data_5T3K

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  5T3K
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    5T3K
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2016-08-25
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         2
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2024-03-06
_pdbx_vrpt_summary.RNA_suiteness               0.71
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2024-02-28:23:14
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,xtriage,eds,mogul,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "RNA (5'-R(*GP*GP*UP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*CP*UP*GP*G)-3')"  
2  polymer      "RNA (5'-R(*CP*AP*GP*CP*GP*(75B)P*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*C)-3')"  
3  non-polymer  "MAGNESIUM ION"  
4  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  1  
D  2  
E  3  
F  3  
G  3  
H  3  
I  3  
J  3  
K  3  
L  3  
M  3  
N  3  
O  4  
P  4  
Q  4  
R  4  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all    x-ray  
2  2.142  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore    
2  RSRZ_outliers_percent  
3  R_value_R_free         
4  RNAsuiteness_percent   
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1   73.25  141614     ?     ?  
2  2  1   67.51    2653  2.12  2.16  
3  1  2  100.00  127900     ?     ?  
4  2  2  100.00    2485  2.12  2.16  
5  1  3   36.52  130704     ?     ?  
6  2  3   36.89    2523  2.12  2.16  
7  1  4   86.85    3102     ?     ?  
8  2  4   82.07    1104  1.68  2.60  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  100.00  
2  4  2  A  1  1  A  100.00  
3  3  2  B  1  2  B  100.00  
4  4  2  B  1  2  B  100.00  
5  3  2  C  1  1  C  100.00  
6  4  2  C  1  1  C  100.00  
7  3  2  D  1  2  D  100.00  
8  4  2  D  1  2  D  100.00  
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
1  1  1  A  A  1.35  0.84  412  643  
2  1  2  B  B  1.33  0.73  345  532  
3  1  1  C  C  1.38  0.76  412  643  
4  1  2  D  D  1.43  0.83  345  532  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore       3.30
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce     704
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ   1514
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ       0.79
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ  2350
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ      1.37
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method                x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal                   1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_b                 96.389
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_b            38.126
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_estimate         32.720
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.I_over_sigma              -0.20(2.14A)
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.num_miller_indices        7502
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_k                 0.405
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_k            0.305
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L_mean     0.517
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L2_mean    0.354
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Fo_Fc_correlation         0.951
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.twin_fraction             l,-k,h:0.073
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_R                     0.20
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_Rfree                 0.25
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_R                     0.21
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_high              2.14
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_low               29.59
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_aniso            "[36.634,35.340,29.468,0.000,-3.235,0.000]"
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_anisotropy           0.212
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.trans_NCS_details         "The analyses of the Patterson function reveals a significant off-origin peak that is 24.29 % of the origin peak, indicating pseudo-translational symmetry.  The chance of finding a peak of this or larger height by random in a structure without pseudo-translational symmetry is equal to 3.9437e-03. The detected translational NCS is most likely also responsible for the elevated intensity ratio.  See the relevant section of the logfile for more details."
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.B_factor_type             FULL
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.acentric_outliers         7
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.centric_outliers          3
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_completeness         75.10
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.number_reflns_R_free      729
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_free_reflections  9.72
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_RSRZ_outliers     0.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high       2.14
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low        26.02
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                     0.20
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree                 0.25
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
  1  1  1  A   1  G    A    1  .  ?        ?     2     ?     ?  
  2  1  1  A   2  G    A    2  .  ?        1     2     ?     ?  
  3  1  1  A   3  U    A    3  .  ?        ?     2     ?     ?  
  4  1  1  A   4  G    A    4  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  5  1  1  A   5  G    A    5  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  6  1  1  A   6  U    A    6  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  7  1  1  A   7  G    A    7  .  ?        ?     1     ?     ?  
  8  1  1  A   8  A    A    8  .  ?        ?     1     ?     ?  
  9  1  1  A   9  A    A    9  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 10  1  1  A  10  G    A   10  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 11  1  1  A  11  U    A   11  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 12  1  1  A  12  C    A   12  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 13  1  1  A  13  G    A   13  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 14  1  1  A  14  C    A   14  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 15  1  1  A  15  U    A   15  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 16  1  1  A  16  G    A   16  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 17  1  1  A  17  G    A   17  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 18  1  2  B   1  C    B   20  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 19  1  2  B   2  A    B   21  .  ?        1     ?     ?     ?  
