data_7TDA

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  7TDA
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    7TDA
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2021-12-30
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         3
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2023-10-18
_pdbx_vrpt_summary.RNA_suiteness               0.62
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2023-10-10:05:20
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,xtriage,eds,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "thiM TPP riboswitch RNA (80-MER)"  
2  non-polymer  "THIAMINE DIPHOSPHATE"  
3  non-polymer  "MAGNESIUM ION"  
4  non-polymer  "MANGANESE (II) ION"  
5  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
D  3  
E  3  
F  3  
G  3  
H  3  
I  4  
J  4  
K  4  
L  4  
M  4  
N  4  
O  4  
P  4  
Q  4  
R  5  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all   x-ray  
2  2.25  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore    
2  RSRZ_outliers_percent  
3  R_value_R_free         
4  RNAsuiteness_percent   
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1  49.07  141614     ?     ?  
2  2  1  51.38    1487  2.26  2.26  
3  1  2   3.28  127900     ?     ?  
4  2  2   2.80    1356  2.26  2.26  
5  1  3  57.97  130704     ?     ?  
6  2  3  70.27    1377  2.26  2.26  
7  1  4  67.86    3102     ?     ?  
8  2  4  58.66    1016  1.86  2.66  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  3.28  
2  4  2  A  1  1  A  2.80  
#
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num    1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id        1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id    A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id     A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ      0.90
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ       0.41
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ   1831
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ  2850
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore       5.87
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce     849
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ   1831
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ       0.41
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ  2850
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ      0.90
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method                x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal                   1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_b                 91.777
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_b            42.548
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_estimate         60.956
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.I_over_sigma              1.15(2.24A)
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.num_miller_indices        12042
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_k                 0.611
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_k            0.279
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L_mean     0.490
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L2_mean    0.323
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Fo_Fc_correlation         0.952
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.twin_fraction             -h,-k,l:0.059
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_R                     0.21
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_Rfree                 0.23
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_R                     0.22
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_high              2.25
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_low               28.32
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_aniso            "[64.112,64.112,54.313,-0.000,0.000,0.000]"
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_anisotropy           0.161
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.trans_NCS_details         "The largest off-origin peak in the Patterson function is 4.99% of the height of the origin peak. No significant pseudotranslation is detected."
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.B_factor_type             FULL
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.acentric_outliers         0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.centric_outliers          0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_completeness         94.34
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.number_reflns_R_free      1203
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_free_reflections  9.99
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_RSRZ_outliers     12.66
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high       2.25
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low        29.05
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                     0.21
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree                 0.23
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.ligand_of_interest
  1  1  1  A   1  G    A    9  .  ?        1     ?     ?  ?     
  2  1  1  A   2  C    A   10  .  ?        1     ?     ?  ?     
  3  1  1  A   3  G    A   11  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  4  1  1  A   4  A    A   12  .  ?        2     ?     ?  ?     
  5  1  1  A   5  C    A   13  .  ?        3     ?     ?  ?     
  6  1  1  A   6  U    A   14  .  ?        2     ?     ?  ?     
  7  1  1  A   7  C    A   15  .  ?        1     ?     ?  ?     
  8  1  1  A   8  G    A   16  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  9  1  1  A   9  G    A   17  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 10  1  1  A  10  G    A   18  .  ?        1     ?     ?  ?     
 11  1  1  A  11  G    A   19  .  ?        1     ?     ?  ?     
 12  1  1  A  12  U    A   20  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 13  1  1  A  13  G    A   21  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 14  1  1  A  14  C    A   22  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 15  1  1  A  15  C    A   23  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 16  1  1  A  16  C    A   24  .  ?        1     ?     ?  ?     
 17  1  1  A  17  U    A   25  .  ?        1     ?     ?  ?     
 18  1  1  A  18  U    A   26  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 19  1  1  A  22  C    A   30  .  ?        1     ?     ?  ?     
 20  1  1  A  23  G    A   31  .  ?        1     ?     ?  ?     
