data_1JK1

loop_
_pdbx_vrpt_database.id
_pdbx_vrpt_database.code
PDB  1JK1    
NDB  PD0230  
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    1JK1
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2001-07-11
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         5
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2023-08-16
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2023-08-07:06:11
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,mogul,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*G)-3'"  
2  polymer      "5'-D(*TP*CP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*C)-3'"  
3  polymer      ZIF268  
4  non-polymer  "ZINC ION"  
5  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
D  4  
E  4  
F  4  
G  5  
H  5  
I  5  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  x-ray  
2  1.9  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1   46.84  141614     ?     ?  
2  2  1   41.70    6847  1.90  1.90  
3  1  2  100.00  138981     ?     ?  
4  2  2  100.00    6760  1.90  1.90  
5  1  3   45.72  138945     ?     ?  
6  2  3   39.01    6760  1.90  1.90  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  C  1  3  A  100.00  
2  4  2  C  1  3  A  100.00  
3  5  3  C  1  3  A   45.72  
4  6  3  C  1  3  A   39.01  
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
1  1  1  A  B  0.82  0.49  259  400  
2  1  2  B  C  0.93  0.58  239  365  
3  1  3  C  A  0.68  0.44  725  968  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       2.56
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     6.17
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   949
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 1223
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.48
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                1733
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    0.77
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method           x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal              1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high  1.90
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low   20.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                0.21
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree            0.27
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_plane_outliers
  1  1  1  A   1  DA   B    1  .  ?        ?     ?     ?  
  2  1  1  A   2  DG   B    2  .  ?        ?     ?     ?  
  3  1  1  A   3  DC   B    3  .  ?        ?     ?     1  
  4  1  1  A   4  DG   B    4  .  ?        ?     ?     ?  
  5  1  1  A   5  DT   B    5  .  ?        ?     ?     ?  
  6  1  1  A   6  DG   B    6  .  ?        ?     1     ?  
  7  1  1  A   7  DG   B    7  .  ?        ?     1     ?  
  8  1  1  A   8  DG   B    8  .  ?        ?     2     ?  
  9  1  1  A   9  DC   B    9  .  ?        ?     1     ?  
 10  1  1  A  10  DG   B   10  .  ?        ?     ?     ?  
 11  1  1  A  11  DG   B   11  .  ?        ?     ?     ?  
 12  1  2  B   1  DT   C   51  .  ?        ?     1     ?  
 13  1  2  B   2  DC   C   52  .  ?        ?     2     ?  
 14  1  2  B   3  DC   C   53  .  ?        ?     2     ?  
 15  1  2  B   4  DG   C   54  .  ?        ?     ?     ?  
 16  1  2  B   5  DC   C   55  .  ?        ?     1     ?  
 17  1  2  B   6  DC   C   56  .  ?        ?     1     ?  
 18  1  2  B   7  DC   C   57  .  ?        ?     ?     ?  
 19  1  2  B   8  DA   C   58  .  ?        ?     ?     ?  
 20  1  2  B   9  DC   C   59  .  ?        ?     ?     ?  
 21  1  2  B  10  DG   C   60  .  ?        ?     ?     ?  
 22  1  2  B  11  DC   C   61  .  ?        ?     ?     ?  
 23  1  3  C   3  ARG  A  103  .  ?        ?     ?     ?  
 24  1  3  C   4  PRO  A  104  .  ?        ?     ?     ?  
 25  1  3  C   5  TYR  A  105  .  ?        ?     ?     ?  
 26  1  3  C   6  ALA  A  106  .  ?        ?     2     ?  
 27  1  3  C   7  CYS  A  107  .  ?        ?     ?     ?  
 28  1  3  C   8  PRO  A  108  .  ?        ?     ?     ?  
 29  1  3  C   9  VAL  A  109  .  ?        ?     ?     ?  
 30  1  3  C  10  GLU  A  110  .  ?        ?     ?     ?  
 31  1  3  C  11  SER  A  111  .  ?        ?     ?     ?  
 32  1  3  C  12  CYS  A  112  .  ?        ?     ?     ?  
 33  1  3  C  13  ASP  A  113  .  ?        ?     ?     ?  
 34  1  3  C  14  ARG  A  114  .  ?        ?     ?     ?  
 35  1  3  C  15  ARG  A  115  .  ?        ?     2     ?  
 36  1  3  C  16  PHE  A  116  .  ?        ?     1     ?  
 37  1  3  C  17  SER  A  117  .  ?        ?     ?     ?  
 38  1  3  C  18  ARG  A  118  .  ?        ?     ?     ?  
 39  1  3  C  19  SER  A  119  .  ?        ?     ?     ?  
 40  1  3  C  20  ALA  A  120  .  ?        ?     1     ?  
 41  1  3  C  21  GLU  A  121  .  ?        ?     2     ?  
 42  1  3  C  22  LEU  A  122  .  ?        ?     ?     ?  
 43  1  3  C  23  THR  A  123  .  ?        ?     ?     ?  
 44  1  3  C  24  ARG  A  124  .  ?        ?     ?     ?  
 45  1  3  C  25  HIS  A  125  .  ?        ?     ?     ?  
 46  1  3  C  26  ILE  A  126  .  ?        ?     ?     ?  
 47  1  3  C  27  ARG  A  127  .  ?        ?     ?     ?  
 48  1  3  C  28  ILE  A  128  .  ?        ?     1     ?  
