data_7BRN

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  7BRN
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    7BRN
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2020-03-29
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         3
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2023-11-29
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2023-11-19:11:11
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,xtriage,eds,mogul,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "Autophagy-related protein 40,Autophagy-related protein 8"  
2  non-polymer  L-EPINEPHRINE  
3  non-polymer  1,2-ETHANEDIOL  
4  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
D  3  
E  4  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all    x-ray  
2  2.231  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
4  RSRZ_outliers_percent         
5  R_value_R_free                
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
 1  1  1   22.35  141614     ?     ?  
 2  2  1   18.79    2539  2.22  2.26  
 3  1  2  100.00  138981     ?     ?  
 4  2  2  100.00    2489  2.22  2.26  
 5  1  3  100.00  138945     ?     ?  
 6  2  3  100.00    2490  2.22  2.26  
 7  1  4   40.11  127900     ?     ?  
 8  2  4   40.16    2353  2.22  2.26  
 9  1  5   68.17  130704     ?     ?  
10  2  5   83.47    2391  2.22  2.26  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  100.00  
2  4  2  A  1  1  A  100.00  
3  5  3  A  1  1  A  100.00  
4  6  3  A  1  1  A  100.00  
5  7  4  A  1  1  A   40.11  
6  8  4  A  1  1  A   40.16  
#
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num    1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id        1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id    A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id     A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ      0.58
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ       0.42
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ   1103
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ  1494
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     11.55
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   1068
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 1103
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.42
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                1494
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    0.58
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method                x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal                   1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_b                 88.337
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_b            44.910
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_estimate         35.767
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.I_over_sigma              2.03(2.22A)
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.num_miller_indices        9256
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_k                 0.581
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_k            0.349
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L_mean     0.494
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L2_mean    0.328
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Fo_Fc_correlation         0.948
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.twin_fraction             -h,-k,l:0.029
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_R                     0.20
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_Rfree                 0.22
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_R                     0.21
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_high              2.23
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_low               42.81
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_aniso            "[50.029,50.029,21.838,-0.000,0.000,0.000]"
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_anisotropy           0.694
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.trans_NCS_details         "The largest off-origin peak in the Patterson function is 7.46% of the height of the origin peak. No significant pseudotranslation is detected."
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.B_factor_type             FULL
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.acentric_outliers         1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.centric_outliers          1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_completeness         99.89
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.number_reflns_R_free      463
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_free_reflections  5.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_RSRZ_outliers     3.76
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high       2.23
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low        42.81
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                     0.20
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree                 0.22
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
  1  1  1  A    1  GLY  A    1  .  ?        1     ?     ?     ?  
  2  1  1  A    2  PRO  A    2  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  3  1  1  A    3  GLU  A    3  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  4  1  1  A    4  PHE  A    4  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  5  1  1  A    5  PRO  A    5  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  6  1  1  A    6  ASN  A    6  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  7  1  1  A    7  ASP  A    7  .  ?        2     ?     ?     ?  
  8  1  1  A    8  TYR  A    8  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  9  1  1  A    9  ASP  A    9  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 10  1  1  A   10  PHE  A   10  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 11  1  1  A   11  MET  A   11  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 12  1  1  A   12  GLU  A   12  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 13  1  1  A   13  ASP  A   13  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 14  1  1  A   14  ILE  A   14  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 15  1  1  A   15  LEU  A   15  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 16  1  1  A   16  ASP  A   16  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 17  1  1  A   17  GLU  A   17  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 18  1  1  A   18  THR  A   18  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 19  1  1  A   19  MET  A   19  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 20  1  1  A   20  LYS  A   20  .  ?        1     ?     ?     ?  
 21  1  1  A   21  SER  A   21  .  ?        1     ?     ?     ?  
 22  1  1  A   22  THR  A   22  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 23  1  1  A   23  PHE  A   23  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 24  1  1  A   24  LYS  A   24  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 25  1  1  A   25  SER  A   25  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 26  1  1  A   26  GLU  A   26  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 27  1  1  A   27  TYR  A   27  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 28  1  1  A   28  PRO  A   28  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 29  1  1  A   29  PHE  A   29  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 30  1  1  A   30  GLU  A   30  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 31  1  1  A   31  LYS  A   31  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 32  1  1  A   32  ARG  A   32  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 33  1  1  A   33  LYS  A   33  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 34  1  1  A   34  ALA  A   34  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 35  1  1  A   35  GLU  A   35  .  ?        1     ?     ?     ?  