 21  1  1  A  24  U    A   32  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 22  1  1  A  25  G    A   33  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 23  1  1  A  26  A    A   34  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 24  1  1  A  27  A    A   35  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 25  1  1  A  28  G    A   36  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 26  1  1  A  29  G    A   37  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 27  1  1  A  30  C    A   38  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 28  1  1  A  31  U    A   39  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 29  1  1  A  32  G    A   40  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 30  1  1  A  33  A    A   41  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 31  1  1  A  34  G    A   42  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 32  1  1  A  35  A    A   43  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 33  1  1  A  36  A    A   44  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 34  1  1  A  37  A    A   45  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 35  1  1  A  38  U    A   46  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 36  1  1  A  39  A    A   47  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 37  1  1  A  40  C    A   48  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 38  1  1  A  41  C    A   49  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 39  1  1  A  42  C    A   50  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 40  1  1  A  43  G    A   51  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 41  1  1  A  44  U    A   52  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 42  1  1  A  45  A    A   53  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 43  1  1  A  46  U    A   54  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 44  1  1  A  47  C    A   55  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 45  1  1  A  48  A    A   56  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 46  1  1  A  49  C    A   57  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 47  1  1  A  50  C    A   58  .  ?        1     ?     ?  ?     
 48  1  1  A  51  U    A   59  .  ?        1     ?     ?  ?     
 49  1  1  A  52  G    A   60  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 50  1  1  A  53  A    A   61  .  ?        1     ?     ?  ?     
 51  1  1  A  54  U    A   62  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 52  1  1  A  55  C    A   63  .  ?        1     ?     ?  ?     
 53  1  1  A  56  U    A   64  .  ?        1     ?     ?  ?     
 54  1  1  A  57  G    A   65  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 55  1  1  A  58  G    A   66  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 56  1  1  A  59  A    A   67  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 57  1  1  A  60  U    A   68  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 58  1  1  A  61  A    A   69  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 59  1  1  A  62  A    A   70  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 60  1  1  A  63  U    A   71  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 61  1  1  A  64  G    A   72  .  ?        2     ?     ?  ?     
 62  1  1  A  65  C    A   73  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 63  1  1  A  66  C    A   74  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 64  1  1  A  67  A    A   75  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 65  1  1  A  68  G    A   76  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 66  1  1  A  69  C    A   77  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 67  1  1  A  70  G    A   78  .  ?        1     ?     ?  ?     
 68  1  1  A  71  U    A   79  .  ?        1     ?     ?  ?     
 69  1  1  A  72  A    A   80  .  ?        2     ?     ?  ?     
 70  1  1  A  73  G    A   81  .  ?        2     ?     ?  ?     
 71  1  1  A  74  G    A   82  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 72  1  1  A  75  G    A   83  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 73  1  1  A  76  A    A   84  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 74  1  1  A  77  A    A   85  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 75  1  1  A  78  G    A   86  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 76  1  1  A  79  U    A   87  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 77  1  1  A  80  C    A   88  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 78  1  1  A  81  G    A   89  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 79  1  1  A  82  C    A   90  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 80  1  1  A  83  A23  A   91  .  ?        ?     1     1  Y     
 81  1  2  B   .  TPP  A  201  .  ?        ?     ?     5  Y     
 82  1  3  C   .  MG   A  202  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 83  1  3  D   .  MG   A  203  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 84  1  3  E   .  MG   A  204  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 85  1  3  F   .  MG   A  205  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 86  1  3  G   .  MG   A  206  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 87  1  3  H   .  MG   A  207  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 88  1  4  I   .  MN   A  208  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 89  1  4  J   .  MN   A  209  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 90  1  4  K   .  MN   A  210  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 91  1  4  L   .  MN   A  211  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 92  1  4  M   .  MN   A  212  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 93  1  4  N   .  MN   A  213  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 94  1  4  O   .  MN   A  214  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 95  1  4  P   .  MN   A  215  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 96  1  4  Q   .  MN   A  216  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 97  1  5  R   .  HOH  A  301  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 98  1  5  R   .  HOH  A  302  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 99  1  5  R   .  HOH  A  303  .  ?        1     ?     ?  ?     
100  1  5  R   .  HOH  A  304  .  ?        ?     ?     ?  ?     
101  1  5  R   .  HOH  A  305  .  ?        ?     ?     ?  ?     
102  1  5  R   .  HOH  A  306  .  ?        ?     ?     ?  ?     
103  1  5  R   .  HOH  A  307  .  ?        ?     ?     ?  ?     