 20  1  2  B   3  G    B   22  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 21  1  2  B   4  C    B   23  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 22  1  2  B   5  G    B   24  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 23  1  2  B   6  75B  B   25  .  ?        ?     ?    10     4  
 24  1  2  B   7  C    B   26  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 25  1  2  B   8  A    B   27  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 26  1  2  B   9  C    B   28  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 27  1  2  B  10  A    B   29  .  ?        ?     1     ?     ?  
 28  1  2  B  11  C    B   30  .  ?        ?     1     ?     ?  
 29  1  2  B  12  C    B   31  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 30  1  2  B  13  A    B   32  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 31  1  2  B  14  C    B   33  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 32  1  2  B  15  C    B   34  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 33  1  2  B  16  C    B   35  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 34  1  1  C   1  G    C    1  .  ?        1     2     ?     ?  
 35  1  1  C   2  G    C    2  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 36  1  1  C   3  U    C    3  .  ?        1     ?     ?     ?  
 37  1  1  C   4  G    C    4  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 38  1  1  C   5  G    C    5  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 39  1  1  C   6  U    C    6  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 40  1  1  C   7  G    C    7  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 41  1  1  C   8  A    C    8  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 42  1  1  C   9  A    C    9  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 43  1  1  C  10  G    C   10  .  ?        1     ?     ?     ?  
 44  1  1  C  11  U    C   11  .  ?        ?     1     ?     ?  
 45  1  1  C  12  C    C   12  .  ?        ?     1     ?     ?  
 46  1  1  C  13  G    C   13  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 47  1  1  C  14  C    C   14  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 48  1  1  C  15  U    C   15  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 49  1  1  C  16  G    C   16  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 50  1  1  C  17  G    C   17  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 51  1  2  D   1  C    D   20  .  ?        1     ?     ?     ?  
 52  1  2  D   2  A    D   21  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 53  1  2  D   3  G    D   22  .  ?        1     ?     ?     ?  
 54  1  2  D   4  C    D   23  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 55  1  2  D   5  G    D   24  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 56  1  2  D   6  75B  D   25  .  ?        ?     ?    10     6  
 57  1  2  D   7  C    D   26  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 58  1  2  D   8  A    D   27  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 59  1  2  D   9  C    D   28  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 60  1  2  D  10  A    D   29  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 61  1  2  D  11  C    D   30  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 62  1  2  D  12  C    D   31  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 63  1  2  D  13  A    D   32  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 64  1  2  D  14  C    D   33  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 65  1  2  D  15  C    D   34  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 66  1  2  D  16  C    D   35  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 67  1  3  E   .  MG   A  101  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 68  1  3  F   .  MG   A  102  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 69  1  3  G   .  MG   B  101  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 70  1  3  H   .  MG   B  102  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 71  1  3  I   .  MG   C  101  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 72  1  3  J   .  MG   C  102  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 73  1  3  K   .  MG   C  103  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 74  1  3  L   .  MG   C  104  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 75  1  3  M   .  MG   D  101  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 76  1  3  N   .  MG   D  102  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 77  1  4  O   .  HOH  A  201  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 78  1  4  O   .  HOH  A  202  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 79  1  4  O   .  HOH  A  203  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 80  1  4  O   .  HOH  A  204  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 81  1  4  O   .  HOH  A  205  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 82  1  4  O   .  HOH  A  206  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 83  1  4  O   .  HOH  A  207  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 84  1  4  O   .  HOH  A  208  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 85  1  4  O   .  HOH  A  209  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 86  1  4  O   .  HOH  A  210  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 87  1  4  O   .  HOH  A  211  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 88  1  4  O   .  HOH  A  212  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 89  1  4  O   .  HOH  A  213  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 90  1  4  O   .  HOH  A  214  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 91  1  4  O   .  HOH  A  215  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 92  1  4  O   .  HOH  A  216  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 93  1  4  O   .  HOH  A  217  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 94  1  4  O   .  HOH  A  218  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 95  1  4  O   .  HOH  A  219  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 96  1  4  O   .  HOH  A  220  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 97  1  4  O   .  HOH  A  221  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 98  1  4  O   .  HOH  A  222  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 99  1  4  P   .  HOH  B  201  .  ?        ?     ?     ?     ?  
