    A   57  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
140  1  1  B  57  C    A   58  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
141  1  1  B  58  U    A   59  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
142  1  1  B  59  G    A   60  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
143  1  1  B  60  A    A   61  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
144  1  1  B  61  G    A   62  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
145  1  1  B  62  A    A   63  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
146  1  1  B  63  C    A   64  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
147  1  1  B  64  A    A   65  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
148  1  1  B  65  G    A   66  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
149  1  1  B  66  C    A   67  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
150  1  1  B  67  C    A   68  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
151  1  1  B  68  G    A   69  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
152  1  1  B  69  G    A   70  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
153  1  1  B  70  G    A   71  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
154  1  1  B  71  C    A   72  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
155  1  1  B  72  U    A   73  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
156  1  1  B  73  G    A   74  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
157  1  1  B  74  C    A   75  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
158  1  1  B  75  C    A   76  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
159  1  1  B  76  G    A   77  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
160  1  1  B  77  A    A   78  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
161  1  1  B  78  A    A   79  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
162  1  1  B  79  A    A   80  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
163  1  1  B  80  U    A   81  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
164  1  1  B  81  A    A   82  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
165  1  1  B  82  U    A   83  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
166  1  1  B  83  C    A   84  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
167  1  2  C   .  GDP  R  101  .  ?        ?     ?     ?     5    16     6  
168  1  3  D   .  C2E  R  102  .  ?        ?     ?     1     2     6     1  
169  1  4  E   .  MG   R  103  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
170  1  4  F   .  MG   R  104  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
171  1  4  G   .  MG   R  105  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
172  1  5  H   .  K    R  106  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
173  1  5  I   .  K    R  107  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
174  1  2  J   .  GDP  A  101  .  ?        ?     ?     ?     7    14     4  
175  1  3  K   .  C2E  A  102  .  ?        ?     ?     1     3     6     7  
176  1  4  L   .  MG   A  103  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
177  1  4  M   .  MG   A  104  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
178  1  6  N   .  HOH  R  201  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
179  1  6  N   .  HOH  R  202  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
180  1  6  N   .  HOH  R  203  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
181  1  6  N   .  HOH  R  204  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
182  1  6  N   .  HOH  R  205  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
183  1  6  N   .  HOH  R  206  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
184  1  6  N   .  HOH  R  207  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
185  1  6  N   .  HOH  R  208  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
186  1  6  N   .  HOH  R  209  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
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 66   66  0.24  Rotameric          ?          11   50.490    22  0.59    34  1.29  molprobity  1.000  
 67   67  0.14  Rotameric          ?          11   51.700    22  0.56    34  0.89  molprobity  1.000  
 68   68  0.64  Rotameric          ?          11   52.510    26  0.83    41  1.27  molprobity  1.000  
 69   69  0.58  Rotameric          ?          11   47.850    26  0.62    41  0.88  molprobity  1.000  
 70   70  0.72  Rotameric          ?          11   46.340    26  0.82    41  1.63  molprobity  1.000  
 71   71  0.87  Rotameric          ?          11   50.910    22  0.52    34  1.30  molprobity  1.000  
 72   72  0.00  Triaged/NotBinned  ?          10   50.760    22  0.92    34  2.19  molprobity  1.000  
 73   73  0.71  Rotameric          ?          11   55.390    26  0.74    41  0.80  molprobity  1.000  
 74   74  0.65  Rotameric          ?          11   61.340    22  0.47    34  1.08  molprobity  1.000  