104  1  5  R   .  HOH  A  308  .  ?        ?     ?     ?  ?     
105  1  5  R   .  HOH  A  309  .  ?        ?     ?     ?  ?     
106  1  5  R   .  HOH  A  310  .  ?        ?     ?     ?  ?     
107  1  5  R   .  HOH  A  311  .  ?        ?     ?     ?  ?     
108  1  5  R   .  HOH  A  312  .  ?        ?     ?     ?  ?     
109  1  5  R   .  HOH  A  313  .  ?        ?     ?     ?  ?     
110  1  5  R   .  HOH  A  314  .  ?        ?     ?     ?  ?     
111  1  5  R   .  HOH  A  315  .  ?        ?     ?     ?  ?     
112  1  5  R   .  HOH  A  316  .  ?        ?     ?     ?  ?     
113  1  5  R   .  HOH  A  317  .  ?        ?     ?     ?  ?     
114  1  5  R   .  HOH  A  318  .  ?        ?     ?     ?  ?     
115  1  5  R   .  HOH  A  319  .  ?        ?     ?     ?  ?     
116  1  5  R   .  HOH  A  320  .  ?        ?     ?     ?  ?     
117  1  5  R   .  HOH  A  321  .  ?        ?     ?     ?  ?     
118  1  5  R   .  HOH  A  322  .  ?        ?     ?     ?  ?     
119  1  5  R   .  HOH  A  323  .  ?        ?     ?     ?  ?     
120  1  5  R   .  HOH  A  324  .  ?        ?     ?     ?  ?     
121  1  5  R   .  HOH  A  325  .  ?        ?     ?     ?  ?     
122  1  5  R   .  HOH  A  326  .  ?        ?     ?     ?  ?     
123  1  5  R   .  HOH  A  327  .  ?        ?     ?     ?  ?     
124  1  5  R   .  HOH  A  328  .  ?        ?     ?     ?  ?     
125  1  5  R   .  HOH  A  329  .  ?        ?     ?     ?  ?     
126  1  5  R   .  HOH  A  330  .  ?        ?     ?     ?  ?     
127  1  5  R   .  HOH  A  331  .  ?        ?     ?     ?  ?     
128  1  5  R   .  HOH  A  332  .  ?        ?     ?     ?  ?     
129  1  5  R   .  HOH  A  333  .  ?        ?     ?     ?  ?     
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.instance_id
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.RNA_score
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.RNA_suite
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.RNA_pucker
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.num_H_reduce
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.OWAB
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.num_angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.program_for_bond_angle_geometry
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.average_occupancy
  1    1  0.00  NotAvailable       ?          12   51.050    23  0.46    37  0.69  molprobity  1.000  
  2    2  0.97  Rotameric          ?          11   55.690    22  0.33    34  0.86  molprobity  1.000  
  3    3  0.91  Rotameric          ?          11   57.430    26  0.53    41  0.84  molprobity  1.000  
  4    4  0.93  Rotameric          ?          11   59.910    25  0.43    39  0.60  molprobity  1.000  
  5    5  0.65  Rotameric          ?          11   59.260    22  0.29    34  0.72  molprobity  1.000  
  6    6  0.86  Rotameric          ?          10   60.610    22  0.21    34  0.74  molprobity  1.000  
  7    7  0.85  Rotameric          ?          11   60.640    22  0.31    34  0.61  molprobity  1.000  
  8    8  0.39  Rotameric          ?          11   56.950    26  0.44    41  1.05  molprobity  1.000  
  9    9  0.89  Rotameric          ?          11   53.040    26  0.42    41  0.57  molprobity  1.000  
 10   10  0.95  Rotameric          ?          11   51.970    26  0.34    41  1.07  molprobity  1.000  
 11   11  0.67  Rotameric          ?          11   52.090    26  0.34    41  0.71  molprobity  1.000  
 12   12  0.85  Rotameric          ?          10   55.800    22  0.68    34  1.63  molprobity  1.000  
 13   13  0.66  Rotameric          ?          11   53.260    26  0.84    41  1.66  molprobity  1.000  
 14   14  0.51  Rotameric          ?          11   51.710    22  0.45    34  1.44  molprobity  1.000  
 15   15  0.89  Rotameric          ?          11   55.200    22  0.42    34  1.13  molprobity  1.000  
 16   16  0.33  Rotameric          outlier    11   69.090    22  0.50    34  1.67  molprobity  1.000  
 17   17  0.00  Triaged/NotBinned  ?          10   72.470    22  0.33    34  0.65  molprobity  1.000  