100  1  4  P   .  HOH  B  202  .  ?        ?     ?     ?     ?  
101  1  4  P   .  HOH  B  203  .  ?        ?     ?     ?     ?  
102  1  4  P   .  HOH  B  204  .  ?        ?     ?     ?     ?  
103  1  4  P   .  HOH  B  205  .  ?        ?     ?     ?     ?  
104  1  4  P   .  HOH  B  206  .  ?        ?     ?     ?     ?  
105  1  4  P   .  HOH  B  207  .  ?        ?     ?     ?     ?  
106  1  4  P   .  HOH  B  208  .  ?        ?     ?     ?     ?  
107  1  4  P   .  HOH  B  209  .  ?        ?     ?     ?     ?  
108  1  4  P   .  HOH  B  210  .  ?        ?     ?     ?     ?  
109  1  4  P   .  HOH  B  211  .  ?        ?     ?     ?     ?  
110  1  4  Q   .  HOH  C  201  .  ?        ?     ?     ?     ?  
111  1  4  Q   .  HOH  C  202  .  ?        ?     ?     ?     ?  
112  1  4  Q   .  HOH  C  203  .  ?        ?     ?     ?     ?  
113  1  4  Q   .  HOH  C  204  .  ?        ?     ?     ?     ?  
114  1  4  Q   .  HOH  C  205  .  ?        ?     ?     ?     ?  
115  1  4  Q   .  HOH  C  206  .  ?        ?     ?     ?     ?  
116  1  4  Q   .  HOH  C  207  .  ?        ?     ?     ?     ?  
117  1  4  Q   .  HOH  C  208  .  ?        ?     ?     ?     ?  
118  1  4  Q   .  HOH  C  209  .  ?        ?     ?     ?     ?  
119  1  4  Q   .  HOH  C  210  .  ?        ?     ?     ?     ?  
120  1  4  Q   .  HOH  C  211  .  ?        ?     ?     ?     ?  
121  1  4  Q   .  HOH  C  212  .  ?        ?     ?     ?     ?  
122  1  4  Q   .  HOH  C  213  .  ?        ?     ?     ?     ?  
123  1  4  R   .  HOH  D  201  .  ?        ?     ?     ?     ?  
124  1  4  R   .  HOH  D  202  .  ?        ?     ?     ?     ?  
125  1  4  R   .  HOH  D  203  .  ?        ?     ?     ?     ?  
126  1  4  R   .  HOH  D  204  .  ?        ?     ?     ?     ?  
127  1  4  R   .  HOH  D  205  .  ?        ?     ?     ?     ?  
128  1  4  R   .  HOH  D  206  .  ?        ?     ?     ?     ?  
129  1  4  R   .  HOH  D  207  .  ?        ?     ?     ?     ?  
130  1  4  R   .  HOH  D  208  .  ?        ?     ?     ?     ?  
131  1  4  R   .  HOH  D  209  .  ?        ?     ?     ?     ?  
132  1  4  R   .  HOH  D  210  .  ?        ?     ?     ?     ?  
133  1  4  R   .  HOH  D  211  .  ?        ?     ?     ?     ?  
134  1  4  R   .  HOH  D  212  .  ?        ?     ?     ?     ?  
135  1  4  R   .  HOH  D  213  .  ?        ?     ?     ?     ?  
136  1  4  R   .  HOH  D  214  .  ?        ?     ?     ?     ?  
