data_1C11

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  1C11
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_pdbx_vrpt_exptl.method   nmr
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_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    1C11
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         1998-07-15
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_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2022-02-16
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2022-02-08:20:02
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,coreclust,chemicalshifts,percentiles,writepdf,writexml,writecif
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
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_pdbx_vrpt_entity.id           1
_pdbx_vrpt_entity.type         polymer
_pdbx_vrpt_entity.description  "DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*A)-3')"
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  1  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  pdb    
2  nmr  x-ray  
#
_pdbx_vrpt_percentile_type.id    1
_pdbx_vrpt_percentile_type.type  all_atom_clashscore
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
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_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1   99.94  158937  ?     ?     
2  2  1  100.00   12864  ?     ?     
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
 1  1  1  A  A  2.36  1.83  238  364  
 2  1  1  B  B  1.95  1.48  238  364  
 3  2  1  A  A  2.34  1.83  238  364  
 4  2  1  B  B  1.93  1.50  238  364  
 5  3  1  A  A  2.32  1.84  238  364  
 6  3  1  B  B  1.92  1.50  238  364  
 7  4  1  A  A  2.33  1.84  238  364  
 8  4  1  B  B  1.99  1.49  238  364  
 9  5  1  A  A  2.36  1.83  238  364  
10  5  1  B  B  1.92  1.50  238  364  
11  6  1  A  A  2.38  1.84  238  364  
12  6  1  B  B  2.04  1.50  238  364  
13  7  1  A  A  2.36  1.83  238  364  
14  7  1  B  B  1.93  1.50  238  364  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                 1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore_full_length  0.00
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_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ         5096
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ             2.16
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_plane_outliers
  1  1  1  A   1  DT  A   1  .  ?        ?     ?     ?  
  2  1  1  A   2  DC  A   2  .  ?        1     3     ?  
  3  1  1  A   3  DC  A   3  .  ?        1     2     ?  
  4  1  1  A   4  DC  A   4  .  ?        1     2     ?  
  5  1  1  A   5  DG  A   5  .  ?        ?     1     ?  
  6  1  1  A   6  DT  A   6  .  ?        ?     1     ?  
  7  1  1  A   7  DT  A   7  .  ?        ?     1     ?  
  8  1  1  A   8  DT  A   8  .  ?        ?     ?     ?  
  9  1  1  A   9  DC  A   9  .  ?        1     3     ?  
 10  1  1  A  10  DC  A  10  .  ?        1     3     1  
 11  1  1  A  11  DA  A  11  .  ?        ?     ?     1  
 12  1  1  B   1  DT  B   1  .  ?        ?     1     ?  
 13  1  1  B   2  DC  B   2  .  ?        ?     ?     ?  
 14  1  1  B   3  DC  B   3  .  ?        ?     ?     ?  
 15  1  1  B   4  DC  B   4  .  ?        ?     ?     ?  
 16  1  1  B   5  DG  B   5  .  ?        ?     1     ?  
 17  1  1  B   6  DT  B   6  .  ?        ?     1     ?  
 18  1  1  B   7  DT  B   7  .  ?        ?     1     ?  
 19  1  1  B   8  DT  B   8  .  ?        ?     ?     ?  
 20  1  1  B   9  DC  B   9  .  ?        ?     ?     ?  
 21  1  1  B  10  DC  B  10  .  ?        ?     ?     1  
 22  1  1  B  11  DA  B  11  .  ?        ?     ?     1  
 23  2  1  A   1  DT  A   1  .  ?        ?     1     ?  
 24  2  1  A   2  DC  A   2  .  ?        1     3     ?  
 25  2  1  A   3  DC  A   3  .  ?        1     3     ?  
 26  2  1  A   4  DC  A   4  .  ?        1     2     ?  
 27  2  1  A   5  DG  A   5  .  ?        ?     1     ?  
 28  2  1  A   6  DT  A   6  .  ?        ?     1     ?  
 29  2  1  A   7  DT  A   7  .  ?        ?     1     ?  
 30  2  1  A   8  DT  A   8  .  ?        ?     ?     ?  
 31  2  1  A   9  DC  A   9  .  ?        1     3     ?  
 32  2  1  A  10  DC  A  10  .  ?        1     3     1  
 33  2  1  A  11  DA  A  11  .  ?        ?     ?     1  
 34  2  1  B   1  DT  B   1  .  ?        ?     1     ?  
