data_7BAD

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  7BAD
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    7BAD
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2020-12-15
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         3
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2024-01-31
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2024-01-20:14:06
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,xtriage,eds,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "Antifungal protein"  
2  non-polymer  sulfonato-calix[8]arene  
3  non-polymer  "ZINC ION"  
4  non-polymer  "PHOSPHATE ION"  
5  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
D  4  
E  4  
F  5  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all   x-ray  
2  1.69  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
4  RSRZ_outliers_percent         
5  R_value_R_free                
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
 1  1  1   86.57  141614     ?     ?  
 2  2  1   83.24    4695  1.70  1.70  
 3  1  2  100.00  138981     ?     ?  
 4  2  2  100.00    4610  1.70  1.70  
 5  1  3  100.00  138945     ?     ?  
 6  2  3  100.00    4610  1.70  1.70  
 7  1  4   26.10  127900     ?     ?  
 8  2  4   28.92    4222  1.70  1.70  
 9  1  5   19.18  130704     ?     ?  
10  2  5    3.66    4298  1.70  1.70  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  100.00  
2  4  2  A  1  1  A  100.00  
3  5  3  A  1  1  A  100.00  
4  6  3  A  1  1  A  100.00  
5  7  4  A  1  1  A   26.10  
6  8  4  A  1  1  A   28.92  
#
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num    1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id        1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id    A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id     A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ      0.60
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ       0.42
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ   461
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ  614
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     2.06
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   429
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 461
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.42
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                614
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    0.60
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method                x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal                   1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_b                 100.859
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_b            39.365
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_estimate         24.769
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.I_over_sigma              2.24(1.69A)
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.num_miller_indices        10227
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_k                 0.320
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_k            0.308
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L_mean     0.507
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L2_mean    0.341
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Fo_Fc_correlation         0.947
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_R                     0.23
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_Rfree                 0.27
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_R                     0.23
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_high              1.69
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_low               31.82
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_aniso            "[21.437,21.437,35.430,-0.000,0.000,0.000]"
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_anisotropy           0.536
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.trans_NCS_details         "The largest off-origin peak in the Patterson function is 11.64% of the height of the origin peak. No significant pseudotranslation is detected."
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.B_factor_type             FULL
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.acentric_outliers         0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.centric_outliers          0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_completeness         99.40
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.number_reflns_R_free      458
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_free_reflections  4.48
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_RSRZ_outliers     5.26
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high       1.69
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low        31.82
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                     0.23
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree                 0.27
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.ligand_of_interest
  1  1  1  A   1  LEU  A   -2  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
  2  1  1  A   2  SER  A   -1  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
  3  1  1  A   3  LYS  A    1  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
  4  1  1  A   4  PHE  A    2  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
  5  1  1  A   5  GLY  A    3  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
  6  1  1  A   6  GLY  A    4  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
  7  1  1  A   7  GLU  A    5  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
  8  1  1  A   8  CYS  A    6  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
  9  1  1  A   9  SER  A    7  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 10  1  1  A  10  LEU  A    8  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 11  1  1  A  11  LYS  A    9  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 12  1  1  A  12  HIS  A   10  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 13  1  1  A  13  ASN  A   11  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 14  1  1  A  14  THR  A   12  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 15  1  1  A  15  CYS  A   13  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 16  1  1  A  16  THR  A   14  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 17  1  1  A  17  TYR  A   15  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 18  1  1  A  18  LEU  A   16  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 19  1  1  A  19  LYS  A   17  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 20  1  1  A  20  GLY  A   18  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 21  1  1  A  21  GLY  A   19  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 22  1  1  A  22  LYS  A   20  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 23  1  1  A  23  ASN  A   21  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 24  1  1  A  24  HIS  A   22  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 25  1  1  A  25  VAL  A   23  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 26  1  1  A  26  VAL  A   24  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 27  1  1  A  27  ASN  A   25  .  ?        2     ?     ?     ?  ?     
 28  1  1  A  28  CYS  A   26  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 29  1  1  A  29  GLY  A   27  .  ?        2     ?     ?     ?  ?     
 30  1  1  A  30  SER  A   28  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 31  1  1  A  31  ALA  A   29  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 32  1  1  A  32  ALA  A   30  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 33  1  1  A  33  ASN  A   31  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 34  1  1  A  34  LYS  A   32  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 35  1  1  A  35  LYS  A   33  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 36  1  1  A  36  CYS  A   34  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 37  1  1  A  37  LYS  A   35  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 38  1  1  A  38  SER  A   36  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 39  1  1  A  39  ASP  A   37  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 40  1  1  A  40  ARG  A   38  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 41  1  1  A  41  HIS  A   39  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 42  1  1  A  42  HIS  A   40  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 43  1  1  A  43  CYS  A   41  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 44  1  1  A  44  GLU  A   42  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 45  1  1  A  45  TYR  A   43  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 46  1  1  A  46  ASP  A   44  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 47  1  1  A  47  GLU  A   45  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 48  1  1  A  48  HIS  A   46  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 49  1  1  A  49  HIS  A   47  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 50  1  1  A  50  LYS  A   48  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 51  1  1  A  51  ARG  A   49  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 52  1  1  A  52  VAL  A   50  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 53  1  1  A  53  ASP  A   51  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 54  1  1  A  54  CYS  A   52  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 55  1  1  A  55  GLN  A   53  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 56  1  1  A  56  THR  A   54  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 57  1  1  A  57  PRO  A   55  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 58  1  1  A  58  VAL  A   56  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 59  1  2  B   .  EVB  A  101  .  ?        ?    29     9     4  Y     
 60  1  3  C   .  ZN   A  102  .  ?        ?     ?     ?     ?  Y     
 61  1  4  D   .  PO4  A  103  .  ?        ?     1     ?     ?  ?     
 62  1  4  E   .  PO4  A  104  .  ?        ?     2     ?     ?  ?     
 63  1  5  F   .  HOH  A  201  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 64  1  5  F   .  HOH  A  202  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 65  1  5  F   .  HOH  A  203  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 66  1  5  F   .  HOH  A  204  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 67  1  5  F   .  HOH  A  205  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 68  1  5  F   .  HOH  A  206  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 69  1  5  F   .  HOH  A  207  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 70  1  5  F   .  HOH  A  208  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 71  1  5  F   .  HOH  A  209  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 72  1  5  F   .  HOH  A  210  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 73  1  5  F   .  HOH  A  211  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 74  1  5  F   .  HOH  A  212  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
 75  1  5  F   .  HOH  A  213  .  ?        ?     ?     ?     ?  ?     
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