data_6NM8

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  6NM8
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_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
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_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    6NM8
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2019-01-10
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         4
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2023-10-11
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2023-10-02:14:04
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,xtriage,eds,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "Programmed cell death 1 ligand 1"  
2  non-polymer  "N-({2,6-dimethoxy-4-[(2-methyl[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy]phenyl}methyl)-D-alanine"  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  1  
C  2  
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
1  1  1  A  A  
2  1  1  B  B  
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method              x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal                 1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_estimate       47.803
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.I_over_sigma            4.93(2.79A)
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.num_miller_indices      6786
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L_mean   0.502
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L2_mean  0.341
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_aniso          "[57.373,47.307,42.218,0.000,0.000,0.000]"
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_anisotropy         0.310
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.trans_NCS_details       "The largest off-origin peak in the Patterson function is 9.72% of the height of the origin peak. No significant pseudotranslation is detected."
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.acentric_outliers       1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.centric_outliers        0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high     2.79
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low      20.26
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                   0.20
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree               0.30
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
  1  1  1  A    2  ALA  A   18  .  ?        ?     ?     ?  
  2  1  1  A    3  PHE  A   19  .  ?        ?     ?     ?  
  3  1  1  A    4  THR  A   20  .  ?        ?     ?     ?  
  4  1  1  A    5  VAL  A   21  .  ?        ?     ?     ?  
  5  1  1  A    6  THR  A   22  .  ?        ?     ?     ?  
  6  1  1  A    7  VAL  A   23  .  ?        ?     ?     ?  
  7  1  1  A    8  PRO  A   24  .  ?        ?     ?     ?  
  8  1  1  A    9  LYS  A   25  .  ?        ?     ?     ?  
  9  1  1  A   10  ASP  A   26  .  ?        ?     ?     ?  
 10  1  1  A   11  LEU  A   27  .  ?        ?     ?     ?  
 11  1  1  A   12  TYR  A   28  .  ?        ?     ?     ?  
 12  1  1  A   13  VAL  A   29  .  ?        ?     ?     ?  
 13  1  1  A   14  VAL  A   30  .  ?        ?     ?     ?  
 14  1  1  A   15  GLU  A   31  .  ?        ?     ?     ?  
 15  1  1  A   16  TYR  A   32  .  ?        ?     ?     ?  
 16  1  1  A   17  GLY  A   33  .  ?        ?     ?     ?  
 17  1  1  A   18  SER  A   34  .  ?        ?     ?     ?  
 18  1  1  A   19  ASN  A   35  .  ?        ?     ?     ?  
 19  1  1  A   20  MET  A   36  .  ?        ?     ?     ?  
 20  1  1  A   21  THR  A   37  .  ?        ?     ?     ?  
 21  1  1  A   22  ILE  A   38  .  ?        ?     ?     ?  
 22  1  1  A   23  GLU  A   39  .  ?        ?     ?     ?  
 23  1  1  A   24  CYS  A   40  .  ?        ?     ?     ?  
 24  1  1  A   25  LYS  A   41  .  ?        ?     ?     ?  
 25  1  1  A   26  PHE  A   42  .  ?        ?     ?     ?  
 26  1  1  A   27  PRO  A   43  .  ?        ?     ?     ?  
 27  1  1  A   28  VAL  A   44  .  ?        ?     ?     ?  
 28  1  1  A   29  GLU  A   45  .  ?        ?     ?     ?  
 29  1  1  A   30  LYS  A   46  .  ?        ?     ?     ?  
 30  1  1  A   31  GLN  A   47  .  ?        ?     ?     ?  
 31  1  1  A   32  LEU  A   48  .  ?        ?     ?     ?  
 32  1  1  A   33  ASP  A   49  .  ?        ?     ?     ?  
 33  1  1  A   34  LEU  A   50  .  ?        ?     ?     ?  
 34  1  1  A   35  ALA  A   51  .  ?        ?     ?     ?  
 35  1  1  A   36  ALA  A   52  .  ?        ?     ?     ?  
 36  1  1  A   37  LEU  A   53  .  ?        ?     ?     ?  
 37  1  1  A   38  ILE  A   54  .  ?        ?     ?     ?  