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.instance_id
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.RNA_score
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.RNA_suite
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.num_H_reduce
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.OWAB
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.num_angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.program_for_bond_angle_geometry
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.average_occupancy
  1    1  0.00  NotAvailable         12  42.060    23  0.46    37  1.10  molprobity  1.000  
  2    2  0.51  Rotameric            11  35.660    26  0.89    41  2.05  molprobity  1.000  
  3    3  0.79  Rotameric            10  31.900    22  1.12    34  1.39  molprobity  1.000  
  4    4  0.89  Rotameric            11  29.060    26  1.23    41  1.30  molprobity  1.000  
  5    5  0.58  Rotameric            11  28.210    26  1.13    41  1.25  molprobity  1.000  
  6    6  0.75  Rotameric            10  29.660    22  0.66    34  1.15  molprobity  1.000  
  7    7  0.89  Rotameric            11  33.470    26  1.13    41  1.77  molprobity  1.000  
  8    8  0.12  Rotameric            11  39.010    25  0.68    39  0.77  molprobity  1.000  
  9    9  0.00  NonRotameric         11  32.340    25  0.83    39  1.51  molprobity  1.000  
 10   10  0.17  Rotameric            11  29.010    26  0.84    41  1.41  molprobity  1.000  
 11   11  0.70  Rotameric            10  28.010    22  0.87    34  1.26  molprobity  1.000  
 12   12  0.64  Rotameric            11  27.190    22  0.70    34  1.61  molprobity  1.000  
 13   13  0.48  Rotameric            11  27.840    26  0.67    41  1.18  molprobity  1.000  
 14   14  0.83  Rotameric            11  30.440    22  0.40    34  0.84  molprobity  1.000  
 15   15  0.89  Rotameric            10  32.330    22  0.50    34  1.03  molprobity  1.000  
 16   16  0.73  Rotameric            11  33.040    26  0.79    41  1.40  molprobity  1.000  
 17   17  0.79  Rotameric            12  38.490    25  0.57    37  1.06  molprobity  1.000  
 18   18  0.00  NotAvailable         12  38.530    19  0.71    30  1.40  molprobity  1.000  
 19   19  0.88  Rotameric            11  35.170    25  0.83    39  1.76  molprobity  1.000  
 20   20  0.55  Rotameric            11  34.490    26  0.75    41  1.55  molprobity  1.000  
 21   21  0.82  Rotameric            11  31.480    22  0.75    34  1.19  molprobity  1.000  
 22   22  0.69  Rotameric            11  27.830    25  0.86    37  1.60  molprobity  1.000  
 23   23     ?  ?                     ?  26.770    21  2.49    28  2.01  mogul       1.000  
 24   24  0.47  Rotameric            11  28.250    22  0.79    34  1.66  molprobity  1.000  
 25   25  0.72  Rotameric            11  31.270    25  0.87    39  1.33  molprobity  1.000  
 26   26  0.77  Rotameric            11  33.600    22  0.75    34  1.69  molprobity  1.000  
 27   27  0.91  Rotameric            11  28.940    25  0.83    39  1.03  molprobity  1.000  
 28   28  0.93  Rotameric            11  29.860    22  0.71    34  0.76  molprobity  1.000  
 29   29  0.83  Rotameric            11  28.870    22  0.88    34  1.31  molprobity  1.000  
 30   30  0.97  Rotameric            11  34.380    25  0.53    39  0.66  molprobity  1.000  
 31   31  0.85  Rotameric            11  35.050    22  0.55    34  1.25  molprobity  1.000  
 32   32  0.90  Rotameric            11  39.540    22  0.52    34  1.11  molprobity  1.000  
 33   33  0.97  Rotameric            12  40.070    21  0.28    30  0.98  molprobity  1.000  
 34   34  0.00  NotAvailable         12  34.800    23  0.74    37  1.86  molprobity  1.000  
 35   35  0.91  Rotameric            11  27.430    26  0.77    41  1.04  molprobity  1.000  
 36   36  0.80  Rotameric            10  25.430    22  1.26    34  1.85  molprobity  1.000  
 37   37  0.59  Rotameric            11  26.990    26  0.66    41  1.07  molprobity  1.000  
 38   38  0.85  Rotameric            11  29.820    26  0.77    41  1.49  molprobity  1.000  
 39   39  0.93  Rotameric            10  30.410    22  0.63    34  1.07  molprobity  1.000  
 40   40  0.68  Rotameric            11  35.180    26  0.82    41  1.46  molprobity  1.000  
 41   41  0.55  Rotameric            11  37.390    25  0.59    39  1.65  molprobity  1.000  
 42   42  0.74  Rotameric            11  32.820    25  0.68    39  0.97  molprobity  1.000  
 43   43  0.00  Triaged/NotBinned    11  30.910    26  0.72    41  1.81  molprobity  1.000  
 44   44  0.17  Rotameric            10  31.450    22  0.69    34  1.32  molprobity  1.000  
 45   45  0.60  Rotameric            11  33.420    22  0.82    34  1.52  molprobity  1.000  
 46   46  0.57  Rotameric            11  38.000    26  0.82    41  1.47  molprobity  1.000  
 47   47  0.53  Rotameric            11  39.810    22  0.67    34  0.84  molprobity  1.000  
 48   48  0.78  Rotameric            10  41.090    22  0.54    34  0.84  molprobity  1.000  
