data_1REZ

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  1REZ
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_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
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_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    1REZ
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         1996-08-21
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         6
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2023-08-09
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2023-07-31:04:10
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
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loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      LYSOZYME                                                               
2  branched     beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose  
3  non-polymer  GLYCEROL                                                               
4  water        water                                                                  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
D  4  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  x-ray  
2  1.7  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1   34.98  141614     ?     ?  
2  2  1   20.66    4695  1.70  1.70  
3  1  2  100.00  138981     ?     ?  
4  2  2  100.00    4610  1.70  1.70  
5  1  3   32.77  138945     ?     ?  
6  2  3   14.08    4610  1.70  1.70  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  100.00  
2  4  2  A  1  1  A  100.00  
3  5  3  A  1  1  A   32.77  
4  6  3  A  1  1  A   14.08  
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
1  1  1  A  A  0.73  0.45  1049  1416  
2  1  2  B  B     ?     ?     ?     ?  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       3.81
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     8.18
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   1018
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 1049
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.45
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                1416
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    0.73
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method           x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal              1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high  1.70
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low   8.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                0.17
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree            0.21
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
  1  1  1  A    1  LYS  A    1  .  ?        ?     2     ?  
  2  1  1  A    2  VAL  A    2  .  ?        ?     1     ?  
  3  1  1  A    3  PHE  A    3  .  ?        ?     ?     ?  
  4  1  1  A    4  GLU  A    4  .  ?        ?     ?     ?  
  5  1  1  A    5  ARG  A    5  .  ?        ?     ?     ?  
  6  1  1  A    6  CYS  A    6  .  ?        ?     ?     ?  
  7  1  1  A    7  GLU  A    7  .  ?        ?     ?     ?  
  8  1  1  A    8  LEU  A    8  .  ?        ?     ?     ?  
  9  1  1  A    9  ALA  A    9  .  ?        ?     ?     ?  
 10  1  1  A   10  ARG  A   10  .  ?        ?     ?     ?  
 11  1  1  A   11  THR  A   11  .  ?        ?     ?     ?  
 12  1  1  A   12  LEU  A   12  .  ?        ?     ?     ?  
 13  1  1  A   13  LYS  A   13  .  ?        ?     ?     ?  
 14  1  1  A   14  ARG  A   14  .  ?        ?     ?     ?  
 15  1  1  A   15  LEU  A   15  .  ?        ?     ?     ?  
 16  1  1  A   16  GLY  A   16  .  ?        ?     ?     ?  
 17  1  1  A   17  MET  A   17  .  ?        ?     ?     ?  
 18  1  1  A   18  ASP  A   18  .  ?        ?     ?     ?  
 19  1  1  A   19  GLY  A   19  .  ?        ?     ?     ?  
 20  1  1  A   20  TYR  A   20  .  ?        ?     ?     ?  
 21  1  1  A   21  ARG  A   21  .  ?        ?     1     ?  
 22  1  1  A   22  GLY  A   22  .  ?        ?     ?     ?  
 23  1  1  A   23  ILE  A   23  .  ?        ?     ?     ?  
 24  1  1  A   24  SER  A   24  .  ?        ?     ?     ?  
 25  1  1  A   25  LEU  A   25  .  ?        ?     ?     ?  
 26  1  1  A   26  ALA  A   26  .  ?        ?     1     ?  
 27  1  1  A   27  ASN  A   27  .  ?        ?     ?     ?  
 28  1  1  A   28  TRP  A   28  .  ?        ?     ?     ?  
 29  1  1  A   29  MET  A   29  .  ?        ?     ?     ?  
 30  1  1  A   30  CYS  A   30  .  ?        ?     ?     ?  
 31  1  1  A   31  LEU  A   31  .  ?        1     ?     ?  
 32  1  1  A   32  ALA  A   32  .  ?        ?     ?     ?  
 33  1  1  A   33  LYS  A   33  .  ?        ?     ?     ?  
 34  1  1  A   34  TRP  A   34  .  ?        ?     ?     ?  
