data_6V1L

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  6V1L
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    6V1L
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2019-11-20
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         3
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2023-10-11
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2023-10-05:03:30
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,xtriage,eds,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "Bromodomain-containing protein 4"  
2  non-polymer  4-[4-[(dimethylamino)methyl]-2,5-dimethoxy-phenyl]-2-methyl-2,7-naphthyridin-1-one  
3  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
#
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal        1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num  1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id      1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id  A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id   A
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_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method              x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal                 1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_estimate       11.743
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.I_over_sigma            6.84(2.10A)
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.num_miller_indices      6961
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L_mean   0.478
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L2_mean  0.313
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.twin_fraction           -h,l,k:0.029
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_aniso          "[7.156,14.284,13.949,0.000,0.000,0.000]"
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_anisotropy         0.604
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.trans_NCS_details       "The largest off-origin peak in the Patterson function is 8.99% of the height of the origin peak. No significant pseudotranslation is detected."
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.acentric_outliers       0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.centric_outliers        1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high     2.10
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low      32.77
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                   0.17
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree               0.22
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
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_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.ligand_of_interest
  1  1  1  A    3  ASN  A   44  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  2  1  1  A    4  PRO  A   45  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  3  1  1  A    5  PRO  A   46  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  4  1  1  A    6  PRO  A   47  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  5  1  1  A    7  PRO  A   48  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  6  1  1  A    8  GLU  A   49  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  7  1  1  A    9  THR  A   50  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  8  1  1  A   10  SER  A   51  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  9  1  1  A   11  ASN  A   52  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 10  1  1  A   12  PRO  A   53  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 11  1  1  A   13  ASN  A   54  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 12  1  1  A   14  LYS  A   55  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 13  1  1  A   15  PRO  A   56  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 14  1  1  A   16  LYS  A   57  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 15  1  1  A   17  ARG  A   58  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 16  1  1  A   18  GLN  A   59  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 17  1  1  A   19  THR  A   60  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 18  1  1  A   20  ASN  A   61  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 19  1  1  A   21  GLN  A   62  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 20  1  1  A   22  LEU  A   63  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 21  1  1  A   23  GLN  A   64  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 22  1  1  A   24  TYR  A   65  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 23  1  1  A   25  LEU  A   66  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 24  1  1  A   26  LEU  A   67  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 25  1  1  A   27  ARG  A   68  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 26  1  1  A   28  VAL  A   69  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 27  1  1  A   29  VAL  A   70  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 28  1  1  A   30  LEU  A   71  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 29  1  1  A   31  LYS  A   72  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 30  1  1  A   32  THR  A   73  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 31  1  1  A   33  LEU  A   74  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 32  1  1  A   34  TRP  A   75  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 33  1  1  A   35  LYS  A   76  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 34  1  1  A   36  HIS  A   77  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 35  1  1  A   37  GLN  A   78  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 36  1  1  A   38  PHE  A   79  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 37  1  1  A   39  ALA  A   80  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 38  1  1  A   40  TRP  A   81  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 39  1  1  A   41  PRO  A   82  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 40  1  1  A   42  PHE  A   83  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 41  1  1  A   43  GLN  A   84  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 42  1  1  A   44  GLN  A   85  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 43  1  1  A   45  PRO  A   86  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 44  1  1  A   46  VAL  A   87  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 45  1  1  A   47  ASP  A   88  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 46  1  1  A   48  ALA  A   89  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 47  1  1  A   49  VAL  A   90  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 48  1  1  A   50  LYS  A   91  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 49  1  1  A   51  LEU  A   92  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 