 49   49  0.88  Rotameric            11  37.520    26  0.79    41  1.40  molprobity  1.000  
 50   50  0.85  Rotameric            12  34.610    25  0.78    37  1.08  molprobity  1.000  
 51   51  0.00  NotAvailable         12  37.170    19  0.73    30  2.24  molprobity  1.000  
 52   52  0.34  Rotameric            11  33.400    25  0.76    39  1.43  molprobity  1.000  
 53   53  0.88  Rotameric            11  32.890    26  1.00    41  1.79  molprobity  1.000  
 54   54  0.92  Rotameric            11  33.280    22  0.65    34  1.36  molprobity  1.000  
 55   55  0.52  Rotameric            11  34.180    25  0.82    37  1.73  molprobity  1.000  
 56   56     ?  ?                     ?  32.130    21  2.33    28  1.98  mogul       1.000  
 57   57  0.74  Rotameric            11  31.670    22  0.57    34  0.99  molprobity  1.000  
 58   58  0.83  Rotameric            11  29.480    25  0.91    39  1.23  molprobity  1.000  
 59   59  0.68  Rotameric            11  31.290    22  0.75    34  1.60  molprobity  1.000  
 60   60  0.98  Rotameric            11  34.890    25  0.86    39  1.10  molprobity  1.000  
 61   61  0.77  Rotameric            11  32.360    22  1.07    34  1.32  molprobity  1.000  
 62   62  0.91  Rotameric            11  30.160    22  0.98    34  0.97  molprobity  1.000  
 63   63  0.91  Rotameric            11  30.460    25  0.82    39  1.60  molprobity  1.000  
 64   64  0.51  Rotameric            11  31.260    22  0.62    34  1.24  molprobity  1.000  
 65   65  0.83  Rotameric            11  28.340    22  0.72    34  1.06  molprobity  1.000  
 66   66  0.88  Rotameric            12  30.620    21  0.94    30  1.16  molprobity  1.000  
 67   67     ?  ?                     ?  39.880     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 68   68     ?  ?                     ?  37.320     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 69   69     ?  ?                     ?  38.010     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 70   70     ?  ?                     ?  38.570     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 71   71     ?  ?                     ?  41.040     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 72   72     ?  ?                     ?  37.220     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 73   73     ?  ?                     ?  42.070     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 74   74     ?  ?                     ?  35.330     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 75   75     ?  ?                     ?  31.450     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 76   76     ?  ?                     ?  34.440     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 77   77     ?  ?                     ?  29.680     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 78   78     ?  ?                     ?  33.420     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 79   79     ?  ?                     ?  30.060     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 80   80     ?  ?                     ?  29.040     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 81   81     ?  ?                     ?  34.210     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 82   82     ?  ?                     ?  28.450     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 83   83     ?  ?                     ?  32.760     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 84   84     ?  ?                     ?  33.520     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 85   85     ?  ?                     ?  32.090     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 86   86     ?  ?                     ?  27.680     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 87   87     ?  ?                     ?  35.590     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 88   88     ?  ?                     ?  33.780     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 89   89     ?  ?                     ?  32.760     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 90   90     ?  ?                     ?  34.140     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 91   91     ?  ?                     ?  35.750     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 92   92     ?  ?                     ?  29.300     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 93   93     ?  ?                     ?  30.660     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 94   94     ?  ?                     ?  34.560     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 95   95     ?  ?                     ?  30.580     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 96   96     ?  ?                     ?  35.700     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 97   97     ?  ?                     ?  33.360     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 98   98     ?  ?                     ?  32.630     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 99   99     ?  ?                     ?  37.140     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