 35  2  1  B   2  DC  B   2  .  ?        ?     ?     ?  
 36  2  1  B   3  DC  B   3  .  ?        ?     1     ?  
 37  2  1  B   4  DC  B   4  .  ?        ?     ?     ?  
 38  2  1  B   5  DG  B   5  .  ?        ?     1     ?  
 39  2  1  B   6  DT  B   6  .  ?        ?     1     ?  
 40  2  1  B   7  DT  B   7  .  ?        ?     1     ?  
 41  2  1  B   8  DT  B   8  .  ?        ?     ?     ?  
 42  2  1  B   9  DC  B   9  .  ?        ?     ?     ?  
 43  2  1  B  10  DC  B  10  .  ?        ?     ?     1  
 44  2  1  B  11  DA  B  11  .  ?        ?     ?     1  
 45  3  1  A   1  DT  A   1  .  ?        ?     1     ?  
 46  3  1  A   2  DC  A   2  .  ?        1     3     ?  
 47  3  1  A   3  DC  A   3  .  ?        1     2     ?  
 48  3  1  A   4  DC  A   4  .  ?        1     2     ?  
 49  3  1  A   5  DG  A   5  .  ?        ?     1     ?  
 50  3  1  A   6  DT  A   6  .  ?        ?     1     ?  
 51  3  1  A   7  DT  A   7  .  ?        ?     1     ?  
 52  3  1  A   8  DT  A   8  .  ?        ?     ?     ?  
 53  3  1  A   9  DC  A   9  .  ?        1     3     ?  
 54  3  1  A  10  DC  A  10  .  ?        1     3     1  
 55  3  1  A  11  DA  A  11  .  ?        ?     ?     1  
 56  3  1  B   1  DT  B   1  .  ?        ?     1     ?  
 57  3  1  B   2  DC  B   2  .  ?        ?     ?     ?  
 58  3  1  B   3  DC  B   3  .  ?        ?     ?     ?  
 59  3  1  B   4  DC  B   4  .  ?        ?     ?     ?  
 60  3  1  B   5  DG  B   5  .  ?        ?     1     ?  
 61  3  1  B   6  DT  B   6  .  ?        ?     1     ?  
 62  3  1  B   7  DT  B   7  .  ?        ?     1     ?  
 63  3  1  B   8  DT  B   8  .  ?        ?     ?     ?  
 64  3  1  B   9  DC  B   9  .  ?        ?     ?     ?  
 65  3  1  B  10  DC  B  10  .  ?        ?     ?     1  
 66  3  1  B  11  DA  B  11  .  ?        ?     ?     1  
 67  4  1  A   1  DT  A   1  .  ?        ?     1     ?  
 68  4  1  A   2  DC  A   2  .  ?        1     3     ?  
 69  4  1  A   3  DC  A   3  .  ?        1     2     ?  
 70  4  1  A   4  DC  A   4  .  ?        1     3     ?  
 71  4  1  A   5  DG  A   5  .  ?        ?     1     ?  
 72  4  1  A   6  DT  A   6  .  ?        ?     1     ?  
 73  4  1  A   7  DT  A   7  .  ?        ?     1     ?  
 74  4  1  A   8  DT  A   8  .  ?        ?     ?     ?  
 75  4  1  A   9  DC  A   9  .  ?        1     3     ?  
 76  4  1  A  10  DC  A  10  .  ?        1     3     1  
 77  4  1  A  11  DA  A  11  .  ?        ?     ?     1  
 78  4  1  B   1  DT  B   1  .  ?        ?     1     ?  
 79  4  1  B   2  DC  B   2  .  ?        ?     ?     ?  
 80  4  1  B   3  DC  B   3  .  ?        ?     ?     ?  
 81  4  1  B   4  DC  B   4  .  ?        ?     ?     ?  
 82  4  1  B   5  DG  B   5  .  ?        ?     1     ?  
 83  4  1  B   6  DT  B   6  .  ?        ?     1     ?  
 84  4  1  B   7  DT  B   7  .  ?        ?     1     ?  
 85  4  1  B   8  DT  B   8  .  ?        ?     ?     ?  
 86  4  1  B   9  DC  B   9  .  ?        ?     ?     ?  
 87  4  1  B  10  DC  B  10  .  ?        ?     ?     1  
 88  4  1  B  11  DA  B  11  .  ?        ?     ?     1  
 89  5  1  A   1  DT  A   1  .  ?        ?     1     ?  
