data_1XW7

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  1XW7
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    1XW7
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2004-10-29
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         6
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2023-08-23
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2023-08-16:03:53
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,mogul,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      Insulin  
2  polymer      Insulin  
3  non-polymer  PHENOL  
4  non-polymer  "ZINC ION"  
5  non-polymer  "CHLORIDE ION"  
6  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  1  
D  2  
E  3  
F  4  
G  5  
H  3  
I  4  
J  5  
K  6  
L  6  
M  6  
N  6  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  x-ray  
2  2.3  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1  14.04  141614     ?     ?  
2  2  1  17.47    5643  2.30  2.30  
3  1  2  14.01  138981     ?     ?  
4  2  2  15.28    5575  2.30  2.30  
5  1  3  37.58  138945     ?     ?  
6  2  3  52.81    5575  2.30  2.30  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
 1  3  2  A  1  1  A  100.00  
 2  4  2  A  1  1  A  100.00  
 3  5  3  A  1  1  A   24.16  
 4  6  3  A  1  1  A   34.13  
 5  3  2  B  1  2  B  100.00  
 6  4  2  B  1  2  B  100.00  
 7  5  3  B  1  2  B  100.00  
 8  6  3  B  1  2  B  100.00  
 9  3  2  C  1  1  C  100.00  
10  4  2  C  1  1  C  100.00  
11  5  3  C  1  1  C  100.00  
12  6  3  C  1  1  C  100.00  
13  3  2  D  1  2  D    3.21  
14  4  2  D  1  2  D    1.65  
15  5  3  D  1  2  D   12.54  
16  6  3  D  1  2  D   16.02  
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
1  1  1  A  A  0.69  0.45  165  221  
2  1  2  B  B  0.55  0.44  249  335  
3  1  1  C  C  0.60  0.53  165  221  
4  1  2  D  D  0.62  0.45  249  335  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  1.06
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       3.26
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     15.56
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   777
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 828
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.47
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                1112
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    0.61
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method           x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal              1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high  2.30
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low   50.10
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                0.20
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree            0.27
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
  1  1  1  A   1  GLY  A    1  .  ?        1     ?     ?  
  2  1  1  A   2  ILE  A    2  .  ?        ?     ?     ?  
  3  1  1  A   3  LEU  A    3  .  ?        1     ?     ?  
  4  1  1  A   4  GLU  A    4  .  ?        ?     ?     ?  
  5  1  1  A   5  GLN  A    5  .  ?        1     ?     ?  
  6  1  1  A   6  CYS  A    6  .  ?        ?     ?     ?  
  7  1  1  A   7  CYS  A    7  .  ?        ?     ?     ?  
  8  1  1  A   8  THR  A    8  .  ?        ?     ?     ?  
  9  1  1  A   9  SER  A    9  .  ?        ?     ?     ?  
 10  1  1  A  10  ILE  A   10  .  ?        2     ?     ?  
 11  1  1  A  11  CYS  A   11  .  ?        1     ?     ?  
 12  1  1  A  12  SER  A   12  .  ?        ?     ?     ?  
 13  1  1  A  13  LEU  A   13  .  ?        ?     ?     ?  
 14  1  1  A  14  TYR  A   14  .  ?        ?     ?     ?  
 15  1  1  A  15  GLN  A   15  .  ?        1     ?     ?  
 16  1  1  A  16  LEU  A   16  .  ?        ?     ?     ?  
 17  1  1  A  17  GLU  A   17  .  ?        ?     ?     ?  
 18  1  1  A  18  ASN  A   18  .  ?        1     ?     ?  
 19  1  1  A  19  TYR  A   19  .  ?        1     ?     ?  
 20  1  1  A  20  CYS  A   20  .  ?        ?     ?     ?  
 21  1  1  A  21  ASN  A   21  .  ?        ?     ?     ?  
 22  1  2  B   1  PHE  B    1  .  ?        ?     ?     ?  
 23  1  2  B   2  VAL  B    2  .  ?        ?     ?     ?  
 24  1  2  B   3  ASN  B    3  .  ?        ?     ?     ?  
 25  1  2  B   4  GLN  B    4  .  ?        ?     ?     ?  
 26  1  2  B   5  HIS  B    5  .  ?        ?     ?     ?  
 27  1  2  B   6  LEU  B    6  .  ?        ?     ?     ?  
 28  1  2  B   7  CYS  B    7  .  ?        ?     ?     ?  
 29  1  2  B   8  GLY  B    8  .  ?        ?     ?     ?  
 30  1  2  B   9  SER  B    9  .  ?        ?     ?     ?  
 31  1  2  B  10  HIS  B   10  .  ?        ?     ?     ?  
 32  1  2  B  11  LEU  B   11  .  ?        ?     ?     ?  
 33  1  2  B  12  VAL  B   12  .  ?        ?     ?     ?  
 34  1  2  B  13  GLU  B   13  .  ?        ?     ?     ?  
 35  1  2  B  14  ALA  B   14  .  ?        ?     ?     ?  
 36  1  2  B  15  LEU  B   15  .  ?        ?     ?     ?  
 37  1  2  B  16  TYR  B   16  .  ?        ?     ?     ?  
 38  1  2  B  17  LEU  B   17  .  ?        ?     ?     ?  
 39  1  2  B  18  VAL  B   18  .  ?        ?     ?     ?  
 40  1  2  B  19  CYS  B   19  .  ?        ?     ?     ?  
 41  1  2  B  20  GLY  B   20  .  ?        ?     ?     ?  