100  100     ?  ?                     ?  32.670     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
101  101     ?  ?                     ?  28.520     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
102  102     ?  ?                     ?  34.640     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
103  103     ?  ?                     ?  33.060     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
104  104     ?  ?                     ?  33.880     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
105  105     ?  ?                     ?  27.540     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
106  106     ?  ?                     ?  30.350     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
107  107     ?  ?                     ?  29.290     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
108  108     ?  ?                     ?  37.440     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
109  109     ?  ?                     ?  29.040     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
110  110     ?  ?                     ?  33.830     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
111  111     ?  ?                     ?  29.320     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
112  112     ?  ?                     ?  33.110     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
113  113     ?  ?                     ?  35.530     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
114  114     ?  ?                     ?  27.580     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
115  115     ?  ?                     ?  30.810     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
116  116     ?  ?                     ?  37.710     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
117  117     ?  ?                     ?  35.410     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
118  118     ?  ?                     ?  28.420     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
119  119     ?  ?                     ?  27.220     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
120  120     ?  ?                     ?  33.490     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
121  121     ?  ?                     ?  32.520     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
122  122     ?  ?                     ?  32.440     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
123  123     ?  ?                     ?  36.780     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
124  124     ?  ?                     ?  36.620     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
125  125     ?  ?                     ?  26.130     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
126  126     ?  ?                     ?  34.910     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
127  127     ?  ?                     ?  31.530     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
128  128     ?  ?                     ?  31.430     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
129  129     ?  ?                     ?  39.920     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
130  130     ?  ?                     ?  34.840     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
131  131     ?  ?                     ?  32.630     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
132  132     ?  ?                     ?  25.450     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
133  133     ?  ?                     ?  24.960     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
134  134     ?  ?                     ?  32.160     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
135  135     ?  ?                     ?  33.650     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
136  136     ?  ?                     ?  31.550     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_clashes.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_clashes.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_clashes.label_atom_id
_pdbx_vrpt_instance_clashes.cid
_pdbx_vrpt_instance_clashes.clashmag
_pdbx_vrpt_instance_clashes.dist
 1   1  "HO5'"  1  0.44  1.64  
 2   1  H8      1  0.44  1.64  
 3   2  "H2'"   2  0.53  2.43  
 4   2  "H2'"   3  0.49  1.78  
 5   3  C6      2  0.53  2.43  
 6   3  H6      3  0.49  1.78  
 7   7  "H2'"   4  0.57  2.39  
 8   8  C8      4  0.57  2.39  
 9  27  "H2'"   5  0.54  2.43  
10  28  C6      5  0.54  2.43  
11  34  "HO5'"  6  0.58  1.50  
12  34  H8      6  0.58  1.50  
13  44  "H2'"   7  0.42  2.54  
14  45  C6      7  0.42  2.54  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.atom_3
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.obs
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.mean
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.Z
1   2  N1     C6  O6   116.002  119.900  0.600  -6.50  
2  19  N1     C6  N6   115.170  118.600  0.600  -5.72  