 90  5  1  A   2  DC  A   2  .  ?        1     4     ?  
 91  5  1  A   3  DC  A   3  .  ?        1     2     ?  
 92  5  1  A   4  DC  A   4  .  ?        1     3     ?  
 93  5  1  A   5  DG  A   5  .  ?        ?     1     ?  
 94  5  1  A   6  DT  A   6  .  ?        ?     1     ?  
 95  5  1  A   7  DT  A   7  .  ?        ?     1     ?  
 96  5  1  A   8  DT  A   8  .  ?        ?     ?     ?  
 97  5  1  A   9  DC  A   9  .  ?        1     3     ?  
 98  5  1  A  10  DC  A  10  .  ?        1     3     1  
 99  5  1  A  11  DA  A  11  .  ?        ?     ?     1  
100  5  1  B   1  DT  B   1  .  ?        ?     1     ?  
101  5  1  B   2  DC  B   2  .  ?        ?     ?     ?  
102  5  1  B   3  DC  B   3  .  ?        ?     ?     ?  
103  5  1  B   4  DC  B   4  .  ?        ?     ?     ?  
104  5  1  B   5  DG  B   5  .  ?        ?     1     ?  
105  5  1  B   6  DT  B   6  .  ?        ?     1     ?  
106  5  1  B   7  DT  B   7  .  ?        ?     1     ?  
107  5  1  B   8  DT  B   8  .  ?        ?     ?     ?  
108  5  1  B   9  DC  B   9  .  ?        ?     ?     ?  
109  5  1  B  10  DC  B  10  .  ?        ?     ?     1  
110  5  1  B  11  DA  B  11  .  ?        ?     ?     1  
111  6  1  A   1  DT  A   1  .  ?        ?     1     ?  
112  6  1  A   2  DC  A   2  .  ?        1     4     ?  
113  6  1  A   3  DC  A   3  .  ?        1     2     ?  
114  6  1  A   4  DC  A   4  .  ?        1     2     ?  
115  6  1  A   5  DG  A   5  .  ?        ?     1     ?  
116  6  1  A   6  DT  A   6  .  ?        ?     1     ?  
117  6  1  A   7  DT  A   7  .  ?        ?     1     ?  
118  6  1  A   8  DT  A   8  .  ?        ?     ?     ?  
119  6  1  A   9  DC  A   9  .  ?        1     3     ?  
120  6  1  A  10  DC  A  10  .  ?        1     3     1  
121  6  1  A  11  DA  A  11  .  ?        ?     ?     1  
122  6  1  B   1  DT  B   1  .  ?        ?     1     ?  
123  6  1  B   2  DC  B   2  .  ?        ?     1     ?  
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154  154  12  23  1.83  33  1.34  molprobity  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_intra_plane_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_intra_plane_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_intra_plane_outliers.type
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_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.link
  1    2  C2     N3     C4     122.712  119.900  0.500   5.62  ?     
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  8    5  "O4'"  "C1'"  N9     101.887  108.000  0.700  -8.73  ?     
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 39   34  "O4'"  "C4'"  "C3'"  109.108  106.000  0.600   5.18  ?     
 40   36  N1     C2     O2     121.940  118.900  0.600   5.07  ?     
 41   38  "O4'"  "C1'"  N9     102.101  108.000  0.700  -8.43  ?     
 42   39  C6     C5     C7     119.405  122.900  0.600  -5.83  ?     
 43   40  C6     C5     C7     119.467  122.900  0.600  -5.72  ?     
 44   45  "O4'"  "C4'"  "C3'"  109.065  106.000  0.600   5.11  ?     
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 46   46  N1     C2     O2     123.260  118.900  0.600   7.27  ?     
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 48   47  C2     N3     C4     122.636  119.900  0.500   5.47  ?     
 49   47  N1     C2     O2     123.506  118.900  0.600   7.68  ?     
 50   48  C2     N3     C4     122.770  119.900  0.500   5.74  ?     
 51   48  N1     C2     O2     123.371  118.900  0.600   7.45  ?     
 52   49  "O4'"  "C1'"  N9     101.863  108.000  0.700  -8.77  ?     
 53   50  C6     C5     C7     119.370  122.900  0.600  -5.88  ?     
 54   51  C6     C5     C7     119.720  122.900  0.600  -5.30  ?     