 18   18     ?  ?                  ?           ?   93.220     3  0.24     3  0.47  molprobity  1.000  
 19   19  0.00  NotAvailable       ?          11  100.830    22  0.18    34  0.76  molprobity  1.000  
 20   20  0.05  Rotameric          ?          11  104.050    26  0.26    41  0.71  molprobity  1.000  
 21   21  0.00  NonRotameric       ?          10  100.970    22  0.46    34  1.15  molprobity  1.000  
 22   22  0.00  Triaged/NotBinned  ?          11   94.600    26  0.55    41  1.46  molprobity  1.000  
 23   23  0.09  Rotameric          ?          11   95.440    25  0.64    39  1.08  molprobity  1.000  
 24   24  0.77  Rotameric          ?          11   83.780    25  0.27    39  0.79  molprobity  1.000  
 25   25  0.85  Rotameric          ?          11   64.940    26  0.28    41  0.67  molprobity  1.000  
 26   26  0.76  Rotameric          ?          11   52.420    26  0.52    41  0.72  molprobity  1.000  
 27   27  0.76  Rotameric          ?          11   49.060    22  0.31    34  0.77  molprobity  1.000  
 28   28  0.78  Rotameric          ?          10   48.510    22  0.34    34  0.92  molprobity  1.000  
 29   29  0.89  Rotameric          ?          11   49.190    26  0.44    41  0.96  molprobity  1.000  
 30   30  0.85  Rotameric          ?          11   53.080    25  0.40    39  0.80  molprobity  1.000  
 31   31  0.70  Rotameric          ?          11   51.140    26  0.53    41  0.79  molprobity  1.000  
 32   32  0.41  Rotameric          ?          11   51.790    25  0.44    39  0.74  molprobity  1.000  
 33   33  0.06  Rotameric          ?          11   68.970    25  0.27    39  0.72  molprobity  1.000  
 34   34  0.02  Rotameric          ?          11   77.470    25  0.25    39  0.82  molprobity  1.000  
 35   35     ?  ?                  ?           6   99.420    12  0.42    18  0.71  molprobity  1.000  
 36   36  0.00  NonRotameric       ?          11   75.010    25  0.35    39  0.87  molprobity  1.000  
 37   37  0.36  Rotameric          ?          11   61.460    22  0.41    34  0.69  molprobity  1.000  
 38   38  0.87  Rotameric          ?          11   56.720    22  0.43    34  1.06  molprobity  1.000  
 39   39  0.79  Rotameric          ?          11   54.960    22  0.41    34  0.84  molprobity  1.000  
 40   40  0.89  Rotameric          ?          11   58.000    26  0.39    41  0.77  molprobity  1.000  
 41   41  0.68  Rotameric          ?          10   75.140    22  0.24    34  0.62  molprobity  1.000  
 42   42  0.48  Rotameric          ?          11   86.560    25  0.53    39  1.32  molprobity  1.000  
 43   43  0.56  Rotameric          ?          10  117.260    22  0.30    34  0.62  molprobity  1.000  
 44   44     ?  ?                  ?           2  106.380     8  0.70    11  1.06  molprobity  1.000  
 45   45  0.00  Triaged/NotBinned  ?          11   60.520    25  0.40    39  0.71  molprobity  1.000  
 46   46  0.63  Rotameric          ?          11   55.010    22  0.23    34  0.89  molprobity  1.000  
 47   47  0.85  Rotameric          ?          11   56.840    22  0.23    34  0.79  molprobity  1.000  
 48   48  0.75  Rotameric          ?          10   56.390    22  0.40    34  0.99  molprobity  1.000  
 49   49  0.81  Rotameric          ?          11   55.410    26  0.38    41  0.94  molprobity  1.000  
 50   50  0.00  NonRotameric       ?          11   52.730    25  0.42    39  0.98  molprobity  1.000  
 51   51  0.43  Rotameric          ?          10   52.970    22  0.31    34  0.52  molprobity  1.000  
 52   52  0.15  Rotameric          ?          11   52.330    22  0.37    34  0.71  molprobity  1.000  
 53   53  0.88  Rotameric          ?          10   55.050    22  0.53    34  0.80  molprobity  1.000  
 54   54  0.84  Rotameric          ?          11   59.550    26  0.37    41  0.75  molprobity  1.000  
 55   55  0.89  Rotameric          ?          11   61.650    26  0.46    41  0.74  molprobity  1.000  
 56   56  0.89  Rotameric          ?          11   61.260    25  0.50    39  0.97  molprobity  1.000  
 57   57  0.64  Rotameric          ?          10   57.330    22  0.30    34  0.84  molprobity  1.000  