 49  1  3  C  29  HIS  A  129  .  ?        ?     ?     ?  
 50  1  3  C  30  THR  A  130  .  ?        ?     ?     ?  
 51  1  3  C  31  GLY  A  131  .  ?        ?     ?     ?  
 52  1  3  C  32  GLN  A  132  .  ?        ?     ?     ?  
 53  1  3  C  33  LYS  A  133  .  ?        ?     ?     ?  
 54  1  3  C  34  PRO  A  134  .  ?        ?     ?     ?  
 55  1  3  C  35  PHE  A  135  .  ?        ?     ?     ?  
 56  1  3  C  36  GLN  A  136  .  ?        ?     ?     ?  
 57  1  3  C  37  CYS  A  137  .  ?        ?     ?     ?  
 58  1  3  C  38  ARG  A  138  .  ?        ?     1     ?  
 59  1  3  C  39  ILE  A  139  .  ?        ?     ?     ?  
 60  1  3  C  40  CYS  A  140  .  ?        ?     ?     ?  
 61  1  3  C  41  MET  A  141  .  ?        ?     ?     ?  
 62  1  3  C  42  ARG  A  142  .  ?        ?     ?     ?  
 63  1  3  C  43  ASN  A  143  .  ?        ?     ?     ?  
 64  1  3  C  44  PHE  A  144  .  ?        ?     ?     ?  
 65  1  3  C  45  SER  A  145  .  ?        ?     ?     ?  
 66  1  3  C  46  ARG  A  146  .  ?        ?     ?     ?  
 67  1  3  C  47  SER  A  147  .  ?        ?     ?     ?  
 68  1  3  C  48  ASP  A  148  .  ?        ?     ?     ?  
 69  1  3  C  49  HIS  A  149  .  ?        ?     ?     ?  
 70  1  3  C  50  LEU  A  150  .  ?        ?     ?     ?  
 71  1  3  C  51  THR  A  151  .  ?        ?     ?     ?  
 72  1  3  C  52  THR  A  152  .  ?        ?     ?     ?  
 73  1  3  C  53  HIS  A  153  .  ?        ?     ?     ?  
 74  1  3  C  54  ILE  A  154  .  ?        ?     ?     ?  
 75  1  3  C  55  ARG  A  155  .  ?        ?     ?     ?  
 76  1  3  C  56  THR  A  156  .  ?        ?     ?     ?  
 77  1  3  C  57  HIS  A  157  .  ?        ?     ?     ?  
 78  1  3  C  58  THR  A  158  .  ?        ?     ?     ?  
 79  1  3  C  59  GLY  A  159  .  ?        ?     ?     ?  
 80  1  3  C  60  GLU  A  160  .  ?        ?     ?     ?  
 81  1  3  C  61  LYS  A  161  .  ?        ?     ?     ?  
 82  1  3  C  62  PRO  A  162  .  ?        ?     ?     ?  
 83  1  3  C  63  PHE  A  163  .  ?        ?     ?     ?  
 84  1  3  C  64  ALA  A  164  .  ?        ?     ?     ?  
 85  1  3  C  65  CYS  A  165  .  ?        ?     ?     ?  
 86  1  3  C  66  ASP  A  166  .  ?        ?     ?     ?  
 87  1  3  C  67  ILE  A  167  .  ?        ?     ?     ?  
 88  1  3  C  68  CYS  A  168  .  ?        ?     ?     ?  
 89  1  3  C  69  GLY  A  169  .  ?        ?     ?     ?  
 90  1  3  C  70  ARG  A  170  .  ?        ?     ?     ?  
 91  1  3  C  71  LYS  A  171  .  ?        ?     ?     ?  
 92  1  3  C  72  PHE  A  172  .  ?        ?     ?     ?  
 93  1  3  C  73  ALA  A  173  .  ?        ?     ?     ?  
 94  1  3  C  74  ARG  A  174  .  ?        ?     ?     ?  
 95  1  3  C  75  SER  A  175  .  ?        ?     ?     ?  
 96  1  3  C  76  ASP  A  176  .  ?        ?     ?     ?  
 97  1  3  C  77  GLU  A  177  .  ?        ?     ?     ?  
 98  1  3  C  78  ARG  A  178  .  ?        1     ?     ?  
 99  1  3  C  79  LYS  A  179  .  ?        ?     ?     ?  
100  1  3  C  80  ARG  A  180  .  ?        ?     ?     ?  
101  1  3  C  81  HIS  A  181  .  ?        ?     1     ?  
102  1  3  C  82  THR  A  182  .  ?        ?     ?     ?  
103  1  3  C  83  LYS  A  183  .  ?        ?     ?     ?  
104  1  3  C  84  ILE  A  184  .  ?        ?     1     ?  
105  1  3  C  85  HIS  A  185  .  ?        ?     ?     ?  
106  1  3  C  86  LEU  A  186  .  ?        ?     ?     ?  
107  1  3  C  87  ARG  A  187  .  ?        ?     ?     ?  
108  1  4  D   .  ZN   A  201  .  ?        ?     ?     ?  
109  1  4  E   .  ZN   A  202  .  ?        ?     ?     ?  
110  1  4  F   .  ZN   A  203  .  ?        ?     ?     ?  
111  1  5  G   .  HOH  B  310  .  ?        ?     ?     ?  
112  1  5  G   .  HOH  B  316  .  ?        ?     ?     ?  
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1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        unknown                                                               Y  
3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
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