 35  1  1  A   35  GLU  A   35  .  ?        ?     ?     ?  
 36  1  1  A   36  SER  A   36  .  ?        ?     ?     ?  
 37  1  1  A   37  GLY  A   37  .  ?        ?     ?     ?  
 38  1  1  A   38  TYR  A   38  .  ?        ?     ?     ?  
 39  1  1  A   39  ASN  A   39  .  ?        ?     ?     ?  
 40  1  1  A   40  THR  A   40  .  ?        ?     ?     ?  
 41  1  1  A   41  ARG  A   41  .  ?        ?     3     ?  
 42  1  1  A   42  ALA  A   42  .  ?        ?     ?     ?  
 43  1  1  A   43  THR  A   43  .  ?        ?     ?     ?  
 44  1  1  A   44  ASN  A   44  .  ?        ?     ?     ?  
 45  1  1  A   45  TYR  A   45  .  ?        ?     ?     ?  
 46  1  1  A   46  ASN  A   46  .  ?        ?     ?     ?  
 47  1  1  A   47  ALA  A   47  .  ?        ?     ?     ?  
 48  1  1  A   48  GLY  A   48  .  ?        ?     ?     ?  
 49  1  1  A   49  ASP  A   49  .  ?        ?     ?     ?  
 50  1  1  A   50  ARG  A   50  .  ?        ?     ?     ?  
 51  1  1  A   51  SER  A   51  .  ?        ?     ?     ?  
 52  1  1  A   52  THR  A   52  .  ?        ?     ?     ?  
 53  1  1  A   53  ASP  A   53  .  ?        ?     ?     ?  
 54  1  1  A   54  TYR  A   54  .  ?        ?     ?     ?  
 55  1  1  A   55  GLY  A   55  .  ?        ?     ?     ?  
 56  1  1  A   56  ILE  A   56  .  ?        ?     ?     ?  
 57  1  1  A   57  PHE  A   57  .  ?        ?     ?     ?  
 58  1  1  A   58  GLN  A   58  .  ?        ?     ?     ?  
 59  1  1  A   59  ILE  A   59  .  ?        ?     ?     ?  
 60  1  1  A   60  ASN  A   60  .  ?        ?     ?     ?  
 61  1  1  A   61  SER  A   61  .  ?        ?     ?     ?  
 62  1  1  A   62  ARG  A   62  .  ?        ?     ?     ?  
 63  1  1  A   63  TYR  A   63  .  ?        ?     ?     ?  
 64  1  1  A   64  TRP  A   64  .  ?        ?     1     ?  
 65  1  1  A   65  CYS  A   65  .  ?        ?     ?     ?  
 66  1  1  A   66  ASN  A   66  .  ?        ?     ?     ?  
 67  1  1  A   67  ASP  A   67  .  ?        ?     ?     ?  
 68  1  1  A   68  GLY  A   68  .  ?        ?     ?     ?  
 69  1  1  A   69  LYS  A   69  .  ?        ?     ?     ?  
 70  1  1  A   70  THR  A   70  .  ?        ?     ?     ?  
 71  1  1  A   71  PRO  A   71  .  ?        ?     ?     ?  
 72  1  1  A   72  GLY  A   72  .  ?        ?     ?     ?  
 73  1  1  A   73  ALA  A   73  .  ?        ?     ?     ?  
 74  1  1  A   74  VAL  A   74  .  ?        ?     ?     ?  
 75  1  1  A   75  ASN  A   75  .  ?        ?     ?     ?  
 76  1  1  A   76  ALA  A   76  .  ?        ?     ?     ?  
 77  1  1  A   77  CYS  A   77  .  ?        ?     1     ?  
 78  1  1  A   78  HIS  A   78  .  ?        ?     ?     ?  
 79  1  1  A   79  LEU  A   79  .  ?        ?     ?     ?  
 80  1  1  A   80  SER  A   80  .  ?        ?     ?     ?  
