data_3BBI

loop_
_pdbx_vrpt_database.id
_pdbx_vrpt_database.code
PDB  3BBI    
NDB  UR0134  
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    3BBI
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2007-11-09
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         3
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2023-08-30
_pdbx_vrpt_summary.RNA_suiteness               0.73
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2023-08-22:16:53
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,xtriage,eds,mogul,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "Loop A Substrate strand"  
2  polymer      "Loop A and Loop B Ribozyme strand"  
3  polymer      "Loop B S-turn strand"  
4  non-polymer  "SULFATE ION"  
5  non-polymer  "COBALT HEXAMMINE(III)"  
6  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
D  4  
E  5  
F  5  
G  6  
H  6  
I  6  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all   x-ray  
2  2.35  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore    
2  RSRZ_outliers_percent  
3  R_value_R_free         
4  RNAsuiteness_percent   
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1  28.19  141614     ?     ?  
2  2  1  31.57    1232  2.36  2.36  
3  1  2  69.81  127900     ?     ?  
4  2  2  78.43    1150  2.36  2.36  
5  1  3  68.17  130704     ?     ?  
6  2  3  88.42    1164  2.36  2.36  
7  1  4  88.07    3102     ?     ?  
8  2  4  88.77    1006  1.98  2.74  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  100.00  
2  4  2  A  1  1  A  100.00  
3  3  2  B  1  2  B   44.79  
4  4  2  B  1  2  B   57.04  
5  3  2  C  1  3  C  100.00  
6  4  2  C  1  3  C  100.00  
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
1  1  1  A  A  1.17  0.71  317   494  
2  1  2  B  B  0.69  0.48  714  1113  
3  1  3  C  C  0.98  0.52  413   638  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore       9.77
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce     696
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ   1444
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ       0.55
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ  2245
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ      0.90
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method                x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal                   1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_b                 112.498
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_b            42.477
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_estimate         76.147
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.I_over_sigma              3.50(2.36A)
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.num_miller_indices        14740
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_k                 0.523
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_k            0.277
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L_mean     0.521
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L2_mean    0.358
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Fo_Fc_correlation         0.962
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_R                     0.21
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_Rfree                 0.22
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_R                     0.22
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_high              2.35
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_low               23.31
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_aniso            "[67.947,67.947,93.267,-0.000,0.000,0.000]"
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_anisotropy           0.331
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.trans_NCS_details         "The largest off-origin peak in the Patterson function is 6.69% of the height of the origin peak. No significant pseudotranslation is detected."
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.B_factor_type             FULL
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.acentric_outliers         0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.centric_outliers          1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_completeness         99.52
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.number_reflns_R_free      1030
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_free_reflections  6.99
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_RSRZ_outliers     1.69
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high       2.35
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low        23.08
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                     0.23
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree                 0.24
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_plane_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
  1  1  1  A   1  U    A    1  A  ?        ?     6     ?     ?     ?     ?  
  2  1  1  A   1  U    A    1  B  ?        ?     3     ?     ?     ?     ?  
  3  1  1  A   2  C    A    2  .  ?        ?     3     ?     ?     ?     ?  
  4  1  1  A   3  C    A    3  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
  5  1  1  A   4  C    A    4  .  ?        1     ?     ?     ?     ?     ?  
  6  1  1  A   5  A2M  A    5  A  ?        ?     ?     ?     ?     2     ?  
  7  1  1  A   5  A2M  A    5  B  ?        ?     ?     ?     ?     1     ?  
  8  1  1  A   6  G    A    6  A  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
  9  1  1  A   6  G    A    6  B  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 10  1  1  A   7  U    A    7  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 11  1  1  A   8  C    A    8  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 12  1  1  A   9  C    A    9  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 13  1  1  A  10  A    A   10  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 14  1  1  A  11  C    A   11  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 15  1  1  A  12  C    A   12  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 16  1  1  A  13  G    A   13  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 17  1  2  B   1  C    B    2  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 18  1  2  B   2  G    B    3  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 19  1  2  B   3  G    B    4  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 20  1  2  B   4  U    B    5  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 21  1  2  B   5  G    B    6  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 22  1  2  B   6  A    B    7  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 23  1  2  B   7  G    B    8  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 24  1  2  B   8  A    B    9  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 25  1  2  B   9  A    B   10  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 26  1  2  B  10  G    B   11  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 27  1  2  B  11  G    B   12  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 28  1  2  B  12  G    B   13  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 29  1  2  B  13  S9L  B   14  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 30  1  2  B  14  G    B   15  .  ?        ?     2     ?     ?     ?     ?  