 42  1  2  B  21  GLU  B   21  .  ?        ?     ?     ?  
 43  1  2  B  22  ARG  B   22  .  ?        1     ?     ?  
 44  1  2  B  23  GLY  B   23  .  ?        ?     ?     ?  
 45  1  2  B  24  PHE  B   24  .  ?        ?     ?     ?  
 46  1  2  B  25  PHE  B   25  .  ?        ?     ?     ?  
 47  1  2  B  26  TYR  B   26  .  ?        ?     ?     ?  
 48  1  2  B  27  THR  B   27  .  ?        1     ?     ?  
 49  1  2  B  28  PRO  B   28  .  ?        ?     ?     ?  
 50  1  2  B  29  LYS  B   29  .  ?        2     ?     ?  
 51  1  2  B  30  THR  B   30  .  ?        1     ?     ?  
 52  1  1  C   1  GLY  C    1  .  ?        1     ?     ?  
 53  1  1  C   2  ILE  C    2  .  ?        ?     ?     ?  
 54  1  1  C   3  LEU  C    3  .  ?        1     ?     ?  
 55  1  1  C   4  GLU  C    4  .  ?        ?     ?     ?  
 56  1  1  C   5  GLN  C    5  .  ?        2     ?     ?  
 57  1  1  C   6  CYS  C    6  .  ?        ?     ?     ?  
 58  1  1  C   7  CYS  C    7  .  ?        2     ?     ?  
 59  1  1  C   8  THR  C    8  .  ?        ?     ?     ?  
 60  1  1  C   9  SER  C    9  .  ?        ?     ?     ?  
 61  1  1  C  10  ILE  C   10  .  ?        ?     ?     ?  
 62  1  1  C  11  CYS  C   11  .  ?        ?     ?     ?  
 63  1  1  C  12  SER  C   12  .  ?        1     ?     ?  
 64  1  1  C  13  LEU  C   13  .  ?        1     ?     ?  
 65  1  1  C  14  TYR  C   14  .  ?        ?     ?     ?  
 66  1  1  C  15  GLN  C   15  .  ?        2     ?     ?  
 67  1  1  C  16  LEU  C   16  .  ?        ?     ?     ?  
 68  1  1  C  17  GLU  C   17  .  ?        ?     ?     ?  
 69  1  1  C  18  ASN  C   18  .  ?        ?     ?     ?  
 70  1  1  C  19  TYR  C   19  .  ?        ?     ?     ?  
 71  1  1  C  20  CYS  C   20  .  ?        ?     ?     ?  
 72  1  1  C  21  ASN  C   21  .  ?        ?     ?     ?  
 73  1  2  D   1  PHE  D    1  .  ?        ?     ?     ?  
 74  1  2  D   2  VAL  D    2  .  ?        2     ?     ?  
 75  1  2  D   3  ASN  D    3  .  ?        ?     ?     ?  
 76  1  2  D   4  GLN  D    4  .  ?        ?     ?     ?  
 77  1  2  D   5  HIS  D    5  .  ?        ?     ?     ?  
 78  1  2  D   6  LEU  D    6  .  ?        1     ?     ?  
 79  1  2  D   7  CYS  D    7  .  ?        ?     ?     ?  
 80  1  2  D   8  GLY  D    8  .  ?        ?     ?     ?  
 81  1  2  D   9  SER  D    9  .  ?        ?     ?     ?  
 82  1  2  D  10  HIS  D   10  .  ?        1     ?     ?  
 83  1  2  D  11  LEU  D   11  .  ?        1     ?     ?  
 84  1  2  D  12  VAL  D   12  .  ?        1     ?     ?  
 85  1  2  D  13  GLU  D   13  .  ?        2     ?     ?  
 86  1  2  D  14  ALA  D   14  .  ?        ?     ?     ?  
 87  1  2  D  15  LEU  D   15  .  ?        ?     ?     ?  
 88  1  2  D  16  TYR  D   16  .  ?        1     ?     ?  
 89  1  2  D  17  LEU  D   17  .  ?        ?     ?     ?  
 90  1  2  D  18  VAL  D   18  .  ?        ?     ?     ?  
 91  1  2  D  19  CYS  D   19  .  ?        ?     ?     ?  
 92  1  2  D  20  GLY  D   20  .  ?        ?     ?     ?  
 93  1  2  D  21  GLU  D   21  .  ?        ?     ?     ?  
 94  1  2  D  22  ARG  D   22  .  ?        ?     ?     ?  
 95  1  2  D  23  GLY  D   23  .  ?        ?     ?     ?  
 96  1  2  D  24  PHE  D   24  .  ?        1     ?     ?  
 97  1  2  D  25  PHE  D   25  .  ?        2     ?     ?  
 98  1  2  D  26  TYR  D   26  .  ?        ?     ?     ?  
 99  1  2  D  27  THR  D   27  .  ?        1     ?     ?  
100  1  2  D  28  PRO  D   28  .  ?        ?     ?     ?  
101  1  2  D  29  LYS  D   29  .  ?        ?     ?     ?  
102  1  2  D  30  THR  D   30  .  ?        2     ?     ?  
103  1  3  E   .  IPH  A  100  .  ?        ?     3     3  
104  1  4  F   .  ZN   B  101  .  ?        ?     ?     ?  
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#
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#
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#
loop_
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1  103  C6  C1  C2  125.87  119.77  7694  1.69   3.62  0.01  
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#
loop_
_pdbx_vrpt_software.ordinal
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_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
##