 58   58  0.69  Rotameric          ?          11   58.070    25  0.39    39  0.85  molprobity  1.000  
 59   59  0.84  Rotameric          ?          11   55.700    25  0.35    39  0.67  molprobity  1.000  
 60   60  0.73  Rotameric          ?          10   53.240    22  0.36    34  1.01  molprobity  1.000  
 61   61  0.00  NonRotameric       ?          11   72.700    26  0.62    41  1.23  molprobity  1.000  
 62   62  0.00  NonRotameric       ?          11   54.340    22  0.28    34  0.62  molprobity  1.000  
 63   63  0.88  Rotameric          ?          11   57.660    22  0.30    34  0.71  molprobity  1.000  
 64   64  0.96  Rotameric          ?          11   59.150    25  0.44    39  0.87  molprobity  1.000  
 65   65  0.90  Rotameric          ?          11   61.070    26  0.36    41  0.61  molprobity  1.000  
 66   66  0.74  Rotameric          ?          11   61.940    22  0.27    34  0.74  molprobity  1.000  
 67   67  0.93  Rotameric          ?          11   64.210    26  0.56    41  1.28  molprobity  1.000  
 68   68     ?  ?                  ?           2   78.970     8  0.28    11  0.81  molprobity  1.000  
 69   69  0.00  NonRotameric       ?          11   72.930    25  0.38    39  0.86  molprobity  1.000  
 70   70  0.84  Rotameric          ?          11   70.690    26  0.38    41  1.07  molprobity  1.000  
 71   71  0.90  Rotameric          ?          11   67.270    26  0.30    41  0.73  molprobity  1.000  
 72   72  0.73  Rotameric          ?          11   65.630    26  0.25    41  0.67  molprobity  1.000  
 73   73  0.08  Rotameric          ?          11   60.620    25  0.38    39  0.76  molprobity  1.000  
 74   74  0.00  NonRotameric       ?          11   60.120    25  0.36    39  0.87  molprobity  1.000  
 75   75  0.68  Rotameric          ?          11   63.050    26  0.38    41  0.77  molprobity  1.000  
 76   76  0.82  Rotameric          ?          10   65.170    22  0.32    34  0.89  molprobity  1.000  
 77   77  0.72  Rotameric          ?          11   62.340    22  0.31    34  0.60  molprobity  1.000  
 78   78  0.74  Rotameric          ?          11   52.980    26  0.37    41  0.63  molprobity  1.000  
 79   79  0.84  Rotameric          ?          11   50.160    21  0.35    30  0.76  molprobity  1.000  
 80   80  0.00  NonRotameric       ?          10   58.220    19  0.87    19  1.45  mogul       1.000  
 81   81     ?  ?                  ?          16   57.020    22  0.87    29  0.97  mogul       1.000  
 82   82     ?  ?                  ?           ?   58.810     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 83   83     ?  ?                  ?           ?   71.560     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 84   84     ?  ?                  ?           ?   43.810     ?     ?     ?     ?  ?           0.630  
 85   85     ?  ?                  ?           ?   63.080     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 86   86     ?  ?                  ?           ?   76.800     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 87   87     ?  ?                  ?           ?   92.110     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 88   88     ?  ?                  ?           ?   71.200     ?     ?     ?     ?  ?           0.580  
 89   89     ?  ?                  ?           ?   90.500     ?     ?     ?     ?  ?           0.840  
 90   90     ?  ?                  ?           ?   56.910     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 91   91     ?  ?                  ?           ?   64.500     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 92   92     ?  ?                  ?           ?   53.280     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 93   93     ?  ?                  ?           ?   62.240     ?     ?     ?     ?  ?           0.690  
 94   94     ?  ?                  ?           ?   70.260     ?     ?     ?     ?  ?           0.870  
 95   95     ?  ?                  ?           ?   73.660     ?     ?     ?     ?  ?           0.650  
 96   96     ?  ?                  ?           ?   71.770     ?     ?     ?     ?  ?           0.470  
