data_1BYS

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  1BYS
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    1BYS
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         1998-10-19
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         4
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2023-12-27
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2023-12-20:13:49
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,mogul,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "PROTEIN (ENDONUCLEASE)"  
2  non-polymer  TUNGSTATE(VI)ION  
3  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  x-ray  
2  2.0  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1    9.43  141614     ?     ?  
2  2  1    4.71    9178  2.00  2.00  
3  1  2  100.00  138981     ?     ?  
4  2  2  100.00    9054  2.00  2.00  
5  1  3   39.70  138945     ?     ?  
6  2  3   39.52    9053  2.00  2.00  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  100.00  
2  4  2  A  1  1  A  100.00  
3  5  3  A  1  1  A   39.70  
4  6  3  A  1  1  A   39.52  
#
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num    1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id        1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id    A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id     A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ      0.75
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ       0.48
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ   1203
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ  1630
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       3.12
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     19.50
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   1175
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 1203
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.48
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                1630
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    0.75
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method           x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal              1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high  2.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low   8.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                0.20
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree            0.27
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
  1  1  1  A    2  GLU  A    2  .  ?        ?     1  
  2  1  1  A    3  PRO  A    3  .  ?        ?     1  
  3  1  1  A    4  SER  A    4  .  ?        ?     ?  
  4  1  1  A    5  VAL  A    5  .  ?        ?     ?  
  5  1  1  A    6  GLN  A    6  .  ?        ?     ?  
  6  1  1  A    7  VAL  A    7  .  ?        ?     ?  
  7  1  1  A    8  GLY  A    8  .  ?        ?     ?  
  8  1  1  A    9  TYR  A    9  .  ?        ?     ?  
  9  1  1  A   10  SER  A   10  .  ?        ?     ?  
 10  1  1  A   11  PRO  A   11  .  ?        ?     ?  
 11  1  1  A   12  GLU  A   12  .  ?        ?     ?  
 12  1  1  A   13  GLY  A   13  .  ?        ?     ?  
 13  1  1  A   14  SER  A   14  .  ?        ?     ?  
 14  1  1  A   15  ALA  A   15  .  ?        ?     ?  
 15  1  1  A   16  ARG  A   16  .  ?        ?     2  
 16  1  1  A   17  VAL  A   17  .  ?        ?     1  
 17  1  1  A   18  LEU  A   18  .  ?        ?     ?  
 18  1  1  A   19  VAL  A   19  .  ?        ?     ?  
 19  1  1  A   20  LEU  A   20  .  ?        ?     ?  
 20  1  1  A   21  SER  A   21  .  ?        ?     ?  
 21  1  1  A   22  ALA  A   22  .  ?        ?     ?  
 22  1  1  A   23  ILE  A   23  .  ?        ?     ?  
 23  1  1  A   24  ASP  A   24  .  ?        ?     ?  
 24  1  1  A   25  SER  A   25  .  ?        ?     ?  
 25  1  1  A   26  ALA  A   26  .  ?        ?     ?  
 26  1  1  A   27  LYS  A   27  .  ?        ?     1  
 27  1  1  A   28  THR  A   28  .  ?        ?     ?  
 28  1  1  A   29  SER  A   29  .  ?        ?     ?  
 29  1  1  A   30  ILE  A   30  .  ?        ?     ?  
 30  1  1  A   31  ARG  A   31  .  ?        ?     ?  
 31  1  1  A   32  MET  A   32  .  ?        ?     ?  
 32  1  1  A   33  MET  A   33  .  ?        ?     ?  
 33  1  1  A   34  ALA  A   34  .  ?        ?     ?  
 34  1  1  A   35  TYR  A   35  .  ?        ?     ?  
 35  1  1  A   36  SER  A   36  .  ?        ?     ?  
 36  1  1  A   37  PHE  A   37  .  ?        ?     1  
 37  1  1  A   38  THR  A   38  .  ?        ?     ?  
 38  1  1  A   39  ALA  A   39  .  ?        ?     ?  
 39  1  1  A   40  PRO  A   40  .  ?        ?     3  
 40  1  1  A   41  ASP  A   41  .  ?        ?     3  
 41  1  1  A   42  ILE  A   42  .  ?        ?     ?  