 38  1  1  A   39  VAL  A   55  .  ?        ?     ?     ?  
 39  1  1  A   40  TYR  A   56  .  ?        ?     ?     ?  
 40  1  1  A   41  TRP  A   57  .  ?        ?     ?     ?  
 41  1  1  A   42  GLU  A   58  .  ?        ?     ?     ?  
 42  1  1  A   43  MET  A   59  .  ?        ?     ?     ?  
 43  1  1  A   44  GLU  A   60  .  ?        ?     ?     ?  
 44  1  1  A   45  ASP  A   61  .  ?        ?     ?     ?  
 45  1  1  A   46  LYS  A   62  .  ?        ?     ?     ?  
 46  1  1  A   47  ASN  A   63  .  ?        ?     ?     ?  
 47  1  1  A   48  ILE  A   64  .  ?        ?     ?     ?  
 48  1  1  A   49  ILE  A   65  .  ?        ?     ?     ?  
 49  1  1  A   50  GLN  A   66  .  ?        ?     ?     ?  
 50  1  1  A   51  PHE  A   67  .  ?        ?     ?     ?  
 51  1  1  A   52  VAL  A   68  .  ?        ?     ?     ?  
 52  1  1  A   53  HIS  A   69  .  ?        ?     ?     ?  
 53  1  1  A   54  GLY  A   70  .  ?        ?     ?     ?  
 54  1  1  A   55  GLU  A   71  .  ?        ?     ?     ?  
 55  1  1  A   56  GLU  A   72  .  ?        ?     ?     ?  
 56  1  1  A   57  ASP  A   73  .  ?        ?     ?     ?  
 57  1  1  A   58  LEU  A   74  .  ?        ?     ?     ?  
 58  1  1  A   59  LYS  A   75  .  ?        ?     ?     ?  
 59  1  1  A   60  THR  A   76  .  ?        ?     ?     ?  
 60  1  1  A   61  GLN  A   77  .  ?        ?     ?     ?  
 61  1  1  A   62  HIS  A   78  .  ?        ?     ?     ?  
 62  1  1  A   63  SER  A   79  .  ?        ?     ?     ?  
 63  1  1  A   64  SER  A   80  .  ?        ?     ?     ?  
 64  1  1  A   65  TYR  A   81  .  ?        ?     ?     ?  
 65  1  1  A   66  ARG  A   82  .  ?        ?     ?     ?  
 66  1  1  A   67  GLN  A   83  .  ?        ?     ?     ?  
 67  1  1  A   68  ARG  A   84  .  ?        ?     ?     ?  
 68  1  1  A   69  ALA  A   85  .  ?        ?     ?     ?  
 69  1  1  A   70  ARG  A   86  .  ?        ?     ?     ?  
 70  1  1  A   71  LEU  A   87  .  ?        ?     ?     ?  
 71  1  1  A   72  LEU  A   88  .  ?        ?     ?     ?  
 72  1  1  A   73  LYS  A   89  .  ?        ?     ?     ?  
 73  1  1  A   74  ASP  A   90  .  ?        ?     ?     ?  
 74  1  1  A   75  GLN  A   91  .  ?        ?     ?     ?  
 75  1  1  A   76  LEU  A   92  .  ?        ?     ?     ?  
 76  1  1  A   77  SER  A   93  .  ?        ?     ?     ?  
 77  1  1  A   78  LEU  A   94  .  ?        ?     ?     ?  
 78  1  1  A   79  GLY  A   95  .  ?        ?     ?     ?  
 79  1  1  A   80  ASN  A   96  .  ?        ?     ?     ?  
 80  1  1  A   81  ALA  A   97  .  ?        ?     ?     ?  
 81  1  1  A   82  ALA  A   98  .  ?        ?     ?     ?  
 82  1  1  A   83  LEU  A   99  .  ?        ?     ?     ?  
 83  1  1  A   84  GLN  A  100  .  ?        ?     ?     ?  
 84  1  1  A   85  ILE  A  101  .  ?        ?     ?     ?  
 85  1  1  A   86  THR  A  102  .  ?        ?     ?     ?  
 86  1  1  A   87  ASP  A  103  .  ?        ?     ?     ?  
 87  1  1  A   88  VAL  A  104  .  ?        ?     ?     ?  