 97   97     ?  ?                  ?           ?   56.380     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 98   98     ?  ?                  ?           ?   53.950     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 99   99     ?  ?                  ?           ?   62.690     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
100  100     ?  ?                  ?           ?   59.640     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
101  101     ?  ?                  ?           ?   54.130     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
102  102     ?  ?                  ?           ?   52.210     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
103  103     ?  ?                  ?           ?   63.170     ?     ?     ?     ?  ?           0.650  
104  104     ?  ?                  ?           ?   67.490     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
105  105     ?  ?                  ?           ?   56.950     ?     ?     ?     ?  ?           0.870  
106  106     ?  ?                  ?           ?   56.940     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
107  107     ?  ?                  ?           ?   53.170     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
108  108     ?  ?                  ?           ?   61.240     ?     ?     ?     ?  ?           0.650  
109  109     ?  ?                  ?           ?   52.120     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
110  110     ?  ?                  ?           ?   56.780     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
111  111     ?  ?                  ?           ?   54.740     ?     ?     ?     ?  ?           0.870  
112  112     ?  ?                  ?           ?   60.970     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
113  113     ?  ?                  ?           ?   65.770     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
114  114     ?  ?                  ?           ?   55.500     ?     ?     ?     ?  ?           0.690  
115  115     ?  ?                  ?           ?   50.850     ?     ?     ?     ?  ?           0.690  
116  116     ?  ?                  ?           ?   59.010     ?     ?     ?     ?  ?           0.690  
117  117     ?  ?                  ?           ?   50.840     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
118  118     ?  ?                  ?           ?   54.840     ?     ?     ?     ?  ?           0.690  
119  119     ?  ?                  ?           ?   50.350     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
120  120     ?  ?                  ?           ?   58.580     ?     ?     ?     ?  ?           0.870  
121  121     ?  ?                  ?           ?   62.190     ?     ?     ?     ?  ?           0.870  
122  122     ?  ?                  ?           ?   59.600     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
123  123     ?  ?                  ?           ?   53.750     ?     ?     ?     ?  ?           0.870  
124  124     ?  ?                  ?           ?   70.420     ?     ?     ?     ?  ?           0.650  
125  125     ?  ?                  ?           ?   56.380     ?     ?     ?     ?  ?           0.650  
126  126     ?  ?                  ?           ?   65.400     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
127  127     ?  ?                  ?           ?   64.790     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
128  128     ?  ?                  ?           ?   65.000     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
129  129     ?  ?                  ?           ?   52.430     ?     ?     ?     ?  ?           0.690  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_clashes.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_clashes.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_clashes.label_atom_id
_pdbx_vrpt_instance_clashes.cid
_pdbx_vrpt_instance_clashes.clashmag
_pdbx_vrpt_instance_clashes.dist
 1   1  "H2'"   1  0.40  2.56  
 2   2  C6      1  0.40  2.56  