 42  1  1  A   43  MET  A   43  .  ?        ?     1  
 43  1  1  A   44  LYS  A   44  .  ?        ?     ?  
 44  1  1  A   45  ALA  A   45  .  ?        ?     ?  
 45  1  1  A   46  LEU  A   46  .  ?        ?     ?  
 46  1  1  A   47  VAL  A   47  .  ?        ?     2  
 47  1  1  A   48  ALA  A   48  .  ?        ?     ?  
 48  1  1  A   49  ALA  A   49  .  ?        ?     ?  
 49  1  1  A   50  LYS  A   50  .  ?        ?     ?  
 50  1  1  A   51  LYS  A   51  .  ?        ?     1  
 51  1  1  A   52  ARG  A   52  .  ?        ?     ?  
 52  1  1  A   53  GLY  A   53  .  ?        ?     ?  
 53  1  1  A   54  VAL  A   54  .  ?        ?     ?  
 54  1  1  A   55  ASP  A   55  .  ?        ?     ?  
 55  1  1  A   56  VAL  A   56  .  ?        ?     1  
 56  1  1  A   57  LYS  A   57  .  ?        ?     ?  
 57  1  1  A   58  ILE  A   58  .  ?        ?     ?  
 58  1  1  A   59  VAL  A   59  .  ?        ?     3  
 59  1  1  A   60  ILE  A   60  .  ?        ?     ?  
 60  1  1  A   61  ASP  A   61  .  ?        ?     ?  
 61  1  1  A   62  GLU  A   62  .  ?        ?     1  
 62  1  1  A   63  ARG  A   63  .  ?        ?     1  
 63  1  1  A   64  GLY  A   64  .  ?        ?     ?  
 64  1  1  A   65  ASN  A   65  .  ?        ?     ?  
 65  1  1  A   66  THR  A   66  .  ?        ?     ?  
 66  1  1  A   67  GLY  A   67  .  ?        ?     ?  
 67  1  1  A   68  ARG  A   68  .  ?        ?     ?  
 68  1  1  A   69  ALA  A   69  .  ?        ?     ?  
 69  1  1  A   70  SER  A   70  .  ?        ?     ?  
 70  1  1  A   71  ILE  A   71  .  ?        ?     ?  
 71  1  1  A   72  ALA  A   72  .  ?        ?     ?  
 72  1  1  A   73  ALA  A   73  .  ?        ?     ?  
 73  1  1  A   74  MET  A   74  .  ?        ?     ?  
 74  1  1  A   75  ASN  A   75  .  ?        ?     ?  
 75  1  1  A   76  TYR  A   76  .  ?        ?     1  
 76  1  1  A   77  ILE  A   77  .  ?        ?     ?  
 77  1  1  A   78  ALA  A   78  .  ?        ?     ?  
 78  1  1  A   79  ASN  A   79  .  ?        ?     ?  
 79  1  1  A   80  SER  A   80  .  ?        ?     ?  
 80  1  1  A   81  GLY  A   81  .  ?        ?     ?  
 81  1  1  A   82  ILE  A   82  .  ?        ?     ?  
 82  1  1  A   83  PRO  A   83  .  ?        ?     1  
 83  1  1  A   84  LEU  A   84  .  ?        ?     6  
 84  1  1  A   85  ARG  A   85  .  ?        ?     1  
 85  1  1  A   86  THR  A   86  .  ?        ?     1  
 86  1  1  A   87  ASP  A   87  .  ?        ?     ?  
 87  1  1  A   88  SER  A   88  .  ?        ?     ?  
 88  1  1  A   89  ASN  A   89  .  ?        ?     2  
 89  1  1  A   90  PHE  A   90  .  ?        ?     1  
 90  1  1  A   91  PRO  A   91  .  ?        ?     1  
 91  1  1  A   92  ILE  A   92  .  ?        ?     ?  
 92  1  1  A   93  GLN  A   93  .  ?        1     ?  
 93  1  1  A   94  HIS  A   94  .  ?        ?     ?  
 94  1  1  A   95  ASP  A   95  .  ?        ?     ?  
 95  1  1  A   96  LYS  A   96  .  ?        ?     ?  
