data_1NUC

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  1NUC
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    1NUC
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         1997-02-15
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         4
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2021-11-03
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2021-10-23:18:50
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE"  
2  non-polymer  "CALCIUM ION"  
3  non-polymer  "THYMIDINE-3',5'-DIPHOSPHATE"  
4  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
D  4  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  x-ray  
2  1.9  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1  40.89  141614     ?     ?  
2  2  1  35.10    6847  1.90  1.90  
3  1  2  19.33  138981     ?     ?  
4  2  2   9.45    6760  1.90  1.90  
5  1  3  17.99  138945     ?     ?  
6  2  3   8.71    6760  1.90  1.90  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  21.91  
2  4  2  A  1  1  A  11.80  
3  5  3  A  1  1  A  17.99  
4  6  3  A  1  1  A   8.71  
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
1  1  1  A  A  0.69  0.43  1095  1466  
2  1  2  B  A     ?     ?     ?     ?  
3  1  3  C  A     ?     ?     ?     ?  
4  1  4  D  A     ?     ?     ?     ?  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.75
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       6.19
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     7.13
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   1130
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 1095
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.43
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                1466
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    0.69
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method           x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal              1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high  1.90
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low   6.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                0.17
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
  1  1  1  A    7  LEU  A    7  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  2  1  1  A    8  HIS  A    8  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  3  1  1  A    9  LYS  A    9  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  4  1  1  A   10  GLU  A   10  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  5  1  1  A   11  PRO  A   11  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  6  1  1  A   12  ALA  A   12  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  7  1  1  A   13  THR  A   13  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  8  1  1  A   14  LEU  A   14  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  9  1  1  A   15  ILE  A   15  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 10  1  1  A   16  LYS  A   16  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 11  1  1  A   17  ALA  A   17  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 12  1  1  A   18  ILE  A   18  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 13  1  1  A   19  ASP  A   19  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 14  1  1  A   20  GLY  A   20  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 15  1  1  A   21  ASP  A   21  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 16  1  1  A   22  THR  A   22  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 17  1  1  A   23  CYS  A   23  1  ?        ?     ?     ?     ?  
 18  1  1  A   23  CYS  A   23  2  ?        ?     ?     ?     ?  
 19  1  1  A   24  LYS  A   24  .  ?        4     ?     ?     ?  
 20  1  1  A   25  LEU  A   25  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 21  1  1  A   26  MET  A   26  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 22  1  1  A   27  TYR  A   27  .  ?        1     ?     ?     ?  
 23  1  1  A   28  LYS  A   28  .  ?        1     ?     ?     ?  
 24  1  1  A   29  GLY  A   29  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 25  1  1  A   30  GLN  A   30  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 26  1  1  A   31  PRO  A   31  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 27  1  1  A   32  MET  A   32  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 28  1  1  A   33  THR  A   33  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 29  1  1  A   34  PHE  A   34  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 30  1  1  A   35  ARG  A   35  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 31  1  1  A   36  LEU  A   36  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 32  1  1  A   37  LEU  A   37  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 33  1  1  A   38  LEU  A   38  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 34  1  1  A   39  VAL  A   39  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 35  1  1  A   40  ASP  A   40  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 36  1  1  A   41  THR  A   41  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 37  1  1  A   42  PRO  A   42  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 38  1  1  A   43  GLU  A   43  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 39  1  1  A   44  THR  A   44  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 40  1  1  A   45  LYS  A   45  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 41  1  1  A   46  HIS  A   46  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 42  1  1  A   47  PRO  A   47  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 43  1  1  A   48  LYS  A   48  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 44  1  1  A   49  LYS  A   49  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 45  1  1  A   50  GLY  A   50  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 46  1  1  A   51  VAL  A   51  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 47  1  1  A   52  GLU  A   52  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 48  1  1  A   53  LYS  A   53  .  ?        4     ?     ?     ?  
 49  1  1  A   54  TYR  A   54  .  ?        4     ?     ?     ?  
 50  1  1  A   55  GLY  A   55  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 51  1  1  A   56  PRO  A   56  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 52  1  1  A   57  GLU  A   57  .  ?        1     ?     ?     ?  
 53  1  1  A   58  ALA  A   58  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 54  1  1  A   59  SER  A   59  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 55  1  1  A   60  ALA  A   60  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 56  1  1  A   61  PHE  A   61  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 57  1  1  A   62  THR  A   62  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 58  1  1  A   63  LYS  A   63  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 59  1  1  A   64  LYS  A   64  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 60  1  1  A   65  MET  A   65  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 61  1  1  A   66  VAL  A   66  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 62  1  1  A   67  GLU  A   67  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 63  1  1  A   68  ASN  A   68  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 64  1  1  A   69  ALA  A   69  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 65  1  1  A   70  LYS  A   70  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 66  1  1  A   71  LYS  A   71  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 67  1  1  A   72  ILE  A   72  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 68  1  1  A   73  GLU  A   73  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 69  1  1  A   74  VAL  A   74  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 70  1  1  A   75  GLU  A   75  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 71  1  1  A   76  PHE  A   76  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 72  1  1  A   77  ASP  A   77  .  ?        1     ?     ?     ?  