 55   53  C2     N3     C4     122.615  119.900  0.500   5.43  ?     
 56   53  N1     C2     O2     123.416  118.900  0.600   7.53  ?     
 57   53  N3     C4     C5     119.788  121.900  0.400  -5.28  ?     
 58   54  C2     N3     C4     122.637  119.900  0.500   5.47  ?     
 59   54  N1     C2     O2     123.369  118.900  0.600   7.45  ?     
 60   54  N3     C4     C5     119.792  121.900  0.400  -5.27  ?     
 61   56  "O4'"  "C4'"  "C3'"  109.130  106.000  0.600   5.22  ?     
 62   60  "O4'"  "C1'"  N9     101.689  108.000  0.700  -9.02  ?     
 63   61  C6     C5     C7     118.762  122.900  0.600  -6.90  ?     
 64   62  C6     C5     C7     119.760  122.900  0.600  -5.23  ?     
 65   67  "O4'"  "C4'"  "C3'"  109.159  106.000  0.600   5.26  ?     
 66   68  C2     N3     C4     122.713  119.900  0.500   5.63  ?     
 67   68  N1     C2     O2     123.388  118.900  0.600   7.48  ?     
 68   68  N3     C4     C5     119.741  121.900  0.400  -5.40  ?     
 69   69  C2     N3     C4     122.699  119.900  0.500   5.60  ?     
 70   69  N1     C2     O2     123.453  118.900  0.600   7.59  ?     
 71   70  C2     N3     C4     122.799  119.900  0.500   5.80  ?     
 72   70  N1     C2     O2     123.402  118.900  0.600   7.50  ?     
 73   70  N3     C4     C5     119.898  121.900  0.400  -5.00  ?     
 74   71  "O4'"  "C1'"  N9     101.843  108.000  0.700  -8.80  ?     
 75   72  C6     C5     C7     119.366  122.900  0.600  -5.89  ?     
 76   73  C6     C5     C7     119.603  122.900  0.600  -5.50  ?     
 77   75  C2     N3     C4     122.579  119.900  0.500   5.36  ?     
 78   75  N1     C2     O2     123.454  118.900  0.600   7.59  ?     
 79   75  N3     C4     C5     119.798  121.900  0.400  -5.25  ?     
 80   76  C2     N3     C4     122.605  119.900  0.500   5.41  ?     
 81   76  N1     C2     O2     123.372  118.900  0.600   7.45  ?     
 82   76  N3     C4     C5     119.811  121.900  0.400  -5.22  ?     
 83   78  "O4'"  "C4'"  "C3'"  109.078  106.000  0.600   5.13  ?     
 84   82  "O4'"  "C1'"  N9     101.748  108.000  0.700  -8.93  ?     
 85   83  C6     C5     C7     118.744  122.900  0.600  -6.93  ?     
 86   84  C6     C5     C7     119.712  122.900  0.600  -5.31  ?     
 87   89  "O4'"  "C4'"  "C3'"  109.097  106.000  0.600   5.16  ?     
 88   90  C2     N3     C4     122.690  119.900  0.500   5.58  ?     
 89   90  N1     C2     O2     123.264  118.900  0.600   7.27  ?     
 90   90  N3     C4     C5     119.629  121.900  0.400  -5.68  ?     
 91   90  "O4'"  "C1'"  N1     111.622  108.000  0.700   5.17  ?     
 92   91  C2     N3     C4     122.686  119.900  0.500   5.57  ?     
 93   91  N1     C2     O2     123.529  118.900  0.600   7.71  ?     
 94   92  C2     N3     C4     122.849  119.900  0.500   5.90  ?     
 95   92  N1     C2     N3     115.679  119.200  0.700  -5.03  ?     
 96   92  N1     C2     O2     123.376  118.900  0.600   7.46  ?     
 97   93  "O4'"  "C1'"  N9     101.817  108.000  0.700  -8.83  ?     
 98   94  C6     C5     C7     119.378  122.900  0.600  -5.87  ?     
 99   95  C6     C5     C7     119.743  122.900  0.600  -5.26  ?     
100   97  C2     N3     C4     122.556  119.900  0.500   5.31  ?     
101   97  N1     C2     O2     123.400  118.900  0.600   7.50  ?     
102   97  N3     C4     C5     119.814  121.900  0.400  -5.21  ?     
103   98  C2     N3     C4     122.641  119.900  0.500   5.48  ?     