 3   4  "H2'"   2  0.47  2.49  
 4   4  "H2'"   3  0.43  1.83  
 5   5  "H2'"   4  0.47  2.49  
 6   5  C6      2  0.47  2.49  
 7   5  H6      3  0.43  1.83  
 8   6  C6      4  0.47  2.49  
 9   6  "H2'"   5  0.47  2.15  
10   7  "O4'"   5  0.47  2.15  
11  10  "H2'"   6  0.40  2.57  
12  11  C8      6  0.40  2.57  
13  16  "H4'"   7  0.65  1.77  
14  17  "H5'"   7  0.65  1.77  
15  19  C2      8  0.43  3.05  
16  20  C8      8  0.43  3.05  
17  47  "H2'"   9  0.44  2.52  
18  48  C6      9  0.44  2.52  
19  50  H2     10  0.50  1.60  
20  52  "H2'"  11  0.41  2.56  
21  53  C6     11  0.41  2.56  
22  61  N2     12  0.62  2.31  
23  61  H21    10  0.50  1.60  
24  67  "H4'"  13  0.81  1.60  
25  68  "H5'"  13  0.81  1.60  
26  69  "H2'"  14  0.54  2.43  
27  69  "H2'"  15  0.44  1.81  
28  70  C8     14  0.54  2.43  
29  70  H8     15  0.44  1.81  
30  99  O      12  0.62  2.31  
#
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.ordinal      1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.instance_id  80
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_1       N3
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_2       C2
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_3       N1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.obsval       122.02
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.mean         128.68
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.numobs       136
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.stdev        1.56
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.Zscore       -4.26
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.mindiff      3.15
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_3
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_4
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.obsval
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.mean
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.numobs
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.mindiff
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.local_density
1  80  "C4'"  "C5'"  "O5'"  P    -113.00  44.35  456  16.33   0.58  2.85  
2  81  C4     C5     C6     C7    143.67  50.99   41  14.50  22.55  0.00  
3  81  C5     C6     C7     O7    -35.44  72.62   49  53.19   9.90  2.04  
4  81  C7     O7     PA     O1A   131.91  65.02   43  24.50  15.13  0.00  
5  81  C7     O7     PA     O2A  -106.36  52.21   43  13.90  23.36  0.00  
6  81  C7     O7     PA     O3A    12.14  68.94   46  35.11  34.38  0.00  
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance_density.ordinal
_pdbx_vrpt_model_instance_density.instance_id
_pdbx_vrpt_model_instance_density.natoms_eds
_pdbx_vrpt_model_instance_density.RSRCC
_pdbx_vrpt_model_instance_density.RSR
_pdbx_vrpt_model_instance_density.RSRZ
  1    1  20   0.918  0.167   0.601  
  2    2  20   0.939  0.148   0.134  
  3    3  23   0.957  0.163   0.519  
  4    4  22   0.893  0.160   0.378  
  5    5  20   0.882  0.179   0.725  
  6    6  20   0.925  0.134  -0.176  
  7    7  20   0.927  0.171   0.573  
  8    8  23   0.935  0.145   0.153  
  9    9  23   0.945  0.182   0.906  
 10   10  23   0.940  0.179   0.845  
 11   11  23   0.963  0.210   1.477  
 12   12  20   0.950  0.192   0.675  
 13   13  23   0.957  0.201   1.293  
 14   14  20   0.930  0.206   1.240  
 15   15  20   0.933  0.165   0.458  
 16   16  20   0.851  0.207   1.260  
 17   17  20   0.843  0.230   1.233  
 18   18   4   0.884  0.241   1.395  
 19   19  20   0.593  0.250   2.080  
 20   20  23   0.671  0.263   2.556  
 21   21  20   0.559  0.288   2.085  
 22   22  23   0.707  0.294   3.187  
 23   23  22   0.502  0.299   3.131  
 24   24  22   0.735  0.196   1.091  
 25   25  23   0.930  0.147   0.193  
 26   26  23   0.945  0.184   0.947  
 27   27  20   0.958  0.188   0.897  
 28   28  20   0.961  0.199   0.778  
 29   29  23   0.951  0.168   0.621  
 30   30  22   0.962  0.182   0.814  
 31   31  23   0.942  0.172   0.703  
 32   32  22   0.924  0.200   1.170  
 33   33  22   0.891  0.211   1.388  