3  34  N3     C2  N2   116.167  119.900  0.700  -5.33  
4  36  N1     C2  N3   118.091  114.900  0.600   5.32  
5  43  "O5'"  P   OP1   99.071  105.700  0.900  -7.37  
6  51  C5     C6  N1   123.887  121.000  0.500   5.78  
7  53  C5     C6  O6   125.285  128.600  0.600  -5.53  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.obsval
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.mean
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.numobs
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.Zscore
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.mindiff
 1  23  C2   N1   1.33  1.38    963  0.02  -3.16  0.00  
 2  23  C6   N1   1.31  1.38    917  0.02  -3.69  0.00  
 3  23  O2   C2   1.17  1.23   5244  0.02  -3.06  0.00  
 4  23  C2   N3   1.31  1.38   2449  0.02  -3.59  0.00  
 5  23  C4   N3   1.31  1.38   3597  0.02  -3.77  0.00  
 6  23  O4   C4   1.19  1.23  10000  0.02  -2.42  0.00  
 7  23  C5   C4   1.40  1.46     29  0.01  -4.07  0.04  
 8  23  C55  C5   1.54  1.47     94  0.01   4.24  0.01  
 9  23  C33  C44  1.48  1.39    373  0.03   2.64  0.00  
10  23  C44  C55  1.43  1.38     21  0.01   4.40  0.02  
11  56  C2   N1   1.32  1.38    963  0.02  -3.69  0.00  
12  56  C6   N1   1.33  1.38    917  0.02  -2.52  0.00  
13  56  O2   C2   1.17  1.23   5244  0.02  -2.96  0.00  
14  56  C2   N3   1.33  1.38   2449  0.02  -2.71  0.00  
15  56  C4   N3   1.33  1.38   3597  0.02  -2.98  0.00  
16  56  O4   C4   1.18  1.23  10000  0.02  -2.45  0.00  
17  56  C5   C4   1.39  1.46     29  0.01  -4.26  0.04  
18  56  C55  C5   1.54  1.47     94  0.01   4.33  0.00  
19  56  C33  C44  1.49  1.39    373  0.03   2.98  0.00  
20  56  C44  C55  1.42  1.38     21  0.01   3.49  0.02  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_3
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.obsval
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.mean
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.numobs
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.Zscore
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.mindiff
 1  23  N3  C2  N1  122.90  114.89   961  1.33   6.03  1.10  
 2  23  O2  C2  N3  116.32  121.50  2451  1.86  -2.78  0.08  
 3  23  C4  N3  C2  121.19  127.35  1185  1.30  -4.76  0.44  
 4  23  C5  C6  N1  118.35  124.45   458  1.14  -5.36  0.84  
 5  56  C6  N1  C2  118.78  121.30   636  1.01  -2.49  0.10  
 6  56  O2  C2  N1  117.18  122.79   963  1.33  -4.21  0.28  
 7  56  N3  C2  N1  122.79  114.89   961  1.33   5.95  1.20  
 8  56  C4  N3  C2  121.78  127.35  1185  1.30  -4.30  0.02  
 9  56  O4  C4  C5  121.60  125.39    29  1.30  -2.90  0.81  
10  56  C5  C6  N1  120.34  124.45   458  1.14  -3.61  0.18  
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance_density.ordinal
_pdbx_vrpt_model_instance_density.instance_id
_pdbx_vrpt_model_instance_density.natoms_eds
_pdbx_vrpt_model_instance_density.RSRCC
_pdbx_vrpt_model_instance_density.RSR
_pdbx_vrpt_model_instance_density.RSRZ
  1    1  20  0.926  0.127  -0.662  
  2    2  23  0.970  0.107  -0.915  
  3    3  20  0.965  0.120  -0.717  
  4    4  23  0.979  0.110  -0.877  
  5    5  23  0.974  0.105  -0.941  
  6    6  20  0.972  0.109  -0.824  
  7    7  23  0.953  0.093  -1.092  
  8    8  22  0.944  0.114  -0.871  
  9    9  22  0.968  0.124  -0.756  
 10   10  23  0.962  0.116  -0.801  
 11   11  20  0.976  0.107  -0.844  
 12   12  20  0.968  0.105  -0.880  
 13   13  23  0.972  0.114  -0.827  
 14   14  20  0.963  0.109  -0.834  
 15   15  20  0.963  0.105  -0.863  
 16   16  23  0.953  0.133  -0.586  
 17   17  23  0.954  0.119  -0.763  
 18   18  17  0.913  0.127  -0.628  
 19   19  22  0.960  0.103  -0.999  
 20   20  23  0.963  0.104  -0.953  
 21   21  20  0.971  0.098  -0.961  
 22   22  23  0.966  0.104  -0.953  
 23   23  25  0.985  0.113       ?  
 24   24  20  0.974  0.083  -1.133  
 25   25  22  0.965  0.100  -1.034  
 26   26  20  0.963  0.091  -1.041  
 27   27  22  0.964  0.101  -1.022  
 28   28  20  0.974  0.095  -0.995  
 29   29  20  0.979  0.098  -0.961  
 30   30  22  0.976  0.104  -0.987  
 31   31  20  0.964  0.098  -0.961  
 32   32  20  0.945  0.105  -0.880  
 33   33  20  0.937  0.106  -0.869  
 34   34  20  0.949  0.132  -0.599  
 35   35  23  0.964  0.108  -0.903  
 36   36  20  0.974  0.107  -0.844  
 37   37  23  0.981  0.094  -1.080  
 38   38  23  0.976  0.102  -0.978  
 39   39  20  0.964  0.096  -0.951  
 40   40  23  0.949  0.131  -0.611  
 41   41  22  0.924  0.132  -0.663  
 42   42  22  0.962  0.115  -0.860  
 43   43  23  0.966  0.109  -0.890  
 44   44  20  0.966  0.105  -0.863  
 45   45  20  0.947  0.123  -0.674  
 46   46  23  0.953  0.103  -0.966  
 47   47  20  0.954  0.097  -0.972  
 48   48  20  0.944  0.114  -0.775  
 49   49  23  0.934  0.122  -0.725  
 50   50  23  0.948  0.113  -0.839  
 51   51  17  0.911  0.151  -0.352  
 52   52  22  0.967  0.099  -1.045  
 53   53  23  0.977  0.087  -1.168  
 54   54  20  0.941  0.116  -0.754  
 55   55  23  0.955  0.098  -1.029  
 56   56  25  0.978  0.103       ?  