104   98  N1     C2     O2     123.482  118.900  0.600   7.64  ?     
105   98  N3     C4     C5     119.743  121.900  0.400  -5.39  ?     
106  100  "O4'"  "C4'"  "C3'"  109.131  106.000  0.600   5.22  ?     
107  104  "O4'"  "C1'"  N9     101.696  108.000  0.700  -9.01  ?     
108  105  C6     C5     C7     118.692  122.900  0.600  -7.01  ?     
109  106  C6     C5     C7     119.803  122.900  0.600  -5.16  ?     
110  111  P      "O3'"  "C3'"  125.934  119.700  1.200   5.20  Y     
111  112  C2     N3     C4     122.763  119.900  0.500   5.72  ?     
112  112  N1     C2     O2     123.422  118.900  0.600   7.54  ?     
113  112  N3     C4     C5     119.753  121.900  0.400  -5.37  ?     
114  112  "O4'"  "C1'"  N1     113.397  108.000  0.700   7.71  ?     
115  113  C2     N3     C4     122.686  119.900  0.500   5.57  ?     
116  113  N1     C2     O2     123.452  118.900  0.600   7.59  ?     
117  114  C2     N3     C4     122.812  119.900  0.500   5.82  ?     
118  114  N1     C2     O2     123.371  118.900  0.600   7.45  ?     
119  115  "O4'"  "C1'"  N9     101.913  108.000  0.700  -8.70  ?     
120  116  C6     C5     C7     119.336  122.900  0.600  -5.94  ?     
121  117  C6     C5     C7     119.745  122.900  0.600  -5.26  ?     
122  119  C2     N3     C4     122.646  119.900  0.500   5.49  ?     
123  119  N1     C2     O2     123.356  118.900  0.600   7.43  ?     
124  119  N3     C4     C5     119.735  121.900  0.400  -5.41  ?     
125  120  C2     N3     C4     122.599  119.900  0.500   5.40  ?     
126  120  N1     C2     O2     123.462  118.900  0.600   7.60  ?     
127  120  N3     C4     C5     119.776  121.900  0.400  -5.31  ?     
128  122  P      "O3'"  "C3'"  126.040  119.700  1.200   5.28  Y     
129  123  "O4'"  "C1'"  N1     113.280  108.000  0.700   7.54  ?     
130  126  "O4'"  "C1'"  N9     101.787  108.000  0.700  -8.88  ?     
131  127  C6     C5     C7     118.684  122.900  0.600  -7.03  ?     
132  128  C6     C5     C7     119.863  122.900  0.600  -5.06  ?     
133  134  C2     N3     C4     122.697  119.900  0.500   5.59  ?     
134  134  N1     C2     O2     123.279  118.900  0.600   7.30  ?     
135  134  N3     C4     C5     119.654  121.900  0.400  -5.62  ?     
136  135  C2     N3     C4     122.651  119.900  0.500   5.50  ?     
137  135  N1     C2     O2     123.497  118.900  0.600   7.66  ?     
138  136  C2     N3     C4     122.826  119.900  0.500   5.85  ?     
139  136  N1     C2     N3     115.678  119.200  0.700  -5.03  ?     
140  136  N1     C2     O2     123.503  118.900  0.600   7.67  ?     
141  137  "O4'"  "C1'"  N9     101.900  108.000  0.700  -8.71  ?     
142  138  C6     C5     C7     119.363  122.900  0.600  -5.89  ?     
143  139  C6     C5     C7     119.745  122.900  0.600  -5.26  ?     
144  141  P      "O3'"  "C3'"  125.953  119.700  1.200   5.21  Y     
145  141  C2     N3     C4     122.489  119.900  0.500   5.18  ?     
146  141  N1     C2     O2     123.377  118.900  0.600   7.46  ?     
147  141  N3     C4     C5     119.891  121.900  0.400  -5.02  ?     
148  142  C2     N3     C4     122.583  119.900  0.500   5.37  ?     
149  142  N1     C2     O2     123.348  118.900  0.600   7.41  ?     
150  142  N3     C4     C5     119.797  121.900  0.400  -5.26  ?     
151  144  "O4'"  "C4'"  "C3'"  109.087  106.000  0.600   5.14  ?     
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153  149  C6     C5     C7     118.808  122.900  0.600  -6.82  ?     
154  150  C6     C5     C7     119.705  122.900  0.600  -5.32  ?     
#
loop_
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_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  N  
##