 81  1  1  A   81  CYS  A   81  .  ?        ?     ?     ?  
 82  1  1  A   82  SER  A   82  .  ?        ?     ?     ?  
 83  1  1  A   83  ALA  A   83  .  ?        ?     ?     ?  
 84  1  1  A   84  LEU  A   84  .  ?        ?     1     ?  
 85  1  1  A   85  LEU  A   85  .  ?        ?     ?     ?  
 86  1  1  A   86  GLN  A   86  .  ?        ?     ?     ?  
 87  1  1  A   87  ASP  A   87  .  ?        ?     ?     ?  
 88  1  1  A   88  ASN  A   88  .  ?        ?     ?     ?  
 89  1  1  A   89  ILE  A   89  .  ?        ?     ?     ?  
 90  1  1  A   90  ALA  A   90  .  ?        ?     ?     ?  
 91  1  1  A   91  ASP  A   91  .  ?        ?     ?     ?  
 92  1  1  A   92  ALA  A   92  .  ?        ?     1     ?  
 93  1  1  A   93  VAL  A   93  .  ?        ?     ?     ?  
 94  1  1  A   94  ALA  A   94  .  ?        ?     ?     ?  
 95  1  1  A   95  CYS  A   95  .  ?        ?     1     ?  
 96  1  1  A   96  ALA  A   96  .  ?        ?     ?     ?  
 97  1  1  A   97  LYS  A   97  .  ?        ?     ?     ?  
 98  1  1  A   98  ARG  A   98  .  ?        ?     ?     ?  
 99  1  1  A   99  VAL  A   99  .  ?        ?     1     ?  
100  1  1  A  100  VAL  A  100  .  ?        ?     ?     ?  
101  1  1  A  101  ARG  A  101  .  ?        ?     ?     ?  
102  1  1  A  102  ASP  A  102  .  ?        ?     ?     ?  
103  1  1  A  103  PRO  A  103  .  ?        ?     ?     ?  
104  1  1  A  104  GLN  A  104  .  ?        ?     1     ?  
105  1  1  A  105  GLY  A  105  .  ?        ?     ?     ?  
106  1  1  A  106  ILE  A  106  .  ?        ?     ?     ?  
107  1  1  A  107  ARG  A  107  .  ?        ?     1     ?  
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  9    9  ?         -57.7   -45.5  Favored     ?   5   5  0.19   7  0.34  molprobity  
 10   10  mtm-85    -67.2   -37.2  Favored     ?  13  11  0.36  14  0.41  molprobity  
 11   11  m         -64.2   -46.3  Favored     ?   7   7  0.22  10  0.49  molprobity  
 12   12  mt        -63.7   -38.3  Favored     ?  11   8  0.41  11  0.43  molprobity  
 13   13  tttm      -62.9   -43.1  Favored     ?  13   9  0.46  11  0.40  molprobity  
 14   14  ttm105    -65.1   -32.2  Favored     ?  13  11  0.44  14  0.78  molprobity  
 15   15  mt        -87.6    13.0  Favored     ?  11   8  0.60  11  0.59  molprobity  
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 20   20  t80       -60.1   123.6  Favored     ?   9  13  0.59  18  0.50  molprobity  
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 22   22  ?          80.2     8.7  Favored     ?   3   4  0.48   5  0.73  molprobity  
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 25   25  tp        -58.7   -39.4  Favored     ?  11   8  0.28  11  1.32  molprobity  
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 40   40  p         -70.8   -16.7  Favored     ?   7   7  0.62  10  0.85  molprobity  
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 68   68  ?          73.1   -20.5  Allowed     ?   3   4  0.33   5  1.28  molprobity  
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 81   81  m         -56.2   -24.9  Favored     ?   4   6  0.42   8  0.39  molprobity  
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 90   90  ?         -56.8   -45.6  Favored     ?   5   5  0.42   7  0.46  molprobity  
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 98   98  tpt85     -66.3   -45.4  Favored     ?  13  11  0.51  14  0.45  molprobity  
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104  104  tt0       -71.8   -20.3  Favored     1   8   9  0.58  12  1.01  molprobity  
105  105  ?          63.1  -142.0  Favored     ?   3   4  0.58   5  0.51  molprobity  
106  106  tt        -68.3    -8.2  Favored     ?  11   8  0.38  11  0.41  molprobity  
