data_1IOC

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  1IOC
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    1IOC
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2001-02-27
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         5
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2021-11-10
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2021-11-02:01:42
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,mogul,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "LYSOZYME C"  
2  non-polymer  "SODIUM ION"  
3  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  2  
D  2  
E  3  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  x-ray  
2  2.4  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1   13.29  141614     ?     ?  
2  2  1   19.01    4398  2.40  2.40  
3  1  2  100.00  138981     ?     ?  
4  2  2  100.00    4318  2.40  2.40  
5  1  3   26.05  138945     ?     ?  
6  2  3   42.12    4319  2.40  2.40  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  100.00  
2  4  2  A  1  1  A  100.00  
3  5  3  A  1  1  A   26.05  
4  6  3  A  1  1  A   42.12  
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
1  1  1  A  A  0.82  0.58  1067  1441  
2  1  2  B  A     ?     ?     ?     ?  
3  1  2  C  A     ?     ?     ?     ?  
4  1  2  D  A     ?     ?     ?     ?  
5  1  3  E  A     ?     ?     ?     ?  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       4.72
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     16.07
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   1004
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 1067
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.58
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                1441
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    0.82
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method           x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal              1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high  2.40
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low   6.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                0.21
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_symm_clashes
  1  1  1  A    2  ALA  A   -3  .  ?        ?     ?     ?  
  2  1  1  A    3  GLU  A   -2  .  ?        ?     2     ?  
  3  1  1  A    4  ALA  A   -1  .  ?        ?     1     ?  
  4  1  1  A    5  LYS  A    1  .  ?        ?     4     ?  
  5  1  1  A    6  VAL  A    2  .  ?        ?     ?     ?  
  6  1  1  A    7  PHE  A    3  .  ?        ?     ?     ?  
  7  1  1  A    8  GLU  A    4  .  ?        ?     ?     ?  
  8  1  1  A    9  ARG  A    5  .  ?        ?     1     ?  
  9  1  1  A   10  CYS  A    6  .  ?        ?     ?     ?  
 10  1  1  A   11  GLU  A    7  .  ?        ?     2     ?  
 11  1  1  A   12  LEU  A    8  .  ?        ?     ?     ?  
 12  1  1  A   13  ALA  A    9  .  ?        ?     ?     ?  
 13  1  1  A   14  ARG  A   10  .  ?        ?     ?     ?  
 14  1  1  A   15  THR  A   11  .  ?        ?     ?     ?  
 15  1  1  A   16  LEU  A   12  .  ?        ?     ?     ?  
 16  1  1  A   17  LYS  A   13  .  ?        ?     ?     ?  
 17  1  1  A   18  ARG  A   14  .  ?        ?     ?     ?  
 18  1  1  A   19  LEU  A   15  .  ?        ?     ?     ?  
 19  1  1  A   20  GLY  A   16  .  ?        ?     ?     ?  
 20  1  1  A   21  MET  A   17  .  ?        ?     ?     ?  
 21  1  1  A   22  ASP  A   18  .  ?        ?     ?     ?  
 22  1  1  A   23  GLY  A   19  .  ?        ?     ?     ?  
 23  1  1  A   24  TYR  A   20  .  ?        ?     ?     ?  
 24  1  1  A   25  ARG  A   21  .  ?        ?     2     ?  
 25  1  1  A   26  GLY  A   22  .  ?        ?     ?     ?  
 26  1  1  A   27  ILE  A   23  .  ?        ?     ?     ?  
 27  1  1  A   28  SER  A   24  .  ?        ?     ?     ?  
 28  1  1  A   29  LEU  A   25  .  ?        ?     ?     ?  
 29  1  1  A   30  ALA  A   26  .  ?        ?     ?     ?  
 30  1  1  A   31  ASN  A   27  .  ?        ?     ?     ?  
 31  1  1  A   32  TRP  A   28  .  ?        ?     ?     ?  
