data_3NUC

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  3NUC
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    3NUC
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         1997-12-06
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         4
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2023-08-09
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2023-08-01:00:28
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE"  
2  non-polymer  "CALCIUM ION"  
3  non-polymer  "THYMIDINE-3',5'-DIPHOSPHATE"  
4  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
D  4  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  x-ray  
2  1.9  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1  29.67  141614     ?     ?  
2  2  1  22.11    6847  1.90  1.90  
3  1  2  19.33  138981     ?     ?  
4  2  2   9.45    6760  1.90  1.90  
5  1  3  11.71  138945     ?     ?  
6  2  3   4.57    6760  1.90  1.90  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  19.33  
2  4  2  A  1  1  A   9.45  
3  5  3  A  1  1  A  11.71  
4  6  3  A  1  1  A   4.57  
#
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num    1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id        1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id    A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id     A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ      0.69
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ       0.43
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ   1095
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ  1466
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.76
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       7.96
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     9.36
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   1132
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 1095
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.43
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                1466
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    0.69
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method           x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal              1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high  1.90
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low   6.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                0.17
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
  1  1  1  A    7  LEU  A    7  .  ?        1     ?     ?     ?  
  2  1  1  A    8  HIS  A    8  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  3  1  1  A    9  LYS  A    9  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  4  1  1  A   10  GLU  A   10  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  5  1  1  A   11  PRO  A   11  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  6  1  1  A   12  ALA  A   12  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  7  1  1  A   13  THR  A   13  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  8  1  1  A   14  LEU  A   14  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  9  1  1  A   15  ILE  A   15  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 10  1  1  A   16  LYS  A   16  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 11  1  1  A   17  ALA  A   17  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 12  1  1  A   18  ILE  A   18  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 13  1  1  A   19  ASP  A   19  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 14  1  1  A   20  GLY  A   20  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 15  1  1  A   21  ASP  A   21  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 16  1  1  A   22  THR  A   22  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 17  1  1  A   23  PR3  A   23  .  ?        4     ?     ?     1  
 18  1  1  A   24  LYS  A   24  .  ?        2     ?     ?     ?  
 19  1  1  A   25  LEU  A   25  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 20  1  1  A   26  MET  A   26  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 21  1  1  A   27  TYR  A   27  .  ?        1     ?     ?     ?  
 22  1  1  A   28  LYS  A   28  .  ?        1     ?     ?     ?  
 23  1  1  A   29  GLY  A   29  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 24  1  1  A   30  GLN  A   30  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 25  1  1  A   31  PRO  A   31  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 26  1  1  A   32  MET  A   32  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 27  1  1  A   33  THR  A   33  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 28  1  1  A   34  PHE  A   34  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 29  1  1  A   35  ARG  A   35  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 30  1  1  A   36  LEU  A   36  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 31  1  1  A   37  LEU  A   37  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 32  1  1  A   38  LEU  A   38  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 33  1  1  A   39  VAL  A   39  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 34  1  1  A   40  ASP  A   40  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 35  1  1  A   41  THR  A   41  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 36  1  1  A   42  PRO  A   42  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 37  1  1  A   43  GLU  A   43  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 38  1  1  A   44  THR  A   44  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 39  1  1  A   45  LYS  A   45  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 40  1  1  A   46  HIS  A   46  .  ?        1     ?     ?     ?  
 41  1  1  A   47  PRO  A   47  .  ?        1     ?     ?     ?  
 42  1  1  A   48  LYS  A   48  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 43  1  1  A   49  LYS  A   49  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 44  1  1  A   50  GLY  A   50  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 45  1  1  A   51  VAL  A   51  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 46  1  1  A   52  GLU  A   52  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 47  1  1  A   53  LYS  A   53  .  ?        4     ?     ?     ?  
 48  1  1  A   54  TYR  A   54  .  ?        3     ?     ?     ?  
 49  1  1  A   55  GLY  A   55  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 50  1  1  A   56  PRO  A   56  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 51  1  1  A   57  GLU  A   57  .  ?        1     ?     ?     ?  
 52  1  1  A   58  ALA  A   58  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 53  1  1  A   59  SER  A   59  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 54  1  1  A   60  ALA  A   60  .  ?        1     ?     ?     ?  
 55  1  1  A   61  PHE  A   61  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 56  1  1  A   62  THR  A   62  .  ?        2     ?     ?     ?  