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108  108  ?         -72.8   -18.1  Favored     ?   5   5  0.29   7  0.28  molprobity  
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110  110  t         -50.9   -43.6  Favored     ?   9   7  0.41  10  0.65  molprobity  
111  111  ?         -66.6   -29.1  Favored     ?   5   5  0.49   7  0.56  molprobity  
112  112  t90       -67.1   -43.6  Favored     ?  10  16  0.53  23  0.54  molprobity  
113  113  mtp180    -59.5   -50.4  Favored     ?  13  11  0.31  14  0.75  molprobity  
114  114  m-20      -70.5   -39.0  Favored     ?   6   8  0.48  11  0.77  molprobity  
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116  116  m        -122.4   -36.4  Favored     ?   4   6  0.29   8  1.07  molprobity  
117  117  tt0       -57.0   143.0  Favored     ?   8   9  0.34  12  0.36  molprobity  
118  118  m-80       46.1    45.0  Favored     1   6   8  0.47  11  0.20  molprobity  
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121  121  m        -120.3     2.2  Favored     ?   9   7  0.46  10  0.66  molprobity  
122  122  mmp_?     -53.0   -21.5  Favored     ?  13  11  0.52  14  0.85  molprobity  
123  123  OUTLIER   -62.9   -33.8  Favored     ?   8   9  0.31  12  0.40  molprobity  
124  124  m-85      -60.4   -28.7  Favored     ?   9  13  0.38  18  0.49  molprobity  
125  125  m        -109.7     8.6  Favored     ?   9   7  0.51  10  0.80  molprobity  
126  126  tp-100    -69.8   123.3  Favored     ?   8   9  0.56  12  0.39  molprobity  
127  127  ?          85.1     6.1  Favored     ?   3   4  0.32   5  0.77  molprobity  
128  128  m         -89.4   -18.6  Favored     ?   4   6  0.20   8  0.59  molprobity  
129  129  ?          77.3    37.1  Favored     ?   3   4  0.34   5  0.36  molprobity  
130  130  m             ?       ?  ?           ?   9   7  0.55   7  0.89  molprobity  
131  131  ?             ?       ?  ?           ?  12  14  0.57  17  0.58  mogul       
132  132  ?             ?       ?  ?           ?  10  11  0.42  15  0.66  mogul       
133  133  ?             ?       ?  ?           ?   4   3  0.41   1  0.18  mogul       
#
loop_
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_pdbx_vrpt_instance_clashes.cid
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 1    1  H2     1  0.42  2.32  
 2    1  N      2  0.41  2.69  
 3    2  HG23   3  0.51  2.26  
 4   21  HH22   4  0.45  1.63  
 5   26  HB3    5  0.53  1.72  
 6   41  NH2    3  0.51  2.26  
 7   41  CZ     1  0.42  2.32  
 8   41  NH1    2  0.41  2.69  
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10   77  HB2    6  0.48  2.13  
11   84  HD22   7  0.47  1.96  
12   92  HA     7  0.47  1.96  
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14   99  HG23   8  0.41  2.21  
15  104  HB2    9  0.47  2.15  
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18  112  CD1   11  0.50  2.46  
19  113  HE    12  0.41  1.73  
20  113  HB3   12  0.41  1.73  
21  115  HA    13  0.51  2.25  
22  116  HB2   11  0.50  2.46  
23  117  HG2   14  0.57  2.20  
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29  122  HH21   5  0.53  1.72  
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31  124  HD1   16  0.41  2.04  
32  144  O     10  0.73  1.87  
33  150  O     17  0.43  2.18  
34  151  O      9  0.47  2.15  
#
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.ordinal      1
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#
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loop_
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_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
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