data_6WZS

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  6WZS
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    6WZS
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2020-05-14
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         2
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2023-10-18
_pdbx_vrpt_summary.RNA_suiteness               0.67
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2023-10-10:17:56
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,xtriage,eds,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "Fusibacterium ulcerans ZTP riboswitch"  
2  non-polymer  "POTASSIUM ION"  
3  non-polymer  "MAGNESIUM ION"  
4  non-polymer  5-amino-1-(pyridin-3-yl)-1H-imidazole-4-carboxamide  
5  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  1  
C  2  
D  2  
E  3  
F  3  
G  3  
H  3  
I  4  
J  2  
K  2  
L  3  
M  3  
N  3  
O  3  
P  4  
Q  5  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all   x-ray  
2  3.23  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore    
2  RSRZ_outliers_percent  
3  R_value_R_free         
4  RNAsuiteness_percent   
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1   76.61  141614     ?     ?  
2  2  1   92.82    1755  3.20  3.28  
3  1  2  100.00  127900     ?     ?  
4  2  2  100.00    1567  3.20  3.28  
5  1  3   27.11  130704     ?     ?  
6  2  3   68.40    1619  3.20  3.28  
7  1  4   79.72    3102     ?     ?  
8  2  4   93.91    1034  2.90  3.58  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  B  100.00  
2  4  2  A  1  1  B  100.00  
3  3  2  B  1  1  A  100.00  
4  4  2  B  1  1  A  100.00  
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
1  1  1  A  B  0.66  0.13  1436  2232  
2  1  1  B  A  0.65  0.13  1482  2308  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore       3.02
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce     1322
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ   2918
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ       0.13
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ  4540
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ      0.66
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method                x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal                   1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_b                 209.687
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_b            61.900
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_estimate         122.130
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.I_over_sigma              0.53(3.25A)
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.num_miller_indices        9544
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_k                 0.372
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_k            0.119
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L_mean     0.471
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L2_mean    0.301
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Fo_Fc_correlation         0.951
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.twin_fraction             -h,-k,l:0.048
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_R                     0.22
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_Rfree                 0.26
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_R                     0.23
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_high              3.23
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_low               47.95
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_aniso            "[128.564,128.564,109.437,-0.000,0.000,0.000]"
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_anisotropy           0.157
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.trans_NCS_details         "The largest off-origin peak in the Patterson function is 4.21% of the height of the origin peak. No significant pseudotranslation is detected."
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.B_factor_type             FULL
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.acentric_outliers         0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.centric_outliers          0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_completeness         90.29
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.number_reflns_R_free      949
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_free_reflections  9.94
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_RSRZ_outliers     0.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high       3.23
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low        47.95
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                     0.23
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree                 0.26
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.ligand_of_interest
  1  1  1  A   6  G    B    6  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  2  1  1  A   7  U    B    7  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  3  1  1  A   8  U    B    8  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  4  1  1  A   9  A    B    9  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  5  1  1  A  10  U    B   10  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  6  1  1  A  11  A    B   11  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  7  1  1  A  12  U    B   12  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  8  1  1  A  13  G    B   13  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  9  1  1  A  14  A    B   14  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 10  1  1  A  15  C    B   15  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 11  1  1  A  16  U    B   16  .  ?        1     ?     ?  ?     