 88  1  1  A   89  LYS  A  105  .  ?        ?     ?     ?  
 89  1  1  A   90  LEU  A  106  .  ?        ?     ?     ?  
 90  1  1  A   91  GLN  A  107  .  ?        ?     ?     ?  
 91  1  1  A   92  ASP  A  108  .  ?        ?     ?     ?  
 92  1  1  A   93  ALA  A  109  .  ?        ?     ?     ?  
 93  1  1  A   94  GLY  A  110  .  ?        ?     ?     ?  
 94  1  1  A   95  VAL  A  111  .  ?        ?     ?     ?  
 95  1  1  A   96  TYR  A  112  .  ?        ?     ?     ?  
 96  1  1  A   97  ARG  A  113  .  ?        ?     ?     ?  
 97  1  1  A   98  CYS  A  114  .  ?        ?     ?     ?  
 98  1  1  A   99  MET  A  115  .  ?        ?     ?     ?  
 99  1  1  A  100  ILE  A  116  .  ?        ?     ?     ?  
100  1  1  A  101  SER  A  117  .  ?        ?     ?     ?  
101  1  1  A  102  TYR  A  118  .  ?        ?     ?     ?  
102  1  1  A  103  GLY  A  119  .  ?        ?     ?     ?  
103  1  1  A  104  GLY  A  120  .  ?        ?     ?     ?  
104  1  1  A  105  ALA  A  121  .  ?        ?     ?     ?  
105  1  1  A  106  ASP  A  122  .  ?        ?     ?     ?  
106  1  1  A  107  TYR  A  123  .  ?        ?     ?     ?  
107  1  1  A  108  LYS  A  124  .  ?        ?     ?     ?  
108  1  1  A  109  ARG  A  125  .  ?        ?     ?     ?  
109  1  1  A  110  ILE  A  126  .  ?        ?     ?     ?  
110  1  1  A  111  THR  A  127  .  ?        ?     ?     ?  
111  1  1  A  112  VAL  A  128  .  ?        ?     ?     ?  
112  1  1  A  113  LYS  A  129  .  ?        ?     ?     ?  
113  1  1  A  114  VAL  A  130  .  ?        ?     ?     ?  
114  1  1  A  115  ASN  A  131  .  ?        ?     ?     ?  
115  1  1  A  116  ALA  A  132  .  ?        ?     ?     ?  
116  1  1  A  117  PRO  A  133  .  ?        ?     ?     ?  
117  1  1  A  118  TYR  A  134  .  ?        ?     ?     ?  
118  1  1  A  119  ALA  A  135  .  ?        ?     ?     ?  
119  1  1  A  120  ALA  A  136  .  ?        ?     ?     ?  
120  1  1  A  121  ALA  A  137  .  ?        ?     ?     ?  
121  1  1  A  122  LEU  A  138  .  ?        ?     ?     ?  
122  1  1  A  123  GLU  A  139  .  ?        ?     ?     ?  
123  1  1  A  124  HIS  A  140  .  ?        ?     ?     ?  
124  1  1  A  125  HIS  A  141  .  ?        ?     ?     ?  
125  1  1  A  126  HIS  A  142  .  ?        ?     ?     ?  
126  1  1  B    2  ALA  B   18  .  ?        ?     ?     ?  
127  1  1  B    3  PHE  B   19  .  ?        ?     ?     ?  
128  1  1  B    4  THR  B   20  .  ?        ?     ?     ?  
129  1  1  B    5  VAL  B   21  .  ?        ?     ?     ?  
130  1  1  B    6  THR  B   22  .  ?        ?     ?     ?  
131  1  1  B    7  VAL  B   23  .  ?        ?     ?     ?  
132  1  1  B    8  PRO  B   24  .  ?        ?     ?     ?  
133  1  1  B    9  LYS  B   25  .  ?        ?     ?     ?  
134  1  1  B   10  ASP  B   26  .  ?        ?     ?     ?  
135  1  1  B   11  LEU  B   27  .  ?        ?     ?     ?  
136  1  1  B   12  TYR  B   28  .  ?        ?     ?     ?  
137  1  1  B   13  VAL  B   29  .  ?        ?     ?     ?  