 32  1  1  A   33  MET  A   29  .  ?        ?     ?     ?  
 33  1  1  A   34  CYS  A   30  .  ?        ?     ?     ?  
 34  1  1  A   35  LEU  A   31  .  ?        ?     2     ?  
 35  1  1  A   36  ALA  A   32  .  ?        ?     ?     ?  
 36  1  1  A   37  LYS  A   33  .  ?        ?     2     ?  
 37  1  1  A   38  TRP  A   34  .  ?        ?     1     ?  
 38  1  1  A   39  GLU  A   35  .  ?        ?     4     ?  
 39  1  1  A   40  SER  A   36  .  ?        ?     ?     ?  
 40  1  1  A   41  GLY  A   37  .  ?        ?     ?     ?  
 41  1  1  A   42  TYR  A   38  .  ?        ?     ?     ?  
 42  1  1  A   43  ASN  A   39  .  ?        ?     ?     ?  
 43  1  1  A   44  THR  A   40  .  ?        ?     1     ?  
 44  1  1  A   45  ARG  A   41  .  ?        ?     2     ?  
 45  1  1  A   46  ALA  A   42  .  ?        ?     ?     ?  
 46  1  1  A   47  THR  A   43  .  ?        ?     ?     ?  
 47  1  1  A   48  ASN  A   44  .  ?        ?     ?     ?  
 48  1  1  A   49  TYR  A   45  .  ?        ?     ?     ?  
 49  1  1  A   50  ASN  A   46  .  ?        ?     ?     ?  
 50  1  1  A   51  ALA  A   47  .  ?        ?     ?     ?  
 51  1  1  A   52  GLY  A   48  .  ?        ?     ?     ?  
 52  1  1  A   53  ASP  A   49  .  ?        ?     ?     ?  
 53  1  1  A   54  ARG  A   50  .  ?        ?     5     ?  
 54  1  1  A   55  SER  A   51  .  ?        ?     ?     ?  
 55  1  1  A   56  THR  A   52  .  ?        ?     ?     ?  
 56  1  1  A   57  ASP  A   53  .  ?        ?     ?     ?  
 57  1  1  A   58  TYR  A   54  .  ?        ?     ?     ?  
 58  1  1  A   59  GLY  A   55  .  ?        ?     ?     ?  
 59  1  1  A   60  THR  A   56  .  ?        ?     ?     ?  
 60  1  1  A   61  PHE  A   57  .  ?        ?     ?     ?  
 61  1  1  A   62  GLN  A   58  .  ?        ?     3     ?  
 62  1  1  A   63  ILE  A   59  .  ?        ?     1     ?  
 63  1  1  A   64  ASN  A   60  .  ?        ?     1     ?  
 64  1  1  A   65  SER  A   61  .  ?        ?     ?     ?  
 65  1  1  A   66  ARG  A   62  .  ?        ?     1     ?  
 66  1  1  A   67  TYR  A   63  .  ?        ?     ?     ?  
 67  1  1  A   68  TRP  A   64  .  ?        ?     1     ?  
 68  1  1  A   69  CYS  A   65  .  ?        ?     ?     ?  
 69  1  1  A   70  ASN  A   66  .  ?        ?     ?     ?  
 70  1  1  A   71  ASP  A   67  .  ?        ?     1     ?  
 71  1  1  A   72  GLY  A   68  .  ?        ?     ?     ?  
 72  1  1  A   73  LYS  A   69  .  ?        ?     1     ?  
 73  1  1  A   74  THR  A   70  .  ?        ?     ?     ?  
 74  1  1  A   75  PRO  A   71  .  ?        ?     ?     ?  
 75  1  1  A   76  GLY  A   72  .  ?        ?     ?     ?  
 76  1  1  A   77  ALA  A   73  .  ?        ?     ?     ?  
 77  1  1  A   78  VAL  A   74  .  ?        ?     ?     ?  