 12  1  1  A  17  G    B   17  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 13  1  1  A  18  A    B   18  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 14  1  1  A  19  C    B   19  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 15  1  1  A  20  G    B   20  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 16  1  1  A  21  G    B   21  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 17  1  1  A  22  A    B   22  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 18  1  1  A  23  A    B   23  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 19  1  1  A  24  C    B   24  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 20  1  1  A  25  G    B   25  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 21  1  1  A  26  U    B   26  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 22  1  1  A  27  G    B   27  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 23  1  1  A  28  G    B   28  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 24  1  1  A  29  A    B   29  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 25  1  1  A  30  A    B   30  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 26  1  1  A  31  U    B   31  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 27  1  1  A  32  U    B   32  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 28  1  1  A  33  A    B   33  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 29  1  1  A  34  A    B   34  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 30  1  1  A  35  C    B   35  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 31  1  1  A  36  C    B   36  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 32  1  1  A  37  A    B   37  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 33  1  1  A  38  C    B   38  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 34  1  1  A  39  A    B   39  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 35  1  1  A  40  U    B   40  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 36  1  1  A  41  G    B   41  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 37  1  1  A  42  A    B   42  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 38  1  1  A  43  A    B   43  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 39  1  1  A  44  G    B   44  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 40  1  1  A  45  U    B   45  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 41  1  1  A  46  A    B   46  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 42  1  1  A  47  U    B   47  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 43  1  1  A  55  A    B   49  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 44  1  1  A  56  C    B   50  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 45  1  1  A  60  G    B   60  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 46  1  1  A  61  C    B   61  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 47  1  1  A  62  C    B   62  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 48  1  1  A  63  G    B   63  .  ?        1     ?     ?  ?     
 49  1  1  A  64  A    B   64  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 50  1  1  A  65  C    B   65  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 51  1  1  A  66  C    B   66  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 52  1  1  A  67  G    B   67  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 53  1  1  A  68  U    B   68  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 54  1  1  A  69  C    B   69  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 55  1  1  A  70  U    B   70  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 56  1  1  A  71  G    B   71  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 57  1  1  A  72  G    B   72  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 58  1  1  A  73  G    B   73  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 59  1  1  A  74  C    B   74  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 60  1  1  A  75  G    B   75  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 61  1  1  B   6  G    A    6  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 62  1  1  B   7  U    A    7  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 63  1  1  B   8  U    A    8  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 64  1  1  B   9  A    A    9  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 65  1  1  B  10  U    A   10  .  ?        1     ?     ?  ?     
 66  1  1  B  11  A    A   11  .  ?        1     ?     ?  ?     
 67  1  1  B  12  U    A   12  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 68  1  1  B  13  G    A   13  .  ?        1     ?     ?  ?     
 69  1  1  B  14  A    A   14  .  ?        1     ?     ?  ?     
 70  1  1  B  15  C    A   15  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 71  1  1  B  16  U    A   16  .  ?        1     ?     ?  ?     
 72  1  1  B  17  G    A   17  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 73  1  1  B  18  A    A   18  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 74  1  1  B  19  C    A   19  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 75  1  1  B  20  G    A   20  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 76  1  1  B  21  G    A   21  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 77  1  1  B  22  A    A   22  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 78  1  1  B  23  A    A   23  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 79  1  1  B  24  C    A   24  .  ?        1     ?     ?  ?     
 80  1  1  B  25  G    A   25  .  ?        1     ?     ?  ?     
 81  1  1  B  26  U    A   26  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 82  1  1  B  27  G    A   27  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 83  1  1  B  28  G    A   28  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 84  1  1  B  29  A    A   29  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 85  1  1  B  30  A    A   30  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 86  1  1  B  31  U    A   31  .  ?        ?     ?     ?  ?     
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 88  1  1  B  33  A    A   33  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 89  1  1  B  34  A    A   34  .  ?        1     ?     ?  ?     
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123  1  2  C   .  K    B  101  .  ?        ?     ?     ?  ?     
124  1  2  D   .  K    B  102  .  ?        ?     ?     ?  ?     
125  1  3  E   .  MG   B  103  .  ?        ?     ?     ?  ?     
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127  1  3  G   .  MG   B  105  .  ?        ?     ?     ?  ?     
128  1  3  H   .  MG   B  106  .  ?        ?     ?     ?  ?     
129  1  4  I   .  UG4  B  107  .  ?        ?     5     3  Y     
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131  1  2  K   .  K    A  102  .  ?        ?     ?     ?  ?     