 96  1  1  A   97  VAL  A   97  .  ?        ?     ?  
 97  1  1  A   98  ILE  A   98  .  ?        ?     ?  
 98  1  1  A   99  ILE  A   99  .  ?        ?     ?  
 99  1  1  A  100  VAL  A  100  .  ?        ?     ?  
100  1  1  A  101  ASP  A  101  .  ?        ?     ?  
101  1  1  A  102  ASN  A  102  .  ?        ?     ?  
102  1  1  A  103  VAL  A  103  .  ?        ?     ?  
103  1  1  A  104  THR  A  104  .  ?        ?     ?  
104  1  1  A  105  VAL  A  105  .  ?        ?     ?  
105  1  1  A  106  GLU  A  106  .  ?        ?     ?  
106  1  1  A  107  THR  A  107  .  ?        ?     ?  
107  1  1  A  108  GLY  A  108  .  ?        ?     ?  
108  1  1  A  109  SER  A  109  .  ?        ?     ?  
109  1  1  A  110  PHE  A  110  .  ?        ?     ?  
110  1  1  A  111  ASN  A  111  .  ?        ?     ?  
111  1  1  A  112  PHE  A  112  .  ?        ?     1  
112  1  1  A  113  THR  A  113  .  ?        ?     ?  
113  1  1  A  114  LYS  A  114  .  ?        ?     5  
114  1  1  A  115  ALA  A  115  .  ?        ?     1  
115  1  1  A  116  ALA  A  116  .  ?        ?     ?  
116  1  1  A  117  GLU  A  117  .  ?        ?     1  
117  1  1  A  118  THR  A  118  .  ?        ?     ?  
118  1  1  A  119  LYS  A  119  .  ?        ?     1  
119  1  1  A  120  ASN  A  120  .  ?        ?     ?  
120  1  1  A  121  SER  A  121  .  ?        ?     ?  
121  1  1  A  122  GLU  A  122  .  ?        ?     ?  
122  1  1  A  123  ASN  A  123  .  ?        ?     ?  
123  1  1  A  124  ALA  A  124  .  ?        ?     ?  
124  1  1  A  125  VAL  A  125  .  ?        ?     ?  
125  1  1  A  126  VAL  A  126  .  ?        ?     ?  
126  1  1  A  127  ILE  A  127  .  ?        ?     2  
127  1  1  A  128  TRP  A  128  .  ?        ?     ?  
128  1  1  A  129  ASN  A  129  .  ?        ?     ?  
129  1  1  A  130  MET  A  130  .  ?        ?     4  
130  1  1  A  131  PRO  A  131  .  ?        ?     ?  
131  1  1  A  132  LYS  A  132  .  ?        ?     6  
132  1  1  A  133  LEU  A  133  .  ?        ?     ?  
133  1  1  A  134  ALA  A  134  .  ?        ?     ?  
134  1  1  A  135  GLU  A  135  .  ?        ?     1  
135  1  1  A  136  SER  A  136  .  ?        ?     ?  
136  1  1  A  137  PHE  A  137  .  ?        ?     1  
137  1  1  A  138  LEU  A  138  .  ?        ?     ?  
138  1  1  A  139  GLU  A  139  .  ?        ?     1  
139  1  1  A  140  HIS  A  140  .  ?        ?     1  
140  1  1  A  141  TRP  A  141  .  ?        ?     ?  
141  1  1  A  142  GLN  A  142  .  ?        ?     ?  
142  1  1  A  143  ASP  A  143  .  ?        ?     ?  
143  1  1  A  144  ARG  A  144  .  ?        ?     ?  
144  1  1  A  145  TRP  A  145  .  ?        ?     3  
145  1  1  A  146  ASN  A  146  .  ?        ?     ?  
146  1  1  A  147  GLN  A  147  .  ?        ?     2  
147  1  1  A  148  GLY  A  148  .  ?        ?     ?  
148  1  1  A  149  ARG  A  149  .  ?        ?     ?  
149  1  1  A  150  ASP  A  150  .  ?        ?     1  
150  1  1  A  151  TYR  A  151  .  ?        ?     ?  
