data_5O62

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  5O62
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    5O62
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2017-06-04
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         3
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2024-05-08
_pdbx_vrpt_summary.RNA_suiteness               0.61
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2024-04-29:21:58
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,xtriage,eds,mogul,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "RNA (41-MER)"  
2  non-polymer  N-ETHYLGUANIDINE  
3  non-polymer  "MAGNESIUM ION"  
4  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  1  
C  2  
D  3  
E  4  
F  4  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all    x-ray  
2  2.119  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore    
2  RSRZ_outliers_percent  
3  R_value_R_free         
4  RNAsuiteness_percent   
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1  39.18  141614     ?     ?  
2  2  1  37.56    6778  2.10  2.14  
3  1  2  23.34  127900     ?     ?  
4  2  2  28.34    6112  2.10  2.14  
5  1  3  19.18  130704     ?     ?  
6  2  3  14.27    6241  2.10  2.14  
7  1  4  65.54    3102     ?     ?  
8  2  4  50.35    1013  1.66  2.58  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  100.00  
2  4  2  A  1  1  A  100.00  
3  3  2  B  1  1  B    3.12  
4  4  2  B  1  1  B    4.29  
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
1  1  1  A  A  1.19  0.73  940  1462  
2  1  1  B  B  0.95  0.44  746  1157  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore       7.43
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce     818
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ   1686
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ       0.62
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ  2619
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ      1.09
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method                x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal                   1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_b                 81.886
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_b            37.227
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_estimate         45.045
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.I_over_sigma              1.62(2.12A)
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.num_miller_indices        15900
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_k                 0.644
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_k            0.285
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L_mean     0.497
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L2_mean    0.332
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Fo_Fc_correlation         0.949
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.twin_fraction             -h,-k,l:0.045
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_R                     0.22
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_Rfree                 0.27
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_R                     0.23
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_high              2.12
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_low               36.38
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_aniso            "[42.238,42.238,49.715,0.000,0.000,0.000]"
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_anisotropy           0.167
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.trans_NCS_details         "The largest off-origin peak in the Patterson function is 4.84% of the height of the origin peak. No significant pseudotranslation is detected."
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.B_factor_type             FULL
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.acentric_outliers         0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.centric_outliers          0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_completeness         99.50
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.number_reflns_R_free      818
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_free_reflections  5.14
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_RSRZ_outliers     5.71
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high       2.12
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low        36.38
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                     0.21
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree                 0.26
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
  1  1  1  A   1  C    A    1  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
  2  1  1  A   2  CBV  A    2  .  ?        ?     ?     9     1     ?  
  3  1  1  A   3  G    A    3  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
  4  1  1  A   4  G    A    4  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
  5  1  1  A   5  A    A    5  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
  6  1  1  A   6  C    A    6  .  ?        1     ?     ?     ?     ?  
  7  1  1  A   7  G    A    7  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
  8  1  1  A   8  A    A    8  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
  9  1  1  A   9  G    A    9  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 10  1  1  A  10  G    A   10  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 11  1  1  A  11  U    A   11  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 12  1  1  A  12  G    A   12  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 13  1  1  A  13  C    A   13  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 14  1  1  A  14  G    A   14  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 15  1  1  A  15  C    A   15  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 16  1  1  A  16  C    A   16  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 17  1  1  A  17  G    A   17  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 18  1  1  A  18  U    A   18  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 19  1  1  A  19  A    A   19  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 20  1  1  A  20  C    A   20  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 21  1  1  A  21  C    A   21  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 22  1  1  A  22  C    A   22  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 23  1  1  A  23  G    A   23  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 24  1  1  A  24  G    A   24  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 25  1  1  A  25  U    A   25  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 26  1  1  A  26  C    A   26  .  ?        3     2     ?     ?     ?  
 27  1  1  A  27  A    A   27  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 28  1  1  A  28  G    A   28  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 29  1  1  A  29  G    A   29  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 30  1  1  A  30  A    A   30  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 31  1  1  A  31  C    A   31  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 32  1  1  A  32  A    A   32  .  ?        1     2     ?     ?     ?  
 33  1  1  A  33  A    A   33  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
 34  1  1  A  34  G    A   34  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 35  1  1  A  35  A    A   35  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 36  1  1  A  36  C    A   36  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 37  1  1  A  37  G    A   37  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 38  1  1  A  38  G    A   38  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 39  1  1  A  39  CBV  A   39  .  ?        ?     ?     8     3     ?  
 40  1  1  A  40  G    A   40  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 41  1  1  A  41  C    A   41  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 42  1  1  B   1  C    B    1  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 43  1  1  B   2  CBV  B    2  .  ?        ?     ?     9     6     3  
 44  1  1  B   3  G    B    3  .  ?        1     2     ?     ?     ?  
 45  1  1  B   4  G    B    4  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
 46  1  1  B   5  A    B    5  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
 47  1  1  B   6  C    B    6  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
 48  1  1  B   7  G    B    7  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 49  1  1  B   8  A    B    8  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 50  1  1  B   9  G    B    9  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 51  1  1  B  10  G    B   10  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 52  1  1  B  11  U    B   11  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 53  1  1  B  12  G    B   12  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 54  1  1  B  13  C    B   13  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 55  1  1  B  14  G    B   14  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 56  1  1  B  15  C    B   15  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 57  1  1  B  16  C    B   16  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 58  1  1  B  17  G    B   17  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 59  1  1  B  18  U    B   18  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 60  1  1  B  19  A    B   19  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 61  1  1  B  20  C    B   20  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
 62  1  1  B  21  C    B   21  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
 63  1  1  B  22  C    B   22  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 64  1  1  B  23  G    B   23  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 65  1  1  B  24  G    B   24  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 66  1  1  B  33  A    B   33  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 67  1  1  B  34  G    B   34  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
 68  1  1  B  35  A    B   35  .  ?        ?     3     ?     ?     ?  
 69  1  1  B  36  C    B   36  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 70  1  1  B  37  G    B   37  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 71  1  1  B  38  G    B   38  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 72  1  1  B  39  CBV  B   39  .  ?        ?     ?     9     6     2  
 73  1  1  B  40  G    B   40  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 74  1  1  B  41  C    B   41  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 75  1  2  C   .  EGD  A  101  .  ?        ?     ?     2     ?     ?  
 76  1  3  D   .  MG   A  102  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 77  1  4  E   .  HOH  A  201  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 78  1  4  E   .  HOH  A  202  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 79  1  4  E   .  HOH  A  203  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 80  1  4  E   .  HOH  A  204  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 81  1  4  E   .  HOH  A  205  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 82  1  4  E   .  HOH  A  206  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 83  1  4  E   .  HOH  A  207  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 84  1  4  E   .  HOH  A  208  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 85  1  4  E   .  HOH  A  209  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
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 92   92     ?  ?                  ?           ?   54.540     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
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29   68  OP1     15  0.72  1.89  
30   68  P       17  0.52  2.68  
31   68  "O2'"   18  0.47  2.14  
32   69  "H5''"  18  0.47  2.14  
33   77  O        1  0.42  2.22  
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36  115  O       17  0.52  2.68  
#
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6  44  N9     "C1'"  "C2'"  106.409  112.000  1.100  -5.08  
#
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 1   2  O3P    P  O2P     99.87  110.68  447  3.91  -2.76   0.21  
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#
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loop_
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6  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
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