 31  1  2  B  15  G    B   16  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 32  1  2  B  16  C    B   17  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 33  1  2  B  17  A    B   18  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 34  1  2  B  18  G    B   19  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 35  1  2  B  19  A    B   20  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 36  1  2  B  20  G    B   21  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 37  1  2  B  21  A    B   22  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 38  1  2  B  22  A    B   23  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 39  1  2  B  23  A    B   24  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 40  1  2  B  24  C    B   25  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 41  1  2  B  25  A    B   26  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 42  1  2  B  26  C    B   27  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 43  1  2  B  27  A    B   28  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 44  1  2  B  28  C    B   29  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 45  1  2  B  29  G    B   30  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 46  1  2  B  30  A    B   31  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 47  1  3  C   1  U    C   31  .  ?        ?     2     ?     ?     ?     ?  
 48  1  3  C   2  C    C   32  .  ?        ?     2     ?     ?     ?     ?  
 49  1  3  C   3  G    C   33  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 50  1  3  C   4  U    C   34  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 51  1  3  C   5  G    C   35  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 52  1  3  C   6  G    C   36  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 53  1  3  C   7  U    C   37  .  ?        ?     1     1     ?     ?     ?  
 54  1  3  C   8  MTU  C   38  .  ?        ?     2     ?     1     3     1  
 55  1  3  C   9  C    C   39  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 56  1  3  C  10  A    C   40  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 57  1  3  C  11  U    C   41  .  ?        1     1     ?     ?     ?     ?  
 58  1  3  C  12  U    C   42  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 59  1  3  C  13  A    C   43  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 60  1  3  C  14  C    C   44  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 61  1  3  C  15  C    C   45  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 62  1  3  C  16  U    C   46  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 63  1  3  C  17  G    C   47  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 64  1  3  C  18  C    C   48  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 65  1  3  C  19  C    C   49  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 66  1  4  D   .  SO4  A  103  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 67  1  5  E   .  NCO  B  102  .  ?        ?     ?     ?     1     ?     ?  
 68  1  5  F   .  NCO  C  101  .  ?        ?     ?     ?     1     ?     ?  
 69  1  6  G   .  HOH  A  104  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 70  1  6  G   .  HOH  A  105  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 71  1  6  G   .  HOH  A  106  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 72  1  6  G   .  HOH  A  107  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 73  1  6  G   .  HOH  A  108  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 74  1  6  G   .  HOH  A  109  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 75  1  6  G   .  HOH  A  110  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 76  1  6  G   .  HOH  A  111  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 77  1  6  H   .  HOH  B  103  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 78  1  6  H   .  HOH  B  104  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 79  1  6  H   .  HOH  B  105  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 80  1  6  H   .  HOH  B  106  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 81  1  6  H   .  HOH  B  107  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 82  1  6  H   .  HOH  B  108  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 83  1  6  H   .  HOH  B  109  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 84  1  6  H   .  HOH  B  110  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 85  1  6  H   .  HOH  B  111  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 86  1  6  H   .  HOH  B  112  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 87  1  6  H   .  HOH  B  113  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 88  1  6  H   .  HOH  B  114  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 89  1  6  H   .  HOH  B  115  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 90  1  6  H   .  HOH  B  116  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 91  1  6  H   .  HOH  B  117  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 92  1  6  H   .  HOH  B  118  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 93  1  6  H   .  HOH  B  119  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 94  1  6  H   .  HOH  B  120  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 95  1  6  H   .  HOH  B  121  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 96  1  6  H   .  HOH  B  122  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 97  1  6  H   .  HOH  B  123  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 98  1  6  H   .  HOH  B  124  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 99  1  6  H   .  HOH  B  125  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