132  1  3  L   .  MG   A  103  .  ?        ?     ?     ?  ?     
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134  1  3  N   .  MG   A  105  .  ?        ?     ?     ?  ?     
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136  1  4  P   .  UG4  A  107  .  ?        ?     5     3  Y     
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 54   54  0.61  Rotameric          ?          11  119.390    22  0.14    34  0.71  molprobity  1.000  
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 56   56  0.85  Rotameric          ?          11  137.560    26  0.14    41  0.62  molprobity  1.000  
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 70   70  0.62  Rotameric          ?          11  145.930    22  0.10    34  0.72  molprobity  1.000  
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 73   73  0.83  Rotameric          ?          11  136.010    25  0.13    39  0.64  molprobity  1.000  
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 75   75  0.98  Rotameric          ?          11  126.670    26  0.13    41  0.61  molprobity  1.000  
 76   76  0.98  Rotameric          ?          11  102.590    26  0.15    41  0.66  molprobity  1.000  
 77   77  0.00  Triaged/NotBinned  ?          11  100.560    25  0.17    39  0.65  molprobity  1.000  
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 79   79  0.00  Triaged/NotBinned  ?          11  120.020    22  0.18    34  0.72  molprobity  1.000  
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 82   82  0.69  Rotameric          ?          11  138.200    26  0.16    41  0.66  molprobity  1.000  
 83   83  0.94  Rotameric          ?          11  159.450    26  0.14    41  0.62  molprobity  1.000  
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 89   89  0.30  Rotameric          ?          11  167.200    25  0.16    39  0.66  molprobity  1.000  
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 95   95  0.88  Rotameric          ?          10  130.750    22  0.14    34  0.72  molprobity  1.000  
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100  100  0.98  Rotameric          ?          10  184.400    22  0.08    34  0.68  molprobity  1.000  
101  101  0.89  Rotameric          ?          11  223.500    25  0.11    39  0.62  molprobity  1.000  
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113  113  0.90  Rotameric          ?          11  113.130    22  0.08    34  0.67  molprobity  1.000  
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116  116  0.89  Rotameric          ?          11  182.020    22  0.09    34  0.74  molprobity  1.000  
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120  120  0.85  Rotameric          ?          11  181.960    26  0.13    41  0.60  molprobity  1.000  
121  121  0.72  Rotameric          ?          11  205.970    22  0.06    34  0.69  molprobity  1.000  
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123  123     ?  ?                  ?           ?   85.570     ?     ?     ?     ?  ?           0.500  
124  124     ?  ?                  ?           ?  165.240     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
125  125     ?  ?                  ?           ?  107.020     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
126  126     ?  ?                  ?           ?  125.570     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
127  127     ?  ?                  ?           ?  118.760     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
128  128     ?  ?                  ?           ?  109.760     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
129  129     ?  ?                  ?           ?  110.020    14  2.74    11  1.57  mogul       1.000  
130  130     ?  ?                  ?           ?  140.500     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
131  131     ?  ?                  ?           ?  183.090     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
132  132     ?  ?                  ?           ?  103.560     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
133  133     ?  ?                  ?           ?  105.920     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
134  134     ?  ?                  ?           ?  157.840     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
135  135     ?  ?                  ?           ?  171.570     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
136  136     ?  ?                  ?           ?  133.750    14  2.75    11  1.58  mogul       1.000  
137  137     ?  ?                  ?           ?  128.270     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
138  138     ?  ?                  ?           ?  142.670     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
#
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13  103  C8     8  0.41  2.56  
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#
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loop_
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6  136  C08  N07  C03  107.73  102.99    26  1.90  2.49  0.70  
#
loop_
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#
loop_
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_pdbx_vrpt_software.name
_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
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2  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  eds          2.35.1                                                                Y  
4  dcc          '"2.27  (2023-04-10)"'                                                Y  
5  xtriage      1.13                                                                  Y  
6  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
##