138  1  1  B   14  VAL  B   30  .  ?        ?     ?     ?  
139  1  1  B   15  GLU  B   31  A  ?        ?     ?     ?  
140  1  1  B   15  GLU  B   31  B  ?        ?     ?     ?  
141  1  1  B   16  TYR  B   32  .  ?        ?     ?     ?  
142  1  1  B   17  GLY  B   33  .  ?        ?     ?     ?  
143  1  1  B   18  SER  B   34  .  ?        ?     ?     ?  
144  1  1  B   19  ASN  B   35  .  ?        ?     ?     ?  
145  1  1  B   20  MET  B   36  A  ?        ?     ?     ?  
146  1  1  B   20  MET  B   36  B  ?        ?     ?     ?  
147  1  1  B   21  THR  B   37  .  ?        ?     ?     ?  
148  1  1  B   22  ILE  B   38  .  ?        ?     ?     ?  
149  1  1  B   23  GLU  B   39  .  ?        ?     ?     ?  
150  1  1  B   24  CYS  B   40  .  ?        ?     ?     ?  
151  1  1  B   25  LYS  B   41  .  ?        ?     ?     ?  
152  1  1  B   26  PHE  B   42  .  ?        ?     ?     ?  
153  1  1  B   27  PRO  B   43  .  ?        ?     ?     ?  
154  1  1  B   28  VAL  B   44  .  ?        ?     ?     ?  
155  1  1  B   29  GLU  B   45  .  ?        ?     ?     ?  
156  1  1  B   30  LYS  B   46  .  ?        ?     ?     ?  
157  1  1  B   31  GLN  B   47  .  ?        ?     ?     ?  
158  1  1  B   32  LEU  B   48  .  ?        ?     ?     ?  
159  1  1  B   33  ASP  B   49  .  ?        ?     ?     ?  
160  1  1  B   34  LEU  B   50  .  ?        ?     ?     ?  
161  1  1  B   35  ALA  B   51  .  ?        ?     ?     ?  
162  1  1  B   36  ALA  B   52  .  ?        ?     ?     ?  
163  1  1  B   37  LEU  B   53  .  ?        ?     ?     ?  
164  1  1  B   38  ILE  B   54  .  ?        ?     ?     ?  
165  1  1  B   39  VAL  B   55  .  ?        ?     ?     ?  
166  1  1  B   40  TYR  B   56  .  ?        ?     ?     ?  
167  1  1  B   41  TRP  B   57  .  ?        ?     ?     ?  
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169  1  1  B   43  MET  B   59  .  ?        ?     ?     ?  
170  1  1  B   44  GLU  B   60  .  ?        ?     ?     ?  
171  1  1  B   45  ASP  B   61  .  ?        ?     ?     ?  
172  1  1  B   46  LYS  B   62  .  ?        ?     ?     ?  
173  1  1  B   47  ASN  B   63  .  ?        ?     ?     ?  
174  1  1  B   48  ILE  B   64  .  ?        ?     ?     ?  
175  1  1  B   49  ILE  B   65  .  ?        ?     ?     ?  
176  1  1  B   50  GLN  B   66  .  ?        ?     ?     ?  
177  1  1  B   51  PHE  B   67  .  ?        ?     ?     ?  
178  1  1  B   52  VAL  B   68  .  ?        ?     ?     ?  
179  1  1  B   53  HIS  B   69  .  ?        ?     ?     ?  
180  1  1  B   54  GLY  B   70  .  ?        ?     ?     ?  
181  1  1  B   55  GLU  B   71  .  ?        ?     ?     ?  
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184  1  1  B   58  LEU  B   74  .  ?        ?     ?     ?  
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189  1  1  B   63  SER  B   79  .  ?        ?     ?     ?  
190  1  1  B   64  SER  B   80  .  ?        ?     ?     ?  
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195  1  1  B   69  ALA  B   85  .  ?        ?     ?     ?  
196  1  1  B   70  ARG  B   86  .  ?        ?     ?     ?  
197  1  1  B   71  LEU  B   87  .  ?        ?     ?     ?  
198  1  1  B   72  LEU  B   88  .  ?        ?     ?     ?  
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200  1  1  B   74  ASP  B   90  .  ?        ?     ?     ?  