100  1  6  H   .  HOH  B  126  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
101  1  6  H   .  HOH  B  127  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
102  1  6  H   .  HOH  B  128  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
103  1  6  H   .  HOH  B  129  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
104  1  6  H   .  HOH  B  130  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
105  1  6  H   .  HOH  B  131  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
106  1  6  H   .  HOH  B  132  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
107  1  6  H   .  HOH  B  133  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
108  1  6  H   .  HOH  B  134  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
109  1  6  H   .  HOH  B  135  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
110  1  6  H   .  HOH  B  136  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
111  1  6  I   .  HOH  C  102  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
112  1  6  I   .  HOH  C  103  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
113  1  6  I   .  HOH  C  104  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
114  1  6  I   .  HOH  C  105  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
115  1  6  I   .  HOH  C  106  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
116  1  6  I   .  HOH  C  107  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
117  1  6  I   .  HOH  C  108  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
118  1  6  I   .  HOH  C  109  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
119  1  6  I   .  HOH  C  110  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
120  1  6  I   .  HOH  C  111  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
121  1  6  I   .  HOH  C  112  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
122  1  6  I   .  HOH  C  113  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
123  1  6  I   .  HOH  C  114  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
124  1  6  I   .  HOH  C  115  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.instance_id
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.RNA_score
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.RNA_suite
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.num_H_reduce
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.OWAB
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.num_angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.program_for_bond_angle_geometry
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.average_occupancy
  1    1  0.00  NotAvailable    11   77.230    19  1.06    30  1.93  molprobity  1.000  
  2    2  0.00  NotAvailable    11   77.230    19  1.06    30  1.93  molprobity  1.000  
  3    3  0.68  Rotameric       11   54.190    22  0.57    34  0.82  molprobity  1.000  
  4    4  0.89  Rotameric       11   51.470    22  0.56    34  0.82  molprobity  1.000  
  5    5  0.90  Rotameric       11   51.300    21  0.95    30  1.47  molprobity  1.000  
  6    6  0.57  Rotameric        1   57.130    18  0.79    18  1.82  mogul       1.000  
  7    7  0.57  Rotameric        1   57.130    18  0.81    18  1.89  mogul       1.000  
  8    8  0.00  NonRotameric     2   55.270    26  0.99    41  1.59  molprobity  1.000  
  9    9  0.00  NonRotameric     2   55.270    26  0.99    41  1.59  molprobity  1.000  
 10   10  0.89  Rotameric       10   63.500    22  0.48    34  0.88  molprobity  1.000  
 11   11  0.78  Rotameric       11   74.980    22  0.37    34  0.66  molprobity  1.000  
 12   12  0.88  Rotameric       11   88.970    22  0.41    34  0.58  molprobity  1.000  
 13   13  0.78  Rotameric       11   99.630    25  0.25    39  0.62  molprobity  1.000  
 14   14  0.93  Rotameric       11  104.390    22  0.35    34  0.81  molprobity  1.000  
 15   15  0.78  Rotameric       11  102.060    22  0.48    34  0.66  molprobity  1.000  
 16   16  0.89  Rotameric       12   87.610    25  0.69    37  0.64  molprobity  1.000  
 17   17  0.00  NotAvailable    12   87.590    19  0.49    30  0.56  molprobity  1.000  
 18   18  0.83  Rotameric       11   85.340    26  0.72    41  0.78  molprobity  1.000  
 19   19  0.78  Rotameric       11   88.920    26  0.47    41  0.87  molprobity  1.000  
 20   20  0.94  Rotameric       10   98.030    22  0.55    34  0.98  molprobity  1.000  
 21   21  0.79  Rotameric       11   83.130    26  0.48    41  0.86  molprobity  1.000  