 57   57  20  0.977  0.096  -0.984  
 58   58  22  0.977  0.110  -0.918  
 59   59  20  0.964  0.115  -0.766  
 60   60  22  0.945  0.109  -0.929  
 61   61  20  0.962  0.113  -0.789  
 62   62  20  0.962  0.111  -0.811  
 63   63  22  0.973  0.106  -0.964  
 64   64  20  0.963  0.102  -0.915  
 65   65  20  0.973  0.104  -0.892  
 66   66  20  0.969  0.105  -0.880  
 67   67   1  0.938  0.108       ?  
 68   68   1  0.859  0.163       ?  
 69   69   1  0.918  0.121       ?  
 70   70   1  0.928  0.273       ?  
 71   71   1  0.828  0.315       ?  
 72   72   1  0.908  0.364       ?  
 73   73   1  0.885  0.095       ?  
 74   74   1  0.976  0.186       ?  
 75   75   1  0.982  0.077       ?  
 76   76   1  0.982  0.186       ?  
 77   77   1  0.849  0.163       ?  
 78   78   1  0.861  0.174       ?  
 79   79   1  0.959  0.417       ?  
 80   80   1  0.982  0.193       ?  
 81   81   1  0.962  0.083       ?  
 82   82   1  0.970  0.242       ?  
 83   83   1  0.981  0.194       ?  
 84   84   1  0.806  0.260       ?  
 85   85   1  0.969  0.419       ?  
 86   86   1  0.902  0.097       ?  
 87   87   1  0.904  0.183       ?  
 88   88   1  0.842  0.202       ?  
 89   89   1  0.978  0.299       ?  
 90   90   1  0.860  0.416       ?  
 91   91   1  0.822  0.207       ?  
 92   92   1  0.872  0.152       ?  
 93   93   1  0.907  0.209       ?  
 94   94   1  0.881  0.314       ?  
 95   95   1  0.850  0.169       ?  
 96   96   1  0.864  0.152       ?  
 97   97   1  0.928  0.291       ?  
 98   98   1  0.929  0.250       ?  
 99   99   1  0.943  0.594       ?  
100  100   1  0.957  0.160       ?  
101  101   1  0.966  0.182       ?  
102  102   1  0.848  0.298       ?  
103  103   1  0.863  0.149       ?  
104  104   1  0.888  0.147       ?  
105  105   1  0.965  0.131       ?  
106  106   1  0.951  0.169       ?  
107  107   1  0.916  0.204       ?  
108  108   1  0.652  0.307       ?  
109  109   1  0.840  0.168       ?  
110  110   1  0.961  0.187       ?  
111  111   1  0.887  0.179       ?  
112  112   1  0.928  0.171       ?  
113  113   1  0.907  0.341       ?  
114  114   1  0.976  0.149       ?  
115  115   1  0.906  0.206       ?  
116  116   1  0.974  0.158       ?  
117  117   1  0.871  0.185       ?  
118  118   1  0.876  0.234       ?  
119  119   1  0.934  0.243       ?  
120  120   1  0.977  0.300       ?  
121  121   1  0.963  0.164       ?  
122  122   1  0.950  0.107       ?  
123  123   1  0.932  0.175       ?  
124  124   1  0.957  0.114       ?  
125  125   1  0.927  0.124       ?  
126  126   1  0.885  0.131       ?  
127  127   1  0.986  0.187       ?  
128  128   1  0.884  0.116       ?  
129  129   1  0.840  0.224       ?  
130  130   1  0.920  0.155       ?  
131  131   1  0.923  0.358       ?  
132  132   1  0.967  0.127       ?  
133  133   1  0.957  0.102       ?  
134  134   1  0.971  0.218       ?  
135  135   1  0.883  0.183       ?  
136  136   1  0.951  0.207       ?  
#
loop_
_pdbx_vrpt_software.ordinal
_pdbx_vrpt_software.name
_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  eds          2.36                                                                  Y  
4  dcc          '"2.27  (2023-04-10)"'                                                Y  
5  xtriage      1.13                                                                  Y  
6  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
##