 78  1  1  A   79  ASN  A   75  .  ?        ?     ?     ?  
 79  1  1  A   80  ALA  A   76  .  ?        ?     ?     ?  
 80  1  1  A   81  CYS  A   77  .  ?        ?     ?     ?  
 81  1  1  A   82  HIS  A   78  .  ?        ?     1     ?  
 82  1  1  A   83  LEU  A   79  .  ?        ?     1     ?  
 83  1  1  A   84  SER  A   80  .  ?        ?     ?     ?  
 84  1  1  A   85  CYS  A   81  .  ?        ?     1     ?  
 85  1  1  A   86  SER  A   82  .  ?        ?     ?     ?  
 86  1  1  A   87  ALA  A   83  .  ?        ?     ?     ?  
 87  1  1  A   88  LEU  A   84  .  ?        ?     1     ?  
 88  1  1  A   89  LEU  A   85  .  ?        ?     1     ?  
 89  1  1  A   90  GLN  A   86  .  ?        ?     ?     ?  
 90  1  1  A   91  ASP  A   87  .  ?        ?     1     ?  
 91  1  1  A   92  ASN  A   88  .  ?        ?     ?     ?  
 92  1  1  A   93  ILE  A   89  .  ?        ?     ?     ?  
 93  1  1  A   94  ALA  A   90  .  ?        ?     ?     ?  
 94  1  1  A   95  ASP  A   91  .  ?        1     ?     ?  
 95  1  1  A   96  ALA  A   92  .  ?        ?     1     ?  
 96  1  1  A   97  VAL  A   93  .  ?        ?     ?     ?  
 97  1  1  A   98  ALA  A   94  .  ?        ?     ?     ?  
 98  1  1  A   99  CYS  A   95  .  ?        ?     ?     ?  
 99  1  1  A  100  ALA  A   96  .  ?        ?     ?     ?  
100  1  1  A  101  LYS  A   97  .  ?        ?     ?     ?  
101  1  1  A  102  ARG  A   98  .  ?        ?     ?     ?  
102  1  1  A  103  VAL  A   99  .  ?        ?     ?     ?  
103  1  1  A  104  VAL  A  100  .  ?        ?     ?     ?  
104  1  1  A  105  ARG  A  101  .  ?        ?     ?     ?  
105  1  1  A  106  ASP  A  102  .  ?        ?     ?     ?  
106  1  1  A  107  PRO  A  103  .  ?        ?     ?     ?  
107  1  1  A  108  GLN  A  104  .  ?        ?     ?     ?  
108  1  1  A  109  GLY  A  105  .  ?        ?     ?     ?  
109  1  1  A  110  ILE  A  106  .  ?        ?     ?     ?  
110  1  1  A  111  ARG  A  107  .  ?        ?     1     ?  
111  1  1  A  112  ALA  A  108  .  ?        ?     ?     ?  
112  1  1  A  113  TRP  A  109  .  ?        ?     ?     ?  
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 29   29  ?         -55.8   -33.5  Favored     ?   5   5  0.72   7  0.59  molprobity  
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 39   39  p        -127.1    -7.7  Favored     ?   5   6  0.30   8  1.14  molprobity  
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130  130  ?          98.7   -27.9  Favored     ?   3   4  0.41   5  0.72  molprobity  
131  131  m         -63.2   -15.6  Favored     ?   4   6  0.16   8  1.53  molprobity  
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133  133  m             ?       ?  ?           ?   9   7  0.68   7  0.92  molprobity  
#
loop_
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 1    2  HB3    1  0.63  2.14  
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 9   10  HA     6  0.43  2.19  
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14   34  HD13   9  0.46  1.97  
15   36  HG2   10  0.48  1.79  
16   36  HG3   11  0.41  2.36  
17   37  N     11  0.41  2.36  
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2  mogul        unknown                                                               Y  
3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
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