 22   22  0.91  Rotameric       11   78.370    25  0.42    39  0.53  molprobity  1.000  
 23   23  0.79  Rotameric       11   74.250    26  0.53    41  0.61  molprobity  1.000  
 24   24  0.63  Rotameric       11   72.610    25  0.42    39  0.60  molprobity  1.000  
 25   25  0.70  Rotameric       11   65.250    25  0.50    39  0.57  molprobity  1.000  
 26   26  0.57  Rotameric       11   58.450    26  0.54    41  0.69  molprobity  1.000  
 27   27  0.72  Rotameric       11   53.910    26  0.53    41  0.58  molprobity  1.000  
 28   28  0.97  Rotameric       11   55.730    25  0.49    37  0.79  molprobity  1.000  
 29   29     ?  ?               12   84.310     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 30   30  0.57  Rotameric       11   60.420    26  0.50    41  0.47  molprobity  1.000  
 31   31  0.84  Rotameric       11   60.160    26  0.52    41  0.62  molprobity  1.000  
 32   32  0.92  Rotameric       11   60.240    22  0.55    34  0.87  molprobity  1.000  
 33   33  0.96  Rotameric       11   61.900    25  0.56    39  0.92  molprobity  1.000  
 34   34  0.97  Rotameric       11   68.600    26  0.50    41  0.63  molprobity  1.000  
 35   35  0.95  Rotameric       11   66.050    25  0.32    39  0.60  molprobity  1.000  
 36   36  0.93  Rotameric       11   62.220    26  0.45    41  0.53  molprobity  1.000  
 37   37  0.00  NonRotameric    11   63.260    25  0.46    39  0.50  molprobity  1.000  
 38   38  0.83  Rotameric       11   62.790    25  0.46    39  0.70  molprobity  1.000  
 39   39  0.57  Rotameric       11   59.010    25  0.41    39  0.65  molprobity  1.000  
 40   40  0.65  Rotameric       11   59.550    22  0.42    34  0.73  molprobity  1.000  
 41   41  0.75  Rotameric       11   56.340    25  0.65    39  0.63  molprobity  1.000  
 42   42  0.94  Rotameric       11   54.800    22  0.36    34  0.74  molprobity  1.000  
 43   43  0.99  Rotameric       11   54.590    25  0.35    39  0.56  molprobity  1.000  
 44   44  0.87  Rotameric       11   50.700    22  0.48    34  0.62  molprobity  1.000  
 45   45  0.89  Rotameric       11   54.270    26  0.34    41  0.74  molprobity  1.000  
 46   46  0.89  Rotameric       12   56.330    24  0.35    35  0.89  molprobity  1.000  
 47   47  0.00  NotAvailable    11   55.220    19  0.54    30  0.52  molprobity  1.000  
 48   48  0.80  Rotameric       11   53.460    22  0.65    34  0.74  molprobity  1.000  
 49   49  0.81  Rotameric       11   53.000    26  0.39    41  0.61  molprobity  1.000  
 50   50  0.52  Rotameric       10   59.870    22  0.50    34  0.77  molprobity  1.000  
 51   51  0.86  Rotameric       11   56.120    26  0.34    41  0.58  molprobity  1.000  
 52   52  0.78  Rotameric       11   56.320    26  0.66    41  1.20  molprobity  1.000  
 53   53  0.22  Rotameric       10   63.100    21  0.50    30  1.53  molprobity  1.000  
 54   54     ?  ?               11   54.580    17  0.77    17  1.58  mogul       1.000  
 55   55  0.00  NonRotameric    11   72.150    22  0.91    34  1.16  molprobity  1.000  
 56   56  0.29  Rotameric       11   57.330    25  0.55    39  0.67  molprobity  1.000  
 57   57  0.65  Rotameric       10   54.830    22  0.51    34  2.29  molprobity  1.000  
 58   58  0.00  NonRotameric    10   55.130    22  0.62    34  1.49  molprobity  1.000  
 59   59  0.58  Rotameric       11   59.930    25  0.47    39  0.62  molprobity  1.000  
 60   60  0.52  Rotameric       11   69.110    22  0.44    34  0.60  molprobity  1.000  
 61   61  0.95  Rotameric       11   72.970    22  0.35    34  0.65  molprobity  1.000  
 62   62  0.91  Rotameric       10   72.640    22  0.40    34  0.67  molprobity  1.000  
 63   63  0.89  Rotameric       11   70.950    26  0.42    41  0.52  molprobity  1.000  
 64   64  0.82  Rotameric       11   66.900    22  0.33    34  0.56  molprobity  1.000  
 65   65  0.92  Rotameric       12   64.860    21  0.37    30  0.76  molprobity  1.000  
 66   66     ?  ?                ?  146.580     4  0.32     6  0.13  mogul       1.000  
 67   67     ?  ?                ?  161.960     6  1.33     ?     ?  mogul       1.000  
 68   68     ?  ?                ?   96.200     6  1.31     ?     ?  mogul       1.000  
 69   69     ?  ?                ?   73.280     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 70   70     ?  ?                ?   51.320     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 71   71     ?  ?                ?   78.710     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 72   72     ?  ?                ?   60.160     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 73   73     ?  ?                ?   62.420     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 74   74     ?  ?                ?   73.450     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 75   75     ?  ?                ?   56.630     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 76   76     ?  ?                ?   76.820     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 77   77     ?  ?                ?   71.390     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 78   78     ?  ?                ?   