 57  1  1  A   63  LYS  A   63  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 58  1  1  A   64  LYS  A   64  .  ?        2     ?     ?     ?  
 59  1  1  A   65  MET  A   65  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 60  1  1  A   66  VAL  A   66  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 61  1  1  A   67  GLU  A   67  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 62  1  1  A   68  ASN  A   68  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 63  1  1  A   69  ALA  A   69  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 64  1  1  A   70  LYS  A   70  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 65  1  1  A   71  LYS  A   71  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 66  1  1  A   72  ILE  A   72  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 67  1  1  A   73  GLU  A   73  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 68  1  1  A   74  VAL  A   74  .  ?        1     ?     ?     ?  
 69  1  1  A   75  GLU  A   75  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 70  1  1  A   76  PHE  A   76  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 71  1  1  A   77  ASP  A   77  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 72  1  1  A   78  LYS  A   78  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 73  1  1  A   79  GLY  A   79  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 74  1  1  A   80  GLN  A   80  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 75  1  1  A   81  ARG  A   81  .  ?        2     ?     ?     ?  
 76  1  1  A   82  THR  A   82  .  ?        1     ?     ?     ?  
 77  1  1  A   83  ASP  A   83  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 78  1  1  A   84  LYS  A   84  .  ?        1     ?     ?     ?  
 79  1  1  A   85  TYR  A   85  .  ?        1     ?     ?     ?  
 80  1  1  A   86  GLY  A   86  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 81  1  1  A   87  ARG  A   87  .  ?        1     ?     ?     ?  
 82  1  1  A   88  GLY  A   88  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 83  1  1  A   89  LEU  A   89  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 84  1  1  A   90  ALA  A   90  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 85  1  1  A   91  TYR  A   91  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 86  1  1  A   92  ILE  A   92  .  ?        1     ?     ?     ?  
 87  1  1  A   93  TYR  A   93  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 88  1  1  A   94  ALA  A   94  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 89  1  1  A   95  ASP  A   95  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 90  1  1  A   96  GLY  A   96  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 91  1  1  A   97  LYS  A   97  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 92  1  1  A   98  MET  A   98  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 93  1  1  A   99  VAL  A   99  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 94  1  1  A  100  ASN  A  100  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 95  1  1  A  101  GLU  A  101  .  ?        1     ?     ?     ?  
 96  1  1  A  102  ALA  A  102  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 97  1  1  A  103  LEU  A  103  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 98  1  1  A  104  VAL  A  104  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 99  1  1  A  105  ARG  A  105  .  ?        ?     ?     ?     ?  
100  1  1  A  106  GLN  A  106  .  ?        ?     ?     ?     ?  
101  1  1  A  107  GLY  A  107  .  ?        ?     ?     ?     ?  
102  1  1  A  108  LEU  A  108  .  ?        ?     ?     ?     ?  
103  1  1  A  109  ALA  A  109  .  ?        ?     ?     ?     ?  
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21   56  HG21   2  0.68  1.76  
22   56  CG2    3  0.49  2.42  
23   58  HE2   12  0.61  2.01  
24   58  HD3   13  0.47  2.12  
25   68  HG12  14  0.41  2.02  
26   75  HG3   15  0.68  1.59  
27   75  HH11  15  0.68  1.59  
28   76  HA    16  0.42  2.20  
29   78  HE2   17  0.51  2.44  
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31   81  O     16  0.42  2.20  
32   86  HD12  14  0.41  2.02  
33   95  HG3   18  0.50  2.26  
34  118  NE2   18  0.50  2.26  
35  121  HE2   19  0.65  1.96  
36  123  O     20  0.48  2.13  
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41  184  O     19  0.65  1.96  
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#
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1  137  P1   O2P  1.46  1.54   448  0.04  -2.05  0.00  
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3  137  C5M  C5   1.56  1.50  6628  0.02   2.23  0.00  
#
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1  137  O6P    P2     O5P    116.98  107.64  224  3.82   2.45  0.07  
2  137  O3P    P1     O2P    116.60  107.64  224  3.82   2.34  0.31  
3  137  P2     "O5'"  "C5'"  125.34  118.30   21  2.75   2.56  2.83  
4  137  "O4'"  "C1'"  N1     113.30  107.86  804  1.79   3.04  0.03  
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#
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1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
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