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 79   79  0.96  Rotameric          ?          11   81.110    25  0.49    39  0.81  molprobity  1.000  
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 82   82  0.88  Rotameric          ?          10   90.480    22  0.39    34  0.94  molprobity  1.000  
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 85   85  0.95  Rotameric          ?          10   70.230    22  0.47    34  0.77  molprobity  1.000  
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 87   87  0.01  Rotameric          ?          11   90.580    22  0.56    34  1.12  molprobity  1.000  
 88   88  0.12  Rotameric          ?          11   73.810    25  0.49    39  1.24  molprobity  1.000  
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 92   92  0.14  Rotameric          ?          11   61.590    22  0.70    34  0.95  molprobity  1.000  
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 95   95  0.87  Rotameric          ?          10   77.530    22  0.42    34  1.17  molprobity  1.000  
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 97   97  0.03  Rotameric          ?          11   76.870    22  0.48    34  1.50  molprobity  1.000  
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100  100  0.07  Rotameric          ?          11   85.070    25  0.60    39  0.79  molprobity  1.000  
101  101  0.91  Rotameric          ?          11   86.560    25  0.40    39  0.81  molprobity  1.000  
102  102  0.77  Rotameric          ?          11   87.910    22  0.38    34  1.00  molprobity  1.000  
103  103  0.90  Rotameric          ?          11   88.880    22  0.27    34  0.75  molprobity  1.000  
104  104  0.80  Rotameric          ?          11   92.460    25  0.48    39  0.52  molprobity  1.000  
105  105  0.33  Rotameric          ?          10   95.590    22  0.31    34  0.76  molprobity  1.000  
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107  107  0.75  Rotameric          ?          11  103.210    22  0.29    34  1.18  molprobity  1.000  
108  108  0.00  Triaged/NotBinned  ?          11  107.130    26  0.50    41  1.17  molprobity  1.000  
109  109  0.27  Rotameric          ?          11  113.020    22  0.21    34  0.90  molprobity  1.000  
110  110  0.59  Rotameric          ?          11  106.020    26  0.59    41  1.11  molprobity  1.000  
111  111  0.75  Rotameric          ?          11   96.260    25  0.43    39  1.02  molprobity  1.000  
112  112  0.00  Triaged/NotBinned  ?          11   96.370    26  0.52    41  0.92  molprobity  1.000  
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119  119  0.52  Rotameric          ?          11   88.030    26  0.55    41  1.11  molprobity  1.000  
120  120  0.01  Rotameric          ?          11   80.000    22  0.38    34  1.10  molprobity  1.000  
121  121  0.01  Rotameric          ?          11   69.390    26  0.65    41  1.15  molprobity  1.000  
122  122  0.94  Rotameric          ?          11   63.830    26  0.45    41  0.84  molprobity  1.000  
123  123  0.71  Rotameric          ?          11   58.080    25  0.44    39  1.01  molprobity  1.000  
124  124  0.32  Rotameric          ?          11   62.890    25  0.58    39  1.25  molprobity  1.000  
125  125  0.39  Rotameric          ?          11   69.100    25  0.48    39  1.18  molprobity  1.000  
126  126  0.01  Rotameric          ?          11   66.370    26  0.49    41  1.38  molprobity  1.000  
127  127  0.85  Rotameric          ?          11   69.570    22  0.37    34  1.06  molprobity  1.000  
128  128  0.80  Rotameric          ?          11   69.050    22  0.41    34  0.95  molprobity  1.000  
129  129  0.83  Rotameric          ?          10   70.960    22  0.47    34  0.75  molprobity  1.000  
130  130  0.72  Rotameric          ?          11   79.520    25  0.36    39  0.61  molprobity  1.000  
131  131  0.16  Rotameric          ?          11  103.130    25  0.43    39  0.61  molprobity  1.000  
132  132  0.38  Rotameric          ?          11   81.920    26  0.43    41  0.98  molprobity  1.000  
133  133  0.83  Rotameric          ?          11   80.720    26  0.46    41  1.19  molprobity  1.000  
134  134  0.61  Rotameric          ?          11   81.180    26  0.57    41  0.74  molprobity  1.000  
135  135  0.69  Rotameric          ?          10   84.300    22  0.46    34  1.02  molprobity  1.000  
136  136  0.83  Rotameric          ?          11   92.370    22  0.33    34  0.96  molprobity  1.000  
137  137  0.74  Rotameric          ?          10   99.890    22  0.27    34  0.78  molprobity  1.000  
138  138  0.75  Rotameric          ?          11  109.340    22  0.54    34  0.86  molprobity  1.000  
139  139  0.22  Rotameric          ?          11  120.090    22  0.55    34  1.82  molprobity  1.000  
140  140  0.00  Triaged/NotBinned  ?          11  119.570    22  0.58    34  1.30  molprobity  1.000  
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143  143  0.00  Triaged/NotBinned  ?          11  110.120    25  0.50    39  0.73  molprobity  1.000  