50  1  1  A   52  ASN  A   93  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 51  1  1  A   53  LEU  A   94  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 52  1  1  A   54  PRO  A   95  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 53  1  1  A   55  ASP  A   96  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 54  1  1  A   56  TYR  A   97  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 55  1  1  A   57  TYR  A   98  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 56  1  1  A   58  LYS  A   99  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 57  1  1  A   59  ILE  A  100  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 58  1  1  A   60  ILE  A  101  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 59  1  1  A   61  LYS  A  102  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 60  1  1  A   62  THR  A  103  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 61  1  1  A   63  PRO  A  104  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 62  1  1  A   64  MET  A  105  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 63  1  1  A   65  ASP  A  106  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 64  1  1  A   66  MET  A  107  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 65  1  1  A   67  GLY  A  108  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 66  1  1  A   68  THR  A  109  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 67  1  1  A   69  ILE  A  110  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 68  1  1  A   70  LYS  A  111  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 69  1  1  A   71  LYS  A  112  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 70  1  1  A   72  ARG  A  113  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 71  1  1  A   73  LEU  A  114  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 72  1  1  A   74  GLU  A  115  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 73  1  1  A   75  ASN  A  116  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 74  1  1  A   76  ASN  A  117  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 75  1  1  A   77  TYR  A  118  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 76  1  1  A   78  TYR  A  119  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 77  1  1  A   79  TRP  A  120  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 78  1  1  A   80  ASN  A  121  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 79  1  1  A   81  ALA  A  122  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 80  1  1  A   82  GLN  A  123  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 81  1  1  A   83  GLU  A  124  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 82  1  1  A   84  CYS  A  125  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 83  1  1  A   85  ILE  A  126  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 84  1  1  A   86  GLN  A  127  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 85  1  1  A   87  ASP  A  128  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 86  1  1  A   88  PHE  A  129  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 87  1  1  A   89  ASN  A  130  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 88  1  1  A   90  THR  A  131  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 89  1  1  A   91  MET  A  132  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 90  1  1  A   92  PHE  A  133  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 91  1  1  A   93  THR  A  134  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 92  1  1  A   94  ASN  A  135  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 93  1  1  A   95  CYS  A  136  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 94  1  1  A   96  TYR  A  137  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 95  1  1  A   97  ILE  A  138  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 96  1  1  A   98  TYR  A  139  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 97  1  1  A   99  ASN  A  140  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 98  1  1  A  100  LYS  A  141  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 99  1  1  A  101  PRO  A  142  .  ?        ?     ?     ?  ?     
100  1  1  A  102  GLY  A  143  .  ?        ?     ?     ?  ?     
101  1  1  A  103  ASP  A  144  .  ?        ?     ?     ?  ?     
102  1  1  A  104  ASP  A  145  .  ?        ?     ?     ?  ?     
103  1  1  A  105  ILE  A  146  .  ?        ?     ?     ?  ?     
104  1  1  A  106  VAL  A  147  .  ?        ?     ?     ?  ?     
105  1  1  A  107  LEU  A  148  .  ?        ?     ?     ?  ?     
106  1  1  A  108  MET  A  149  .  ?        ?     ?     ?  ?     
107  1  1  A  109  ALA  A  150  .  ?        ?     ?     ?  ?     
108  1  1  A  110  GLU  A  151  .  ?        ?     ?     ?  ?     
109  1  1  A  111  ALA  A  152  .  ?        ?     ?     ?  ?     
110  1  1  A  112  LEU  A  153  .  ?        ?     ?     ?  ?     
111  1  1  A  113  GLU  A  154  .  ?        ?     ?     ?  ?     
112  1  1  A  114  LYS  A  155  .  ?        ?     ?     ?  ?     
113  1  1  A  115  LEU  A  156  .  ?        ?     ?     ?  ?     
114  1  1  A  116  PHE  A  157  .  ?        ?     ?     ?  ?     
115  1  1  A  117  LEU  A  158  .  ?        ?     ?     ?  ?     
116  1  1  A  118  GLN  A  159  .  ?        ?     ?     ?  ?     
117  1  1  A  119  LYS  A  160  .  ?        ?     ?     ?  ?     
118  1  1  A  120  ILE  A  161  .  ?        ?     ?     ?  ?     
119  1  1  A  121  ASN  A  162  .  ?        ?     ?     ?  ?     
120  1  1  A  122  GLU  A  163  .  ?        ?     ?     ?  ?     
121  1  1  A  123  LEU  A  164  .  ?        ?     ?     ?  ?     
122  1  1  A  124  PRO  A  165  .  ?        ?     ?     ?  ?     
123  1  1  A  125  THR  A  166  .  ?        ?     ?     ?  ?     
124  1  2  B    .  5U6  A  201  .  ?        5    10     4  Y     
125  1  3  C    .  HOH  A  301  .  ?        ?     ?     ?  ?     
126  1  3  C    .  HOH  A  302  .  ?        ?     ?     ?  ?     
127  1  3  C    .  HOH  A  303  .  ?        ?     ?     ?  ?     
128  1  3  C    .  HOH  A  304  .  ?        ?     ?     ?  ?     
129  1  3  C    .  HOH  A  305  .  ?        ?     ?     ?  ?     
130  1  3  C    .  HOH  A  306  .  ?        ?     ?     ?  ?     
131  1  3  C    .  HOH  A  307  .  ?        ?     ?     ?  ?     
132  1  3  C    .  HOH  A  308  .  ?        ?     ?     ?  ?     
133  1  3  C    .  HOH  A  309  .  ?        ?     ?     ?  ?     
134  1  3  C    .  HOH  A  310  .  ?        ?     ?     ?  ?     
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loop_
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_pdbx_vrpt_software.name
_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
2  xtriage      1.13                                                                  Y  
3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  N  
##