 73  1  1  A   78  LYS  A   78  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 74  1  1  A   79  GLY  A   79  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 75  1  1  A   80  GLN  A   80  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 76  1  1  A   81  ARG  A   81  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 77  1  1  A   82  THR  A   82  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 78  1  1  A   83  ASP  A   83  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 79  1  1  A   84  LYS  A   84  .  ?        1     ?     ?     ?  
 80  1  1  A   85  TYR  A   85  .  ?        1     ?     ?     ?  
 81  1  1  A   86  GLY  A   86  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 82  1  1  A   87  ARG  A   87  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 83  1  1  A   88  GLY  A   88  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 84  1  1  A   89  LEU  A   89  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 85  1  1  A   90  ALA  A   90  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 86  1  1  A   91  TYR  A   91  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 87  1  1  A   92  ILE  A   92  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 88  1  1  A   93  TYR  A   93  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 89  1  1  A   94  ALA  A   94  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 90  1  1  A   95  ASP  A   95  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 91  1  1  A   96  GLY  A   96  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 92  1  1  A   97  LYS  A   97  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 93  1  1  A   98  MET  A   98  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 94  1  1  A   99  VAL  A   99  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 95  1  1  A  100  ASN  A  100  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 96  1  1  A  101  GLU  A  101  .  ?        1     ?     ?     ?  
 97  1  1  A  102  ALA  A  102  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 98  1  1  A  103  LEU  A  103  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 99  1  1  A  104  VAL  A  104  .  ?        ?     ?     ?     ?  
100  1  1  A  105  ARG  A  105  .  ?        ?     ?     ?     ?  
101  1  1  A  106  GLN  A  106  .  ?        ?     ?     ?     ?  
102  1  1  A  107  GLY  A  107  .  ?        ?     ?     ?     ?  
103  1  1  A  108  LEU  A  108  .  ?        ?     ?     ?     ?  
104  1  1  A  109  ALA  A  109  .  ?        ?     ?     ?     ?  
105  1  1  A  110  LYS  A  110  .  ?        ?     ?     ?     ?  
106  1  1  A  111  VAL  A  111  .  ?        ?     ?     ?     ?  
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108  1  1  A  113  TYR  A  113  .  ?        ?     ?     ?     ?  
109  1  1  A  114  VAL  A  114  .  ?        ?     ?     ?     ?  
110  1  1  A  115  TYR  A  115  .  ?        ?     ?     ?     ?  
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112  1  1  A  117  PRO  A  117  .  ?        ?     ?     ?     ?  
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108  108  m-85       52.5    51.7  Favored     ?  ?      9    13  0.43    18  0.50  molprobity  
109  109  t         -87.6   102.9  Favored     ?  ?      9     7  0.45    10  0.52  molprobity  
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115  115  m         -50.1   -44.1  Favored     ?  ?      7     7  0.35    10  0.36  molprobity  
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136  136  p             ?       ?  ?           ?  ?      5     5  0.80     5  0.32  molprobity  
137  138  ?             ?       ?  ?           ?  ?     12    23  1.57    29  3.08  mogul       
#
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16   72  HB3    9  0.42  2.19  
17   79  HE3   10  0.46  2.50  
18   80  CE2   10  0.46  2.50  
19   96  HG3   11  0.67  2.10  
20  111  HD3   12  0.55  2.22  
21  111  HD3   13  0.46  1.80  
22  113  OD1    9  0.42  2.19  
23  114  ND2   12  0.55  2.22  
24  114  HD21  13  0.46  1.80  
25  119  NE2   11  0.67  2.10  
26  126  HA    14  0.44  1.99  
27  128  HG3   15  0.46  2.51  
28  129  HG2   14  0.44  1.99  
29  135  CD2   15  0.46  2.51  
30  177  O      4  0.64  1.98  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.obsval
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_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.mindiff
1  138  P2   O6P  1.46  1.54   448  0.04  -2.09  0.00  
2  138  P1   O2P  1.45  1.54   448  0.04  -2.47  0.00  
3  138  P1   O3P  1.46  1.54   448  0.04  -2.08  0.00  
4  138  C2   N3   1.33  1.38    22  0.02  -2.40  0.00  
5  138  C5M  C5   1.57  1.51  1677  0.02   3.21  0.00  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_1
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_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.obsval
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.mean
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_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.Zscore
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.mindiff
1  138  O6P    P2     O5P    116.92  107.64  224  3.82   2.43   0.01  
2  138  P2     "O5'"  "C5'"  126.86  118.30   21  2.75   3.11   4.35  
3  138  "O3'"  "C3'"  "C4'"  115.96  108.66   45  2.92   2.50   0.13  
4  138  C6     N1     "C1'"  124.44  119.24   27  2.25   2.32   1.75  
5  138  C4     N3     C2     127.66  115.14   63  0.84  14.83  10.02  
#
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.ordinal        1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.instance_id    138
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_1         "C4'"
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_2         "C3'"
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_3         "O3'"
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_4         P1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.obsval         -70.19
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.mean           63.06
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.numobs         40
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.stdev          25.78
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.mindiff        13.42
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.local_density  0.00
#
loop_
_pdbx_vrpt_software.ordinal
_pdbx_vrpt_software.name
_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
##