79.310     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 79   79     ?  ?                ?   77.020     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 80   80     ?  ?                ?   70.520     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 81   81     ?  ?                ?   64.600     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 82   82     ?  ?                ?   74.990     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 83   83     ?  ?                ?   63.570     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 84   84     ?  ?                ?   59.190     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 85   85     ?  ?                ?   60.140     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 86   86     ?  ?                ?   56.150     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 87   87     ?  ?                ?   53.420     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 88   88     ?  ?                ?   71.100     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 89   89     ?  ?                ?   55.440     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 90   90     ?  ?                ?   52.520     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 91   91     ?  ?                ?   56.000     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 92   92     ?  ?                ?   57.440     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 93   93     ?  ?                ?   60.250     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 94   94     ?  ?                ?   58.850     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 95   95     ?  ?                ?   73.130     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 96   96     ?  ?                ?   52.250     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 97   97     ?  ?                ?   62.070     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 98   98     ?  ?                ?   76.550     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 99   99     ?  ?                ?   76.100     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
100  100     ?  ?                ?   70.530     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
101  101     ?  ?                ?   83.630     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
102  102     ?  ?                ?   77.110     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
103  103     ?  ?                ?   78.300     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
104  104     ?  ?                ?   59.000     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
105  105     ?  ?                ?   79.990     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
106  106     ?  ?                ?   76.900     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
107  107     ?  ?                ?   62.290     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
108  108     ?  ?                ?   75.320     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
109  109     ?  ?                ?   84.920     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
110  110     ?  ?                ?   42.600     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
111  111     ?  ?                ?   53.050     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
112  112     ?  ?                ?   61.800     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
113  113     ?  ?                ?   78.880     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
114  114     ?  ?                ?   68.940     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
115  115     ?  ?                ?   76.840     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
116  116     ?  ?                ?   83.400     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
117  117     ?  ?                ?   58.700     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
118  118     ?  ?                ?   60.370     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
119  119     ?  ?                ?   74.790     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
120  120     ?  ?                ?   83.070     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
121  121     ?  ?                ?   81.950     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
122  122     ?  ?                ?   91.450     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
123  123     ?  ?                ?   78.940     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
124  124     ?  ?                ?   65.810     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_clashes.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_clashes.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_clashes.label_atom_id
_pdbx_vrpt_instance_clashes.cid
_pdbx_vrpt_instance_clashes.clashmag
_pdbx_vrpt_instance_clashes.dist
 1   1  H6       1  0.57  1.52  
 2   1  H6       2  0.49  2.25  
 3   1  "HO5'"   1  0.57  1.52  
 4   1  "C5'"    2  0.49  2.25  
 5   1  "C4'"    3  0.41  3.03  