144  144  0.00  Triaged/NotBinned  ?          11  100.070    26  0.43    41  1.19  molprobity  1.000  
145  145  0.71  Rotameric          ?          11   89.080    25  0.76    39  1.61  molprobity  1.000  
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147  147  0.88  Rotameric          ?          11   74.230    25  0.41    39  0.76  molprobity  1.000  
148  148  0.09  Rotameric          ?          11   78.790    26  0.38    41  0.87  molprobity  1.000  
149  149  0.18  Rotameric          ?          11   83.880    22  0.48    34  1.13  molprobity  1.000  
150  150  0.11  Rotameric          ?          11   79.910    22  0.63    34  1.53  molprobity  1.000  
151  151  0.36  Rotameric          ?          11   74.820    26  0.65    41  0.88  molprobity  1.000  
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153  153  0.75  Rotameric          ?          11   66.450    26  0.55    41  0.97  molprobity  1.000  
154  154  0.91  Rotameric          ?          11   61.310    22  0.42    34  0.80  molprobity  1.000  
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#
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_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.Z
 1    1  C4     C5     N7     113.022  110.800  0.400   5.55  
 2    1  C5     N7     C8     101.776  104.300  0.500  -5.05  
 3    1  C8     N9     C4     104.259  106.400  0.400  -5.35  
 4   24  "O5'"  P      OP2     99.898  105.700  0.900  -6.45  
 5   29  "O5'"  P      OP2    100.153  105.700  0.900  -6.16  
 6   30  C5     C6     O6     124.029  128.600  0.600  -7.62  
 7   30  N1     C6     O6     123.148  119.900  0.600   5.41  
 8   36  C8     N9     C4     104.357  106.400  0.400  -5.11  
 9   36  "O4'"  "C1'"  N9     112.820  108.200  0.800   5.78  
10   41  N1     C6     N6     115.564  118.600  0.600  -5.06  
11   41  "O4'"  "C1'"  N9     112.936  108.200  0.800   5.92  
12   50  C5     C6     O6     124.640  128.600  0.600  -6.60  
13   50  N1     C6     O6     123.307  119.900  0.600   5.68  
14   58  C2     N1     "C1'"  126.274  117.700  1.200   7.14  
15   58  N1     C2     O2     128.274  122.800  0.700   7.82  
16   58  N3     C2     O2     117.043  122.200  0.700  -7.37  
17   63  C6     N1     C2     118.139  120.300  0.400  -5.40  
18   70  C5     C6     O6     125.580  128.600  0.600  -5.03  
19  124  "O4'"  "C1'"  N9     112.273  108.200  0.800   5.09  
#
loop_
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_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.atom_1
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 1  167  PB     O1B    1.57  1.50    225  0.03   2.11  0.00  
 2  167  "O4'"  "C1'"  1.44  1.41     20  0.01   2.43  0.01  
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 8  174  PB     O1B    1.57  1.50    225  0.03   2.10  0.00  
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17  175  C61    N11    1.33  1.37    314  0.01  -2.70  0.00  
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loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_1
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_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.mindiff
 1  167  O3B    PB     O1B    102.55  110.68   447  3.91   -2.08   0.73  
 2  167  O3B    PB     O3A    118.07  104.64    24  3.35    4.01   8.70  
 3  167  PA     O3A    PB     121.38  132.83    29  3.43   -3.34   6.14  
 4  167  O2A    PA     O1A    123.06  112.24   112  4.94    2.19   0.04  
 5  167  "O5'"  PA     O1A    117.44  109.07    37  3.91    2.14   0.46  
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14  167  O6     C6     N1     128.57  120.65   314  1.18    6.71   3.32  
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#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.ordinal
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_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.mindiff
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.local_density
 1  167  PA     O3A    PB     O1B    -125.68  58.62  149  28.69   0.51  4.03  
 2  167  PA     O3A    PB     O2B     118.82  48.83   47  20.48   0.19  4.26  
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 4  167  "C5'"  "O5'"  PA     O3A     -94.73  33.30   46  17.60   8.69  2.17  
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14  175  "C5'"  "O5'"  P1     O3A     108.13  40.41  174  11.34   3.58  0.57  
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_pdbx_vrpt_model_instance_density.ordinal
_pdbx_vrpt_model_instance_density.instance_id
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1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  eds          2.35.1                                                                Y  
4  dcc          '"2.27  (2023-04-10)"'                                                Y  
5  xtriage      1.13                                                                  Y  
6  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
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