 34   34  22   0.858  0.181   0.794  
 35   35  11   0.824  0.326   2.643  
 36   36  22   0.793  0.237   1.903  
 37   37  20   0.918  0.174   0.630  
 38   38  20   0.957  0.130  -0.210  
 39   39  20   0.951  0.130  -0.210  
 40   40  23   0.954  0.143   0.112  
 41   41  20   0.883  0.239   1.366  
 42   42  22   0.814  0.363   4.398  
 43   43  20   0.545  0.483   4.949  
 44   44   8   0.476  0.397   4.885  
 45   45  22   0.861  0.173   0.636  
 46   46  20   0.962  0.167   0.496  
 47   47  20   0.933  0.209   1.298  
 48   48  20   0.943  0.161   0.220  
 49   49  23   0.948  0.158   0.418  
 50   50  22   0.947  0.170   0.576  
 51   51  20   0.958  0.166   0.294  
 52   52  20   0.948  0.208   1.279  
 53   53  20   0.960  0.172   0.382  
 54   54  23   0.952  0.147   0.193  
 55   55  23   0.884  0.143   0.112  
 56   56  22   0.934  0.119  -0.434  
 57   57  20   0.892  0.163   0.250  
 58   58  22   0.941  0.125  -0.315  
 59   59  22   0.931  0.152   0.220  
 60   60  20   0.956  0.161   0.220  
 61   61  23   0.865  0.296   3.228  
 62   62  20   0.956  0.151   0.191  
 63   63  20   0.941  0.170   0.553  
 64   64  22   0.930  0.169   0.556  
 65   65  23   0.932  0.152   0.295  
 66   66  20   0.938  0.151   0.191  
 67   67  23   0.884  0.185   0.967  
 68   68   8   0.903  0.146   0.000  
 69   69  22   0.774  0.172   0.616  
 70   70  23   0.770  0.203   1.334  
 71   71  23   0.900  0.157   0.397  
 72   72  23   0.846  0.171   0.682  
 73   73  22   0.896  0.146   0.101  
 74   74  22   0.906  0.159   0.358  
 75   75  23   0.886  0.131  -0.132  
 76   76  20   0.902  0.196   0.734  
 77   77  20   0.929  0.172   0.592  
 78   78  23   0.925  0.163   0.519  
 79   79  20   0.947  0.156   0.286  
 80   80  25   0.934  0.135       ?  
 81   81  26   0.866  0.243       ?  
 82   82   1   0.767  0.327       ?  
 83   83   1   0.777  0.200       ?  
 84   84   1   0.928  0.328       ?  
 85   85   1   0.785  0.273       ?  
 86   86   1   0.873  0.484       ?  
 87   87   1   0.707  0.250       ?  
 88   88   1   0.928  0.272       ?  
 89   89   1   0.827  0.252       ?  
 90   90   1   0.948  0.131       ?  
 91   91   1   0.902  0.179       ?  
 92   92   1   0.985  0.185       ?  
 93   93   1   0.944  0.071       ?  
 94   94   1   0.985  0.104       ?  
 95   95   1   0.856  0.084       ?  
 96   96   1   0.745  0.264       ?  
 97   97   1   0.833  0.231       ?  
 98   98   1   0.678  0.229       ?  
 99   99   1   0.948  0.632       ?  
100  100   1   0.531  0.392       ?  
101  101   1   0.974  0.195       ?  
102  102   1   0.960  0.232       ?  
103  103   1   0.899  0.173       ?  
104  104   1  -0.177  0.430       ?  
105  105   1   0.959  0.293       ?  
106  106   1   0.985  0.201       ?  
107  107   1   0.992  0.355       ?  
108  108   1   0.436  0.298       ?  
109  109   1   0.874  0.230       ?  
110  110   1   0.956  0.228       ?  
111  111   1   0.917  0.200       ?  
112  112   1   0.849  0.364       ?  
113  113   1   0.862  0.181       ?  
114  114   1   0.852  0.257       ?  
115  115   1   0.815  0.383       ?  
116  116   1   0.893  0.618       ?  
117  117   1   0.981  0.165       ?  
118  118   1   0.923  0.162       ?  
119  119   1   0.806  0.545       ?  
120  120   1   0.941  0.180       ?  
121  121   1   0.862  0.756       ?  
122  122   1   0.748  0.593       ?  
123  123   1   0.966  0.160       ?  
124  124   1   0.873  0.352       ?  
125  125   1   0.776  0.262       ?  
126  126   1   0.740  0.388       ?  
127  127   1   0.609  0.302       ?  
128  128   1   0.569  0.392       ?  
129  129   1   0.981  0.694       ?  
#
loop_
_pdbx_vrpt_software.ordinal
_pdbx_vrpt_software.name
_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  eds          2.35.1                                                                Y  
4  dcc          '"2.27  (2023-04-10)"'                                                Y  
5  xtriage      1.13                                                                  Y  
6  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
##