201  1  1  B   75  GLN  B   91  .  ?        ?     ?     ?  
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204  1  1  B   78  LEU  B   94  .  ?        ?     ?     ?  
205  1  1  B   79  GLY  B   95  .  ?        ?     ?     ?  
206  1  1  B   80  ASN  B   96  .  ?        ?     ?     ?  
207  1  1  B   81  ALA  B   97  .  ?        ?     ?     ?  
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210  1  1  B   84  GLN  B  100  .  ?        ?     ?     ?  
211  1  1  B   85  ILE  B  101  .  ?        ?     ?     ?  
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219  1  1  B   93  ALA  B  109  .  ?        ?     ?     ?  
220  1  1  B   94  GLY  B  110  .  ?        ?     ?     ?  
221  1  1  B   95  VAL  B  111  .  ?        ?     ?     ?  
222  1  1  B   96  TYR  B  112  .  ?        ?     ?     ?  
223  1  1  B   97  ARG  B  113  .  ?        ?     ?     ?  
224  1  1  B   98  CYS  B  114  .  ?        ?     ?     ?  
225  1  1  B   99  MET  B  115  .  ?        ?     ?     ?  
226  1  1  B  100  ILE  B  116  .  ?        ?     ?     ?  
227  1  1  B  101  SER  B  117  .  ?        ?     ?     ?  
228  1  1  B  102  TYR  B  118  .  ?        ?     ?     ?  
229  1  1  B  103  GLY  B  119  .  ?        ?     ?     ?  
230  1  1  B  104  GLY  B  120  .  ?        ?     ?     ?  
231  1  1  B  105  ALA  B  121  .  ?        ?     ?     ?  
232  1  1  B  106  ASP  B  122  .  ?        ?     ?     ?  
233  1  1  B  107  TYR  B  123  .  ?        ?     ?     ?  
234  1  1  B  108  LYS  B  124  .  ?        ?     ?     ?  
235  1  1  B  109  ARG  B  125  .  ?        ?     ?     ?  
236  1  1  B  110  ILE  B  126  .  ?        ?     ?     ?  
237  1  1  B  111  THR  B  127  .  ?        ?     ?     ?  
238  1  1  B  112  VAL  B  128  .  ?        ?     ?     ?  
239  1  1  B  113  LYS  B  129  .  ?        ?     ?     ?  
240  1  1  B  114  VAL  B  130  .  ?        ?     ?     ?  
241  1  1  B  115  ASN  B  131  .  ?        ?     ?     ?  
242  1  1  B  116  ALA  B  132  .  ?        ?     ?     ?  
243  1  1  B  117  PRO  B  133  .  ?        ?     ?     ?  
244  1  1  B  118  TYR  B  134  .  ?        ?     ?     ?  
245  1  1  B  119  ALA  B  135  .  ?        ?     ?     ?  
246  1  1  B  120  ALA  B  136  .  ?        ?     ?     ?  
247  1  1  B  121  ALA  B  137  .  ?        ?     ?     ?  
248  1  1  B  122  LEU  B  138  .  ?        ?     ?     ?  
249  1  1  B  123  GLU  B  139  .  ?        ?     ?     ?  
250  1  1  B  124  HIS  B  140  .  ?        ?     ?     ?  
251  1  1  B  125  HIS  B  141  .  ?        ?     ?     ?  
252  1  1  B  126  HIS  B  142  .  ?        ?     ?     ?  
253  1  1  B  127  HIS  B  143  .  ?        ?     ?     ?  
254  1  2  C    .  KSD  A  201  .  ?        6     6     3  
#
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#
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1  254  C5   C6   C1   121.13  119.48     82  0.72   2.30  0.15  
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#
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1  254  C18  C23  N1  C24  -127.06  49.24    338  13.28  9.46  0.30  
2  254  C18  C19  O2  C21  -138.83  33.27  10000   6.83  0.14  1.16  
3  254  C20  C19  O2  C21    42.72  35.41  10000   7.64  0.12  0.80  
#
loop_
_pdbx_vrpt_software.ordinal
_pdbx_vrpt_software.name
_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
2  xtriage      1.13                                                                  Y  
3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  N  
##