151  1  1  A  152  ARG  A  152  .  ?        ?     8  
152  1  1  A  153  SER  A  153  .  ?        ?     ?  
153  1  2  B    .  WO4  A  156  .  ?        ?     2  
154  1  3  C    .  HOH  A  157  .  ?        ?     ?  
155  1  3  C    .  HOH  A  158  .  ?        ?     ?  
156  1  3  C    .  HOH  A  159  .  ?        ?     ?  
157  1  3  C    .  HOH  A  160  .  ?        ?     ?  
158  1  3  C    .  HOH  A  161  .  ?        ?     ?  
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162  1  3  C    .  HOH  A  165  .  ?        ?     ?  
163  1  3  C    .  HOH  A  166  .  ?        ?     ?  
164  1  3  C    .  HOH  A  167  .  ?        ?     ?  
165  1  3  C    .  HOH  A  168  .  ?        ?     ?  
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167  1  3  C    .  HOH  A  170  .  ?        ?     ?  
168  1  3  C    .  HOH  A  171  .  ?        ?     ?  
169  1  3  C    .  HOH  A  172  .  ?        ?     ?  
170  1  3  C    .  HOH  A  173  .  ?        ?     ?  
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183  1  3  C    .  HOH  A  186  .  ?        ?     ?  
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197  1  3  C    .  HOH  A  200  .  ?        ?     ?  
198  1  3  C    .  HOH  A  201  .  ?        ?     ?  
199  1  3  C    .  HOH  A  202  .  ?        ?     ?  
200  1  3  C    .  HOH  A  203  .  ?        ?     ?  
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204  1  3  C    .  HOH  A  207  .  ?        ?     ?  
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230  1  3  C    .  HOH  A  233  .  ?        ?     ?  
231  1  3  C    .  HOH  A  234  .  ?        ?     ?  
232  1  3  C    .  HOH  A  235  .  ?        ?     ?  
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235  1  3  C    .  HOH  A  238  .  ?        ?     ?  
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243  1  3  C    .  HOH  A  246  .  ?        ?     ?  
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245  1  3  C    .  HOH  A  248  .  ?        ?     ?  
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254  1  3  C    .  HOH  A  257  .  ?        ?     ?  
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258  1  3  C    .  HOH  A  261  .  ?        ?     2  
259  1  3  C    .  HOH  A  262  .  ?        ?     ?  
260  1  3  C    .  HOH  A  263  .  ?        ?     ?  
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264  1  3  C    .  HOH  A  267  .  ?        ?     ?  
265  1  3  C    .  HOH  A  268  .  ?        ?     ?  
266  1  3  C    .  HOH  A  269  .  ?        ?     ?  
267  1  3  C    .  HOH  A  270  .  ?        ?     ?  
268  1  3  C    .  HOH  A  271  .  ?        ?     ?  
269  1  3  C    .  HOH  A  272  .  ?        ?     ?  
270  1  3  C    .  HOH  A  273  .  ?        ?     ?  
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272  1  3  C    .  HOH  A  275  .  ?        ?     ?  
273  1  3  C    .  HOH  A  276  .  ?        ?     1  
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277  1  3  C    .  HOH  A  280  .  ?        ?     ?  
278  1  3  C    .  HOH  A  281  .  ?        ?     ?  
279  1  3  C    .  HOH  A  282  .  ?        ?     ?  
280  1  3  C    .  HOH  A  283  .  ?        ?     ?  
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283  1  3  C    .  HOH  A  286  .  ?        ?     ?  
284  1  3  C    .  HOH  A  287  .  ?        ?     ?  
285  1  3  C    .  HOH  A  288  .  ?        ?     ?  
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288  1  3  C    .  HOH  A  291  .  ?        ?     ?  
289  1  3  C    .  HOH  A  292  .  ?        ?     ?  
290  1  3  C    .  HOH  A  293  .  ?        ?     ?  
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292  1  3  C    .  HOH  A  295  .  ?        ?     ?  
293  1  3  C    .  HOH  A  296  .  ?        ?     ?  
294  1  3  C    .  HOH  A  297  .  ?        ?     ?  
295  1  3  C    .  HOH  A  298  .  ?        ?     ?  
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3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
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