data_1BK9

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  1BK9
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    1BK9
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         1998-07-16
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         5
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2023-08-02
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2023-07-26:08:15
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "PHOSPHOLIPASE A2"  
2  non-polymer  "CALCIUM ION"  
3  non-polymer  "p-Bromophenacyl bromide"  
4  non-polymer  1,4-BUTANEDIOL  
5  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
D  4  
E  5  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  x-ray  
2  2.0  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1   91.54  141614     ?     ?  
2  2  1   92.89    9178  2.00  2.00  
3  1  2  100.00  138981     ?     ?  
4  2  2  100.00    9054  2.00  2.00  
5  1  3   15.93  138945     ?     ?  
6  2  3   11.38    9053  2.00  2.00  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  100.00  
2  4  2  A  1  1  A  100.00  
3  5  3  A  1  1  A   15.93  
4  6  3  A  1  1  A   11.38  
#
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num    1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id        1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id    A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id     A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ      1.51
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ       0.78
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ   994
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ  1337
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       6.67
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     1.59
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   898
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 994
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.78
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                1337
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    1.51
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method           x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal              1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high  2.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low   6.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                0.15
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree            0.23
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
  1  1  1  A    1  SER  A    1  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  2  1  1  A    2  LEU  A    2  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  3  1  1  A    3  ILE  A    3  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  4  1  1  A    4  GLN  A    4  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  5  1  1  A    5  PHE  A    5  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  6  1  1  A    6  GLU  A    6  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  7  1  1  A    7  THR  A    7  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  8  1  1  A    8  LEU  A    8  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  9  1  1  A    9  ILE  A    9  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 10  1  1  A   10  MET  A   10  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 11  1  1  A   11  LYS  A   11  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 12  1  1  A   12  VAL  A   12  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 13  1  1  A   13  ALA  A   13  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 14  1  1  A   14  LYS  A   14  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 15  1  1  A   15  LYS  A   16  .  ?        ?     1     ?     ?  
 16  1  1  A   16  SER  A   17  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 17  1  1  A   17  GLY  A   18  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 18  1  1  A   18  MET  A   19  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 19  1  1  A   19  PHE  A   20  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 20  1  1  A   20  TRP  A   21  .  ?        2     ?     ?     ?  
 21  1  1  A   21  TYR  A   22  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 22  1  1  A   22  SER  A   23  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 23  1  1  A   23  ASN  A   24  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 24  1  1  A   24  TYR  A   25  .  ?        ?     1     ?     ?  
 25  1  1  A   25  GLY  A   26  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 26  1  1  A   26  CYS  A   27  .  ?        ?     1     ?     ?  
 27  1  1  A   27  TYR  A   28  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 28  1  1  A   28  CYS  A   29  .  ?        ?     1     ?     ?  
 29  1  1  A   29  GLY  A   30  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 30  1  1  A   30  TRP  A   31  .  ?        3     ?     ?     ?  
 31  1  1  A   31  GLY  A   32  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 32  1  1  A   32  GLY  A   33  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 33  1  1  A   33  GLN  A   34  .  ?        1     1     ?     ?  
 34  1  1  A   34  GLY  A   35  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 35  1  1  A   35  ARG  A   36  .  ?        2     ?     ?     ?  
 36  1  1  A   36  PRO  A   37  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 37  1  1  A   37  GLN  A   38  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 38  1  1  A   38  ASP  A   39  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 39  1  1  A   39  ALA  A   40  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 40  1  1  A   40  THR  A   41  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 41  1  1  A   41  ASP  A   42  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 42  1  1  A   42  ARG  A   43  .  ?        2     ?     ?     ?  
 43  1  1  A   43  CYS  A   44  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 44  1  1  A   44  CYS  A   45  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 45  1  1  A   45  PHE  A   46  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 46  1  1  A   46  VAL  A   47  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 47  1  1  A   47  HIS  A   48  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 48  1  1  A   48  ASP  A   49  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 49  1  1  A   49  CYS  A   50  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 50  1  1  A   50  CYS  A   51  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 51  1  1  A   51  TYR  A   52  .  ?        1     ?     ?     ?  
 52  1  1  A   52  GLY  A   53  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 53  1  1  A   53  LYS  A   54  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 54  1  1  A   54  VAL  A   55  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 55  1  1  A   55  THR  A   56  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 56  1  1  A   56  GLY  A   59  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 57  1  1  A   57  CYS  A   61  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 58  1  1  A   58  ASP  A   67  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 59  1  1  A   59  PRO  A   68  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 60  1  1  A   60  LYS  A   69  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 61  1  1  A   61  MET  A   70  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 62  1  1  A   62  ASP  A   71  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 63  1  1  A   63  VAL  A   72  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 64  1  1  A   64  TYR  A   73  .  ?        1     ?     ?     ?  