 6   1  C6       3  0.41  3.03  
 7   2  "H2'"    4  0.53  1.89  
 8   2  "H2'"    5  0.45  2.46  
 9   2  "C2'"    6  0.44  2.48  
10   3  "H5'"    4  0.53  1.89  
11   3  "H5'"    6  0.44  2.48  
12   3  "C5'"    5  0.45  2.46  
13  12  "H2'"    7  0.41  1.84  
14  13  H8       7  0.41  1.84  
15  23  H1       8  0.44  2.30  
16  29  H142     9  0.47  1.96  
17  30  "H2'"   10  0.52  2.45  
18  30  "H5'"    9  0.47  1.96  
19  31  C8      10  0.52  2.45  
20  38  "O2'"   11  0.41  2.20  
21  39  "H5'"   11  0.41  2.20  
22  40  "H2'"   12  0.40  2.56  
23  41  C8      12  0.40  2.56  
24  47  "H2'"   13  0.49  2.47  
25  47  "H2'"   14  0.40  1.84  
26  48  C6      13  0.49  2.47  
27  48  H6      14  0.40  1.84  
28  49  "H2'"   15  0.40  2.56  
29  50  C6      15  0.40  2.56  
30  52  "O2'"   16  0.44  2.17  
31  53  "H2'"   16  0.44  2.17  
32  54  "H4'"   17  0.64  1.97  
33  54  "H5''"  18  0.57  2.05  
34  55  "O5'"   17  0.64  1.97  
35  56  "O4'"   18  0.57  2.05  
36  57  "O2'"   19  0.44  2.17  
37  58  "H2'"   19  0.44  2.17  
#
_pdbx_vrpt_instance_intra_plane_outliers.ordinal      1
_pdbx_vrpt_instance_intra_plane_outliers.instance_id  53
_pdbx_vrpt_instance_intra_plane_outliers.type         sidechain
_pdbx_vrpt_instance_intra_plane_outliers.plane_rmsd   0.07
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.atom_3
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.obs
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.mean
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.Z
1   5  "O4'"  "C1'"  N1  112.425  108.200  0.800   5.28  
2  57  "O4'"  "C1'"  N1  116.394  108.200  0.800  10.24  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.obsval
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.mean
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.numobs
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.Zscore
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.mindiff
1  54  C8  N7  1.30  1.34   73  0.02  -2.16  0.00  
2  67  CO  N6  2.04  1.96  645  0.04   2.16  0.00  
3  68  CO  N1  2.04  1.96  645  0.04   2.05  0.00  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_3
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.obsval
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.mean
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.numobs
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.Zscore
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.mindiff
1   6  "O3'"  "C3'"  "C4'"   97.34  111.05  1443  2.89  -4.74  0.58  
2   6  "O3'"  "C3'"  "C2'"  121.56  111.17   792  2.84   3.66  0.59  
3   7  "O3'"  "C3'"  "C4'"  129.56  111.05  1443  2.89   6.40  5.60  
4  54  C2     N3     C4     111.21  115.36    28  1.14  -3.63  1.44  
5  54  N1     C2     N3     128.41  125.70   168  1.21   2.24  0.17  
6  54  N2     C2     N1     114.63  117.44   408  1.02  -2.77  0.22  
#
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.ordinal        1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.instance_id    54
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_1         "O4'"
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_2         "C4'"
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_3         "C5'"
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_4         "O5'"
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.obsval         -178.73
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.mean           108.10
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.numobs         451
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.stdev          24.10
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.mindiff        0.64
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.local_density  3.99
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance_density.ordinal
_pdbx_vrpt_model_instance_density.instance_id
_pdbx_vrpt_model_instance_density.natoms_eds
_pdbx_vrpt_model_instance_density.RSRCC
_pdbx_vrpt_model_instance_density.RSR
_pdbx_vrpt_model_instance_density.RSRZ
  1    1  34  0.706  0.267   1.777  
  2    2  34  0.706  0.267   1.777  
  3    3  20  0.953  0.133  -0.153  
  4    4  20  0.969  0.132  -0.172  
  5    5  20  0.960  0.153   0.229  
  6    6  24  0.949  0.161       ?  
  7    7  24  0.949  0.161       ?  
  8    8  27  0.892  0.215   1.578  
  9    9  27  0.892  0.215   1.578  
 10   10  20  0.968  0.145  -0.015  
 11   11  20  0.943  0.118  -0.439  
 12   12  20  0.917  0.150   0.172  
 13   13  22  0.890  0.178   0.735  
 14   14  20  0.877  0.169   0.534  
 15   15  20  0.847  0.211   1.336  
 16   16  23  0.837  0.203   1.334  
 17   17  17  0.813  0.262   2.309  
 18   18  23  0.850  0.143   0.112  
 19   19  23  0.883  0.162   0.499  
 20   20  20  0.847  0.213   0.984  
 21   21  23  0.922  0.151   0.275  
 22   22  22  0.927  0.169   0.556  
 23   23  23  0.891  0.162   0.499  
 24   24  22  0.936  0.149   0.160  
 25   25  22  0.927  0.140  -0.018  
 26   26  23  0.952  0.126  -0.234  
 27   27  23  0.966  0.144   0.132  
 28   28  23  0.933  0.149   0.234  
 29   29  13  0.967  0.196       ?  