 36  1  1  A   36  SER  A   36  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 37  1  1  A   37  GLU  A   37  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 38  1  1  A   38  ARG  A   38  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 39  1  1  A   39  ILE  A   39  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 40  1  1  A   40  ALA  A   40  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 41  1  1  A   41  ASP  A   41  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 42  1  1  A   42  ARG  A   42  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 43  1  1  A   43  PHE  A   43  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 44  1  1  A   44  PRO  A   44  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 45  1  1  A   45  ASN  A   45  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 46  1  1  A   46  ARG  A   46  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 47  1  1  A   47  ILE  A   47  .  ?        2     ?     ?     ?  
 48  1  1  A   48  PRO  A   48  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 49  1  1  A   49  VAL  A   49  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 50  1  1  A   50  ILE  A   50  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 51  1  1  A   51  CYS  A   51  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 52  1  1  A   52  GLU  A   52  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 53  1  1  A   53  LYS  A   53  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 54  1  1  A   54  ALA  A   54  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 55  1  1  A   55  GLU  A   55  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 56  1  1  A   56  LYS  A   56  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 57  1  1  A   57  SER  A   57  .  ?        2     ?     ?     ?  
 58  1  1  A   58  ASP  A   58  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 59  1  1  A   59  ILE  A   59  .  ?        3     ?     ?     ?  
 60  1  1  A   60  PRO  A   60  .  ?        3     ?     ?     ?  
 61  1  1  A   61  GLU  A   61  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 62  1  1  A   62  ILE  A   62  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 63  1  1  A   63  ASP  A   63  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 64  1  1  A   64  LYS  A   64  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 65  1  1  A   65  ARG  A   65  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 66  1  1  A   66  LYS  A   66  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 67  1  1  A   67  TYR  A   67  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 68  1  1  A   68  LEU  A   68  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 69  1  1  A   69  VAL  A   69  .  ?        1     ?     ?     ?  
 70  1  1  A   70  PRO  A   70  .  ?        1     ?     ?     ?  
 71  1  1  A   71  ALA  A   71  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 72  1  1  A   72  ASP  A   72  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 73  1  1  A   73  LEU  A   73  .  ?        2     ?     ?     ?  
 74  1  1  A   74  THR  A   74  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 75  1  1  A   75  VAL  A   75  .  ?        2     ?     ?     ?  
 76  1  1  A   76  GLY  A   76  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 77  1  1  A   77  GLN  A   77  .  ?        2     ?     ?     ?  
 78  1  1  A   78  PHE  A   78  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 79  1  1  A   79  VAL  A   79  .  ?        1     ?     ?     ?  
 80  1  1  A   80  TYR  A   80  .  ?        ?     ?     ?     ?  
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44  134  H92C  25  0.50  1.73  
45  134  C9    24  0.59  2.50  
46  134  H3    25  0.50  1.73  
47  135  H21   18  0.48  1.95  
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49  136  H12    4  0.51  2.11  
50  144  O      1  0.42  2.20  
#
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.ordinal      1
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#
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1  134  O3  C7  C1  102.32  111.15  558  2.31  -3.82  0.70  
2  134  C8  C7  C1  125.98  111.01   45  2.16   6.92  8.28  
#
loop_
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_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.mindiff
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.local_density
1  134  C2  C1  C7  C8  169.83   80.30  510  25.13  4.17  1.76  
2  134  C6  C1  C7  C8  -13.21   76.78  510  24.83  3.84  1.37  
3  134  C7  C8  N1  C9  -31.31  113.49   48  47.32  5.58  2.08  
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance_density.ordinal
_pdbx_vrpt_model_instance_density.instance_id
_pdbx_vrpt_model_instance_density.natoms_eds
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_pdbx_vrpt_model_instance_density.RSRZ
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6  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
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