 65  1  1  A   65  SER  A   74  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 66  1  1  A   66  PHE  A   75  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 67  1  1  A   67  SER  A   76  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 68  1  1  A   68  GLU  A   77  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 69  1  1  A   69  GLU  A   78  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 70  1  1  A   70  ASN  A   79  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 71  1  1  A   71  GLY  A   80  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 72  1  1  A   72  ASP  A   81  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 73  1  1  A   73  ILE  A   82  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 74  1  1  A   74  VAL  A   83  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 75  1  1  A   75  CYS  A   84  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 76  1  1  A   76  GLY  A   85  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 77  1  1  A   77  GLY  A   86  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 78  1  1  A   78  ASP  A   88  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 79  1  1  A   79  ASP  A   89  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 80  1  1  A   80  PRO  A   90  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 81  1  1  A   81  CYS  A   91  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 82  1  1  A   82  LYS  A   92  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 83  1  1  A   83  LYS  A   93  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 84  1  1  A   84  GLU  A   94  .  ?        1     ?     ?     ?  
 85  1  1  A   85  ILE  A   95  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 86  1  1  A   86  CYS  A   96  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 87  1  1  A   87  GLU  A   97  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 88  1  1  A   88  CYS  A   98  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 89  1  1  A   89  ASP  A   99  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 90  1  1  A   90  ARG  A  100  .  ?        1     ?     ?     ?  
 91  1  1  A   91  ALA  A  101  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 92  1  1  A   92  ALA  A  102  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 93  1  1  A   93  ALA  A  103  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 94  1  1  A   94  ILE  A  104  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 95  1  1  A   95  CYS  A  105  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 96  1  1  A   96  PHE  A  106  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 97  1  1  A   97  ARG  A  107  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 98  1  1  A   98  ASP  A  108  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 99  1  1  A   99  ASN  A  109  .  ?        ?     ?     ?     ?  
100  1  1  A  100  LEU  A  110  .  ?        ?     ?     ?     ?  
101  1  1  A  101  THR  A  111  .  ?        ?     ?     ?     ?  
102  1  1  A  102  LEU  A  112  .  ?        ?     ?     ?     ?  
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 22   22  p         -96.4   -12.5  Favored     ?   5   6  0.99   8  0.79  molprobity  
 23   23  t30      -155.7    54.1  Allowed     ?   6   8  0.26  11  0.82  molprobity  
 24   24  t80      -113.2   124.9  Favored     ?   9  13  0.95  18  1.72  molprobity  
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 26   26  m         -80.0   -26.6  Favored     ?   4   6  0.35   8  0.90  molprobity  
 27   27  m-85     -121.5   -21.3  Favored     ?   9  13  0.61  18  1.93  molprobity  
 28   28  m         -80.7    88.2  Favored     ?   4   6  0.33   8  1.27  molprobity  
 29   29  ?         161.7  -174.5  Favored     ?   3   4  0.70   5  1.54  molprobity  
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 33   33  OUTLIER  -151.4   171.8  Favored     ?   8   9  0.48  12  2.81  molprobity  
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 37   37  mm-40     -80.7   -27.8  Favored     ?   8   9  0.40  12  1.18  molprobity  
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 70   70  m-80       47.2    29.7  Allowed     1   6   8  0.67  11  1.09  molprobity  
 71   71  ?          77.0    24.6  Favored     ?   3   4  0.47   5  0.78  molprobity  
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 73   73  mm        -89.1   125.0  Favored     ?  11   8  0.47  11  1.26  molprobity  
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101  101  p         -53.7   -33.1  Favored     ?   7   7  0.69  10  1.02  molprobity  
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105  105  p-10      -64.9   -24.2  Favored     ?   4   8  0.51  11  1.23  molprobity  
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109  109  t-105     -68.8   138.9  Favored     ?  10  16  1.46  23  2.86  molprobity  
110  110  ?          46.3    56.1  Favored     ?   5   5  0.63   7  1.13  molprobity  
111  111  t80       -60.9   -33.2  Favored     ?   9  12  0.50  16  1.02  molprobity  
112  112  ?          95.8   140.6  Favored     ?   3   4  0.36   5  0.88  molprobity  
113  113  ?         -61.1   -36.4  Favored     ?   5   5  0.50   7  1.76  molprobity  
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124  124  m             ?       ?  ?           ?   4   6  0.32   5  1.46  molprobity  
125  126  ?             ?       ?  ?           ?   5  10  1.75  13  1.23  mogul       
126  127  ?             ?       ?  ?           ?  10   5  0.18   4  0.74  mogul       
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_clashes.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_clashes.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_clashes.label_atom_id
_pdbx_vrpt_instance_clashes.cid
_pdbx_vrpt_instance_clashes.clashmag
_pdbx_vrpt_instance_clashes.dist
1   15  HD3  1  0.48  2.12  
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6  171  O    1  0.48  2.12  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.atom_1
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_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.mean
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_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.Z
 1   20  CD1  CG   CD2  112.615  106.300  0.800   7.89  
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 9   42  NE   CZ   NH1  122.831  120.300  0.500   5.06  
10   42  NE   CZ   NH2  117.237  120.300  0.500  -6.13  
11   51  CB   CG   CD2  116.484  121.000  0.600  -7.53  
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17  109  CE2  CD2  CG   101.568  107.300  0.800  -7.16  
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2  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
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