 30   30  23  0.966  0.191   1.090  
 31   31  23  0.971  0.190   1.069  
 32   32  20  0.958  0.143   0.038  
 33   33  22  0.963  0.108  -0.651  
 34   34  23  0.933  0.153   0.316  
 35   35  22  0.963  0.120  -0.414  
 36   36  23  0.948  0.133  -0.092  
 37   37  22  0.956  0.130  -0.216  
 38   38  22  0.914  0.192   1.012  
 39   39  22  0.921  0.150   0.180  
 40   40  20  0.954  0.156   0.286  
 41   41  22  0.966  0.163   0.438  
 42   42  20  0.941  0.152   0.210  
 43   43  22  0.955  0.143   0.042  
 44   44  20  0.961  0.150   0.172  
 45   45  23  0.949  0.148   0.214  
 46   46  22  0.972  0.166   0.497  
 47   47  17  0.942  0.122  -0.352  
 48   48  20  0.974  0.147   0.115  
 49   49  23  0.966  0.152   0.295  
 50   50  20  0.963  0.168   0.323  
 51   51  23  0.944  0.131  -0.132  
 52   52  23  0.946  0.127  -0.214  
 53   53  20  0.965  0.164   0.264  
 54   54  22  0.942  0.173       ?  
 55   55  20  0.910  0.156   0.286  
 56   56  22  0.961  0.149   0.160  
 57   57  20  0.969  0.183   0.543  
 58   58  20  0.977  0.182   0.529  
 59   59  22  0.956  0.128  -0.255  
 60   60  20  0.953  0.114  -0.515  
 61   61  20  0.935  0.152   0.210  
 62   62  20  0.923  0.169   0.338  
 63   63  23  0.894  0.146   0.173  
 64   64  20  0.930  0.137  -0.076  
 65   65  20  0.938  0.122  -0.363  
 66   66   5  0.897  0.230       ?  
 67   67   7  0.839  0.358       ?  
 68   68   7  0.956  0.176       ?  
 69   69   1  0.828  1.451       ?  
 70   70   1  0.969  0.533       ?  
 71   71   1  0.862  0.270       ?  
 72   72   1  0.831  0.315       ?  
 73   73   1  0.920  0.363       ?  
 74   74   1  0.806  0.430       ?  
 75   75   1  0.790  0.402       ?  
 76   76   1  0.861  0.373       ?  
 77   77   1  0.765  0.261       ?  
 78   78   1  0.768  0.385       ?  
 79   79   1  0.858  0.193       ?  
 80   80   1  0.470  0.232       ?  
 81   81   1  0.783  0.457       ?  
 82   82   1  0.907  0.057       ?  
 83   83   1  0.841  0.139       ?  
 84   84   1  0.502  0.836       ?  
 85   85   1  0.789  0.415       ?  
 86   86   1  0.584  0.308       ?  
 87   87   1  0.889  0.271       ?  
 88   88   1  0.642  0.349       ?  
 89   89   1  0.797  0.114       ?  
 90   90   1  0.742  0.354       ?  
 91   91   1  0.820  0.528       ?  
 92   92   1  0.853  0.290       ?  
 93   93   1  0.915  0.236       ?  
 94   94   1  0.771  0.246       ?  
 95   95   1  0.717  0.226       ?  
 96   96   1  0.716  0.422       ?  
 97   97   1  0.949  0.290       ?  
 98   98   1  0.693  0.247       ?  
 99   99   1  0.551  0.268       ?  
100  100   1  0.687  0.446       ?  
101  101   1  0.388  0.272       ?  
102  102   1  0.677  0.466       ?  
103  103   1  0.892  0.436       ?  
104  104   1  0.895  0.364       ?  
105  105   1  0.727  0.178       ?  
106  106   1  0.687  0.177       ?  
107  107   1  0.917  0.350       ?  
108  108   1  0.805  0.184       ?  
109  109   1  0.069  0.476       ?  
110  110   1  0.932  0.243       ?  
111  111   1  0.845  0.297       ?  
112  112   1  0.804  0.363       ?  
113  113   1  0.698  0.706       ?  
114  114   1  0.874  0.439       ?  
115  115   1  0.616  0.195       ?  
116  116   1  0.820  0.546       ?  
117  117   1  0.821  0.175       ?  
118  118   1  0.652  0.155       ?  
119  119   1  0.471  2.497       ?  
120  120   1  0.810  0.375       ?  
121  121   1  0.726  0.692       ?  
122  122   1  0.667  0.325       ?  
123  123   1  0.873  0.141       ?  
124  124   1  0.884  0.208       ?  
#
loop_
_pdbx_vrpt_software.ordinal
_pdbx_vrpt_software.name
_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  eds          2.35                                                                  Y  
4  dcc          '"2.27  (2023-04-10)"'                                                Y  
5  xtriage      1.13                                                                  Y  
6  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
##
